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万見
- PDB-7o69: Crystal structure of human mitochondrial ferritin (hMTF) Fe(II)-l... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o69
タイトルCrystal structure of human mitochondrial ferritin (hMTF) Fe(II)-loaded for 5 minutes showing a peroxide anion as bridging species of iron ions in the ferroxidase site
要素Ferritin, mitochondrial
キーワードOXIDOREDUCTASE / human mitochondrial ferritin / hMTF / time-controlled iron loading / ferroxidase site / peroxide anion
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / : / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis ...positive regulation of lyase activity / positive regulation of succinate dehydrogenase activity / : / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / Iron uptake and transport / ferrous iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / iron ion binding / positive regulation of cell population proliferation / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like ...Ferritin iron-binding regions signature 2. / Ferritin, conserved site / Ferritin / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HYDROGEN PEROXIDE / Ferritin, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.35 Å
データ登録者Pozzi, C. / Ciambellotti, S. / Tassone, G. / Turano, P. / Mangani, S.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2021
タイトル: Iron Binding in the Ferroxidase Site of Human Mitochondrial Ferritin.
著者: Ciambellotti, S. / Pratesi, A. / Tassone, G. / Turano, P. / Mangani, S. / Pozzi, C.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,98621
ポリマ－21,1081
非ポリマー87820
水6,575365
1
A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

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ヘテロ分子

A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Ferritin, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)527,656504
ポリマ－506,58224
非ポリマー21,074480
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation43_655-x+1,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation36_654-y+1,-z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation69_555z+1/2,y,-x+1/21
crystal symmetry operation35_555y,-z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation71_554-z+1/2,y,x-1/21
crystal symmetry operation15_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation56_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation16_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation54_565z+1/2,-x+1,-y+1/21
crystal symmetry operation14_665-y+1,-x+1,-z1
crystal symmetry operation53_554z+1/2,x,y-1/21
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation44_554x,-z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation55_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation33_554y,z+1/2,x-1/21
crystal symmetry operation72_565-z+1/2,-y+1,-x+1/21
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation41_555x,z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation34_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation70_564z+1/2,-y+1,x-1/21
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
crystal symmetry operation42_654-x+1,z+1/2,y-1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)183.873, 183.873, 183.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-206-

FE2

21A-207-

FE2

31A-208-

FE2

41A-209-

FE2

51A-218-

CL

61A-330-

HOH

71A-500-

HOH

81A-569-

HOH

91A-602-

HOH

101A-620-

HOH

111A-639-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Ferritin, mitochondrial


分子量: 21107.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FTMT / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -pLysS / 参照: UniProt: Q8N4E7, ferroxidase

-
非ポリマー , 5種, 385分子

#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 % / 解説: Octahedral crystals
結晶化温度: 281.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6-2 M MgCl2 6H2O and 0.1 M bicine pH 9.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
31001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.9795
シンクロトロンDiamond I0421.7384
シンクロトロンDiamond I0431.7512
検出器
タイプID検出器日付
DECTRIS PILATUS 6M-F1PIXEL2018年9月7日
DECTRIS PILATUS 6M-F2PIXEL2018年9月7日
DECTRIS PILATUS 6M-F3PIXEL2018年9月7日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si(111)MADMx-ray1
2Si(111)MADMx-ray2
3Si(111)MADMx-ray3
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97951
21.73841
31.75121
反射

Entry-ID: 7O69 / Observed criterion σ(I): 2

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.35-91.945867610021.38.60.9990.0870.020.091121.6
1.8-106.36251169916.511.50.9950.1190.0290.128217.4
1.8-106.42501798.41613.50.9960.1040.0240.108320.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.35-1.42210.5985.384060.9490.1360.6261100
1.8-1.94.30.3024.333440.8860.1660.374293.3
1.8-1.93.90.2275.131990.9220.1320.284389.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R03

1r03


解像度: 1.35→91.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.058 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 2802 4.8 %RANDOM
Rwork0.1344 ---
obs0.1353 55857 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 120.26 Å2 / Biso mean: 14.463 Å2 / Biso min: 4.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.1232 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.35→91.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1406 0 21 401 1828
Biso mean--20.35 26.86 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0121677
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.321.642301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1595226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23422.5116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.94215318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3351515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021355
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.3731212
LS精密化 シェル解像度: 1.35→1.385 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 193 -
Rwork0.177 4058 -
all-4251 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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