PDB-7o4a: Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Sta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7o4a

タイトル

Crystal structure of Penicillin-Binding Protein 1 (PBP1) from Staphylococcus aureus in complex with piperacillin

要素

Penicillin-binding protein 1

キーワード

HYDROLASE / Cell division / antibiotic resistance / peptidoglycan synthesis / transpeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / cell wall organization / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.028 Å

データ登録者

Martinez Caballero, S. / Hermoso, J.A.

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: Integrative structural biology of the penicillin-binding protein-1 from Staphylococcus aureus , an essential component of the divisome machinery.
著者: Martinez-Caballero, S. / Mahasenan, K.V. / Kim, C. / Molina, R. / Feltzer, R. / Lee, M. / Bouley, R. / Hesek, D. / Fisher, J.F. / Munoz, I.G. / Chang, M. / Mobashery, S. / Hermoso, J.A.

履歴

登録	2021年4月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年11月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7o4a.cif.gz	218.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7o4a.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7o4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7o4a_validation.pdf.gz	1001.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7o4a_full_validation.pdf.gz	1022.4 KB	表示
XML形式データ	7o4a_validation.xml.gz	36.7 KB	表示
CIF形式データ	7o4a_validation.cif.gz	48.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o4/7o4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o49C 7o4bC 7o4cC 7ok9C 5troS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7o49-7 7o4b-1 7o49-10 7o49-9 7ok9-1 7ok9-6 3oai-2 7o49-3 5tnu-2 4kqq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Penicillin-binding protein 1

BBB: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Penicillin-binding protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
72.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.688, 178.688, 223.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Auth seq-ID: 64 - 588 / Label seq-ID: 1 - 525

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Penicillin-binding protein 1 分子量: 72358.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: pbp1, SACOL1194 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2WVW5
#2: 化合物	ChemComp-YPP / Hydrolyzed piperacillin / (2R,4S)-2-[(R)-carboxy{[(2R)-2-{[(4-ethyl-2,3-dioxopiperazin-1-yl)carbonyl]amino}-2-phenylacetyl]amino}methyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid 分子量: 535.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₂₃H₂₉N₅O₈S 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus COL (黄色ブドウ球菌) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 73.6 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: D,L-malic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97925 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.028→47.397 Å / Num. obs: 26360 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 32.1 % / R_merge(I) obs: 0.328 / R_pim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 3.028→3.306 Å / R_merge(I) obs: 2.93 / Num. unique obs: 1318 / R_pim(I) all: 0.468

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5TRO

5tro

解像度: 3.028→47.394 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.92 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.853 / WR_factor R_free: 0.241 / WR_factor R_work: 0.181 / SU B: 19.631 / SU ML: 0.339 / Average fsc free: 0.8855 / Average fsc work: 0.9075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.558 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2778	1339	5.08 %
R_work	0.2116	25021	-
all	0.215	-	-
obs	-	26360	63.303 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 84.766 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.651 Å²	0.326 Å²	0 Å²
2-	-	0.651 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.113 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.028→47.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7840	0	0	0	7840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	8008
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.018	7629
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.543	1.666	10776
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.174	1.604	17657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.248	5	982
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.46	23.858	394
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.176	15	1457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.332	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.059	0.2	995
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	9058
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1604
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.195	0.2	7587
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3794
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	4188
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.021	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.301	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.29	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.008	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.006	8.764	3946
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.993	8.763	3945
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	11.038	13.134	4922
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	11.038	13.136	4923
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.283	9.132	4060
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.283	9.134	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.062	13.503	5854
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.061	13.505	5855
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.248	98.246	8662
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.25	98.262	8663
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.13	0.05	14937

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12996	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12996	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.028-3.106	0.307	7	0.273	112	0.276	2999	0.798	0.831	3.968	0.266
3.106-3.191	0.349	14	0.306	362	0.308	2952	0.825	0.784	12.7371	0.282
3.191-3.283	0.401	25	0.312	619	0.315	2831	0.687	0.768	22.7481	0.292
3.283-3.383	0.408	38	0.287	772	0.292	2770	0.755	0.812	29.2419	0.249
3.383-3.494	0.307	55	0.261	935	0.264	2713	0.834	0.862	36.491	0.228
3.494-3.615	0.252	59	0.244	1036	0.244	2610	0.87	0.885	41.954	0.205
3.615-3.751	0.357	59	0.253	1169	0.258	2521	0.814	0.874	48.7108	0.217
3.751-3.903	0.273	83	0.249	1529	0.25	2445	0.866	0.873	65.9305	0.21
3.903-4.076	0.292	101	0.253	1953	0.255	2333	0.835	0.856	88.0412	0.205
4.076-4.273	0.329	123	0.242	2128	0.247	2252	0.849	0.877	99.9556	0.187
4.273-4.502	0.252	111	0.2	2024	0.202	2135	0.912	0.926	100	0.157
4.502-4.772	0.251	104	0.182	1939	0.186	2043	0.918	0.943	100	0.146
4.772-5.098	0.278	83	0.191	1836	0.194	1920	0.908	0.939	99.9479	0.155
5.098-5.501	0.259	85	0.208	1712	0.21	1797	0.929	0.936	100	0.175
5.501-6.018	0.285	89	0.199	1572	0.203	1661	0.919	0.947	100	0.169
6.018-6.715	0.269	80	0.174	1447	0.178	1527	0.931	0.954	100	0.152
6.715-7.728	0.25	83	0.17	1278	0.174	1361	0.935	0.955	100	0.155
7.728-9.403	0.234	55	0.161	1124	0.164	1179	0.946	0.97	100	0.158
9.403-13.043	0.224	47	0.188	902	0.19	950	0.958	0.97	99.8947	0.185
13.043-47.394	0.357	38	0.309	571	0.312	610	0.92	0.925	99.8361	0.305

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