PDB-7nzc: First SH3 domain of POSH (Plenty of SH3 Domains protein)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nzc

タイトル

First SH3 domain of POSH (Plenty of SH3 Domains protein)

要素

E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / MAP-kinase scaffold activity ubiquitin protein ligase activity

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / : / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / MAP-kinase scaffold activity / RHOV GTPase cycle / response to aldosterone / protein autoubiquitination / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of JNK cascade / RING-type E3 ubiquitin transferase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.111 Å

データ登録者

Palencia, A. / Bessa, L.M. / Jensen, M.R.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing protein breathing motions associated with aromatic ring flipping.
著者: Marino Perez, L. / Ielasi, F.S. / Bessa, L.M. / Maurin, D. / Kragelj, J. / Blackledge, M. / Salvi, N. / Bouvignies, G. / Palencia, A. / Jensen, M.R.

履歴

登録	2021年3月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nzc.cif.gz	47 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nzc.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nzc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nz/7nzc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nykC 7nylC 7nymC 7nynC 7nyoC 7nzbC 7nzdC 2srcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2azs-d 6v2h-3 2azv-d 3i90-1 5t8r-1 5np2-2 2ew3-d 6fhu-4 1rlp-d 1cmf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (1) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (2) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1

ヘテロ分子

7.54 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.962, 35.962, 181.333
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-429- HOH

#1: タンパク質	E3 ubiquitin-protein ligase SH3RF1 / Plenty of SH3s / Protein POSH / RING finger protein 142 / RING-type E3 ubiquitin transferase SH3RF1 ...Plenty of SH3s / Protein POSH / RING finger protein 142 / RING-type E3 ubiquitin transferase SH3RF1 / SH3 domain-containing RING finger protein 1 / SH3 multiple domains protein 2 分子量: 7299.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GRR belongs to expression vector pESPRIT / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SH3RF1, KIAA1494, POSH, POSH1, RNF142, SH3MD2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7Z6J0, RING-type E3 ubiquitin transferase
#2: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.5 % / 解説: hexagonal shape
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M NaF, 22% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月1日 / 詳細: Monochromators
放射	モノクロメーター: SILICON CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.11→30.7 Å / Num. obs: 2677 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 19.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 1.11→1.13 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 404 / CC_1/2: 0.565

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.0.078	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: modified 2SRC

2src

解像度: 1.111→30.694 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 0.746 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.032 / ESU R Free: 0.034 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1775	1321	4.956 %
R_work	0.1468	25335	-
all	0.148	-	-
obs	-	26656	92.578 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.845 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.043 Å²	0.022 Å²	0 Å²
2-	-	0.043 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.141 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.111→30.694 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	502	0	15	138	655

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	565
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	531
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.677	1.684	771
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.388	1.632	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.622	5	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.772	23.125	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.326	15	98
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	31.468	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	630
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	119
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	496
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.087	0.2	260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.181	0.2	113
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.17	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	16.418	1.556	256
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	16.45	1.557	255
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	26.534	2.046	322
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	26.493	2.045	323
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	18.746	1.484	309
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	18.745	1.484	309
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	24.836	2.169	445
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	24.809	2.174	446
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	26.469	19.698	690
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	26.451	19.721	691
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.128	3	1096

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.111-1.139	0.273	27	0.282	715	0.282	2055	0.854	0.823	36.1071	0.284
1.139-1.171	0.242	84	0.203	1423	0.205	2022	0.933	0.94	74.5302	0.189
1.171-1.204	0.146	107	0.15	1659	0.15	1991	0.965	0.968	88.6991	0.134
1.204-1.241	0.17	97	0.132	1726	0.134	1897	0.968	0.972	96.0991	0.117
1.241-1.282	0.156	81	0.116	1756	0.118	1843	0.974	0.979	99.6744	0.104
1.282-1.327	0.138	81	0.107	1717	0.108	1798	0.979	0.983	100	0.097
1.327-1.377	0.118	95	0.101	1652	0.102	1747	0.983	0.986	100	0.092
1.377-1.433	0.122	89	0.101	1575	0.103	1665	0.983	0.985	99.9399	0.093
1.433-1.497	0.124	99	0.097	1534	0.099	1633	0.984	0.987	100	0.091
1.497-1.569	0.12	68	0.097	1472	0.098	1540	0.986	0.987	100	0.092
1.569-1.654	0.128	69	0.106	1406	0.107	1475	0.983	0.985	100	0.102
1.654-1.754	0.157	68	0.115	1337	0.117	1405	0.974	0.982	100	0.112
1.754-1.875	0.162	68	0.12	1274	0.122	1342	0.979	0.981	100	0.121
1.875-2.024	0.145	45	0.131	1210	0.132	1255	0.975	0.98	100	0.135
2.024-2.217	0.136	52	0.14	1105	0.14	1157	0.975	0.977	100	0.149
2.217-2.477	0.155	38	0.149	1019	0.149	1057	0.971	0.975	100	0.162
2.477-2.857	0.2	45	0.175	917	0.176	962	0.959	0.965	100	0.193
2.857-3.491	0.216	46	0.178	790	0.18	836	0.948	0.964	100	0.212
3.491-4.906	0.2	36	0.155	636	0.157	672	0.964	0.978	100	0.201
4.906-30.694	0.34	26	0.277	411	0.281	439	0.934	0.946	99.5444	0.348

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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