PDB-7o4f: The DYW domain of A. thaliana OTP86 in its active state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o4f

タイトル

The DYW domain of A. thaliana OTP86 in its active state

要素

Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

キーワード

HYDROLASE / cytidine deaminase

機能・相同性

機能・相同性情報

chloroplast RNA processing / RNA modification / chloroplast / mRNA processing / mRNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Weber, G. / Palm, G.J. / Takenaka, M. / Barthel, T. / Feiler, C. / Weiss, M.S.

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2021
タイトル: DYW domain structures imply an unusual regulation principle in plant organellar RNA editing catalysis.
著者: Takenaka, M. / Takenaka, S. / Barthel, T. / Frink, B. / Haag, S. / Verbitskiy, D. / Oldenkott, B. / Schallenberg-Rudinger, M. / Feiler, C.G. / Weiss, M.S. / Palm, G.J. / Weber, G.

履歴

登録	2021年4月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年11月10日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o4f.cif.gz	294.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o4f.ent.gz	198.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o4f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4f	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7o4eC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o4f-2 1wly-d 5xnw-d 4wau-d 5azg-d 1vki-d 2ap1-d 2iwt-d 5ocp-2 5nud-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

B: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

D: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

G: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

ヘテロ分子

64.6 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

G: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: This is the first type of dimer described in the primary reference
32.3 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

D: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: This is the second type of dimer described in the primary reference
32.3 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	117.599, 132.883, 30.633
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1199- HOH

#1: タンパク質	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g63370, chloroplastic / Protein ORGANELLE TRANSCRIPT PROCESSING 86 分子量: 16016.490 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Protein after TEV cleavage 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PCMP-H83, OTP86, At3g63370, F16M2_220 / プラスミド: pET11-M / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9M1V3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 nl protein plus 100 nl reservoir (0.1 M glycine, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4) plus 30 nl additive (0.1 M 50% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0). Cryo: reservoir solution ...詳細: 100 nl protein plus 100 nl reservoir (0.1 M glycine, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4) plus 30 nl additive (0.1 M 50% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0). Cryo: reservoir solution supplemented with 15% (v/v) ethylene glycol. PH範囲: 7.0 - 10.5

結晶

マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37 %

結晶化

温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 nl protein plus 100 nl reservoir (0.1 M glycine, pH 10.5, 1.2 M NaH2PO4, 0.8 M K2HPO4, 0.2 M Li2SO4) plus 30 nl additive (0.1 M 50% v/v Jeffamine M-600 pH 7.0). Cryo: reservoir solution ...
PH範囲: 7.0 - 10.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→44.03 Å / Num. obs: 57997 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 18.77 Å² / CC_1/2: 1 / R_rim(I) all: 0.157 / R_sym value: 0.151 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 11.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.31 / Num. unique obs: 8940 / CC_1/2: 0.764 / R_rim(I) all: 1.802 / R_sym value: 1.724 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS	May 15th, 2019	データ削減
XSCALE	May 15th, 2019	データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: D_1292114961

解像度: 1.65→44.03 Å / SU ML: 0.1978 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.8988
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2677	2095	3.63 %
R_work	0.2208	55672	-
obs	0.2226	57767	97.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.54 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→44.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4428	0	8	375	4811

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	4530
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2124	6074
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0709	647
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0071	778
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.7597	1726

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.69	0.359	128	0.3494	3386	X-RAY DIFFRACTION	90.06
1.69-1.73	0.3569	137	0.3159	3638	X-RAY DIFFRACTION	97.29
1.73-1.78	0.3308	138	0.3	3705	X-RAY DIFFRACTION	98.61
1.78-1.83	0.3049	137	0.2785	3628	X-RAY DIFFRACTION	96.56
1.83-1.89	0.3006	139	0.2723	3707	X-RAY DIFFRACTION	98.89
1.89-1.95	0.3186	137	0.2566	3671	X-RAY DIFFRACTION	96.99
1.95-2.03	0.2455	136	0.24	3621	X-RAY DIFFRACTION	95.65
2.03-2.12	0.2749	140	0.2147	3694	X-RAY DIFFRACTION	98.64
2.12-2.24	0.243	140	0.2185	3722	X-RAY DIFFRACTION	97.92
2.24-2.38	0.2927	142	0.2148	3748	X-RAY DIFFRACTION	98.28
2.38-2.56	0.2843	141	0.2227	3748	X-RAY DIFFRACTION	98.11
2.56-2.82	0.252	141	0.2153	3718	X-RAY DIFFRACTION	97.11
2.82-3.22	0.2792	141	0.2209	3804	X-RAY DIFFRACTION	99.22
3.23-4.06	0.262	144	0.1791	3831	X-RAY DIFFRACTION	97.91
4.06-44.03	0.2211	154	0.1948	4051	X-RAY DIFFRACTION	98.32

