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- PDB-7o5n: Crystal Structure of a Class D carbapenemase complexed with Avibactam -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7o5n
タイトルCrystal Structure of a Class D carbapenemase complexed with Avibactam
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / OXA / Avibactam / chloride
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
1-BUTANOL / Chem-NXL / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhou, Q. / Zhang, Z. / He, Y. / Jin, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31400663 中国
引用ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.
履歴
登録2021年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.22024年3月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Beta-lactamase
BBB: Beta-lactamase
CCC: Beta-lactamase
DDD: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,84424
ポリマ－120,8454
非ポリマー2,00020
水12,448691
1
AAA: Beta-lactamase
BBB: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,48713
ポリマ－60,4222
非ポリマー1,06511
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20020 Å2
手法PISA
2
CCC: Beta-lactamase
DDD: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,35711
ポリマ－60,4222
非ポリマー9359
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area19760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.749, 107.959, 125.675
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質
Beta-lactamase


分子量: 30211.129 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: bla OXA-48, bla_2, blaOXA-48, G5637_27540, KPE71T_00045, SAMEA3649466_05396
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 711分子

#2: 化合物
ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL / ブタノ-ル


分子量: 74.122 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O
#3: 化合物
ChemComp-NXL / (2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / avibactam, bound form / NXL104, bound form


分子量: 267.260 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H13N3O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 691 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M HEPES,pH=8.0, 10%PEG 8000, 4% 1-butanol, 10mM Avibactam, mixed with the 10 mg/mL protein stock at 1:1 ratio.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979191 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979191 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→81.89 Å / Num. obs: 160843 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 7915 / CC1/2: 0.747

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p


解像度: 1.6→73.144 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / WRfactor Rfree: 0.237 / WRfactor Rwork: 0.205 / SU B: 2.718 / SU ML: 0.084 / Average fsc free: 0.8169 / Average fsc work: 0.8232 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2157 7894 4.911 %
Rwork0.188 152842 -
all0.189 --
obs-160736 99.847 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 33.332 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.545 Å20 Å20 Å2
2---1.869 Å20 Å2
3----2.676 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→73.144 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7929 0 119 692 8740
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0138363
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0187841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5891.6411334
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4381.58717999
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1315997
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5922.875473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.999151462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4821548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.21049
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.2260.24
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.029587
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21693
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1740.27416
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.24094
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.23827
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2499
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1720.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.190.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1490.225
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4113.2283958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.43.2273945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1964.8324959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1854.8324952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6053.6394405
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5983.6384402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.3365.3156373
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.3365.3156374
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.29738.389806
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.24137.8859633
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.6420.4355480.44711216X-RAY DIFFRACTION99.7964
1.642-1.6860.4315590.40810896X-RAY DIFFRACTION99.6954
1.686-1.7350.3574960.36410693X-RAY DIFFRACTION99.8929
1.735-1.7890.355320.31910290X-RAY DIFFRACTION99.7787
1.789-1.8470.2895720.2759991X-RAY DIFFRACTION99.9621
1.847-1.9120.2455260.2329628X-RAY DIFFRACTION99.7936
1.912-1.9840.2285160.2059356X-RAY DIFFRACTION99.9899
1.984-2.0650.2294530.2029002X-RAY DIFFRACTION99.8521
2.065-2.1570.2124010.1878733X-RAY DIFFRACTION99.9781
2.157-2.2620.2164210.1798283X-RAY DIFFRACTION99.8852
2.262-2.3850.2124500.1827877X-RAY DIFFRACTION100
2.385-2.5290.233760.1757460X-RAY DIFFRACTION99.898
2.529-2.7040.2063720.1737061X-RAY DIFFRACTION99.9462
2.704-2.9210.2123400.1596587X-RAY DIFFRACTION99.9567
2.921-3.1990.2253010.176061X-RAY DIFFRACTION99.9529
3.199-3.5760.1792930.165490X-RAY DIFFRACTION99.8619
3.576-4.1290.1562500.1464899X-RAY DIFFRACTION100
4.129-5.0560.1662180.1394156X-RAY DIFFRACTION99.9543
5.056-7.1440.1871650.173280X-RAY DIFFRACTION99.971

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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