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.43256305692	-1.03840377535	-1.76126572936	2.9066364592	-2.24083355815	3.42727164746	-0.169799783644	0.350955189596	0.153543174624	-0.515346805706	0.142610391315	0.0522668392687	-0.102787065996	-0.222195834776	0.0364899502513	0.257218327382	-0.0743999850066	0.0676648980482	0.127068798504	-0.00263099213417	0.152801134488	15.7917962968	14.7724858796	-7.34574172816
2	3.01505715229	-0.0955768719737	-0.409340158416	4.44466819976	-4.01499879989	4.10742100472	0.649678961018	-0.737978014748	0.951947815121	0.13116880399	0.339003576247	-0.488903340487	-0.649961575603	-0.460129621374	-0.00962263514931	0.59229860058	-0.194184812466	-0.0369422646074	0.512272409483	-0.00109863413673	0.637484162102	21.055125232	28.1196173194	-11.1350399148
3	3.85595893921	2.1251364747	0.144791315677	3.92176005715	0.601902465716	5.8400737617	0.475972015025	-0.0845397423678	0.615741869607	-0.480145724984	-0.32614015364	0.927664245387	-2.52214048766	-0.962820112911	-0.109553644566	0.538495501756	-0.0798768361754	0.114168061962	0.0369221181501	0.0275376732234	0.561829196757	11.1177172755	30.7382727787	3.6483799348
4	3.12681316006	-3.25588659005	2.45324475823	3.63026705499	-2.19328771402	2.83187080771	-0.320318079749	1.03036070848	1.46481679	-1.34148360048	0.850298306971	-2.17641021517	-0.827568620987	1.50540359476	0.473294302187	1.32240279043	-0.402239973444	0.430222429477	0.752035616525	-0.192353951965	0.876204481196	33.2868591202	36.1632625495	-0.0398698078148
5	3.42769123698	0.201833400259	0.365160683561	2.43412551756	-0.742487612229	3.36800440396	0.0110544462646	-0.0763813917423	0.159079009451	0.159099969265	-0.0335287947331	0.090648112458	-0.124435972254	0.0393874345946	0.0283115166086	0.147308770199	-0.0185982752506	0.0161013186841	0.0804983218746	-0.0199733833208	0.107357333408	13.1176281026	16.3491602949	5.48038191936
6	2.19515567688	1.46442874479	-1.69897620813	2.36646475657	-0.594960514556	2.19442480288	-0.17889734874	0.105915822919	-0.275714066724	0.177456924627	-0.121445057346	0.0862892759578	-0.162414466906	-0.0695389454132	0.219859613113	0.253201343229	-0.0218290344602	-0.0251438323925	0.110700125538	-0.0148578067903	0.175686861243	15.4696150964	-1.00284311202	4.27097758562
7	0.187959698491	0.769373160742	-0.815314989558	3.70577477042	-4.00358072627	4.3065422044	0.0629067626481	0.099671679327	0.461334442477	0.203558537256	-1.09270498756	-1.17210369327	1.04663633731	0.352181612282	0.118871824421	0.66239490482	0.0642409173281	0.220007647299	0.653112898033	0.102213129894	0.884560512342	21.1244464067	-14.0568718593	7.86717171827
8	2.70588867591	-0.405460037214	-3.25723898547	5.08241563471	-1.1998705011	5.91725313513	-0.589962612552	-0.0663606212034	-0.619720564183	-0.0268686281775	-0.602691449203	0.796847867934	1.9701107809	-0.194511188691	-0.00615101705241	0.392335796231	-0.0282423192815	0.0418203367782	0.124386799074	0.014249454581	0.423778520861	9.19106905604	-17.7684132692	-4.763949739
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精密化 TLSグループ

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24	24	chain 'G' and (resid 867 through 873 )	G	J	867 - 873	43 - 49
25	25	chain 'G' and (resid 874 through 884 )	G	J	874 - 884	50 - 60
26	26	chain 'G' and (resid 885 through 892 )	G	J	885 - 892	61 - 68
27	27	chain 'G' and (resid 893 through 960 )	G	J	893 - 960	69 - 136

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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