PDB-7nyk: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nyk

タイトル

SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

要素

SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

キーワード

SIGNALING PROTEIN / SH3 domain of JNK-interacting protein 1 (JIP1)

機能・相同性

機能・相同性情報

dentate gyrus mossy fiber / regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JUN kinase activity / MAP-kinase scaffold activity / JUN kinase binding / regulation of JNK cascade / mitogen-activated protein kinase kinase binding / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / protein kinase inhibitor activity / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Perez, L.M. / Ielasi, F.S. / Palencia, A. / Jensen, M.R.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Visualizing protein breathing motions associated with aromatic ring flipping.
著者: Marino Perez, L. / Ielasi, F.S. / Bessa, L.M. / Maurin, D. / Kragelj, J. / Blackledge, M. / Salvi, N. / Bouvignies, G. / Palencia, A. / Jensen, M.R.

履歴

登録	2021年3月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2022年3月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nyk.cif.gz	127 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nyk.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nyk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nyk_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nyk_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	7nyk_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	7nyk_validation.cif.gz	23.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nyk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ny/7nyk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nylC 7nymC 7nynC 7nyoC 7nzbC 7nzcC 7nzdC 2fpeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nzb-3 7nyn-4 4db5-d 2ywy-1 2ywz-d 2dnc-d 7dda-d 6vsv-d 2avg-d 4rah-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (4)

登録構造単位

AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

30.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

BBB: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, chain A forms a dimer with chain B chain C forms a dimer with chain D
15.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

CCC: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

DDD: SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1)

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.399, 82.128, 46.849
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-636- HOH
2	1	CCC-605- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	HIS	HIS	AAA	A	488 - 547	2 - 61
2	2	1	HIS	HIS	BBB	B	488 - 547	2 - 61
3	3	2	HIS	HIS	AAA	A	488 - 547	2 - 61
4	4	2	HIS	HIS	CCC	C	488 - 547	2 - 61
5	5	3	MET	MET	AAA	A	489 - 547	3 - 61
6	6	3	MET	MET	DDD	D	489 - 547	3 - 61
7	7	4	HIS	HIS	BBB	B	488 - 547	2 - 61
8	8	4	HIS	HIS	CCC	C	488 - 547	2 - 61
9	9	5	MET	MET	BBB	B	489 - 547	3 - 61
10	10	5	MET	MET	DDD	D	489 - 547	3 - 61
11	11	6	MET	MET	CCC	C	489 - 547	3 - 61
12	12	6	MET	MET	DDD	D	489 - 547	3 - 61

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1) / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / Mitogen-activated protein kinase 8-interacting protein 1 / C-Jun-amino-terminal kinase-interacting protein 1 分子量: 7526.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GHM belong to expression vector pET28a / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP1, IB1, JIP1, PRKM8IP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQF2, phosphoinositide 5-phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

SH3 domain of JNK-interacting Protein 1 (JIP1) / JIP-1 / JNK-interacting protein 1 / Islet-brain 1 / IB-1 / JNK MAP kinase scaffold protein 1 / ...

分子量: 7526.367 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GHM belong to expression vector pET28a / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK8IP1, IB1, JIP1, PRKM8IP / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UQF2, phosphoinositide 5-phosphatase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: 3D needless
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5; 1-5 PEG 400; 2-2.5 M Ammonium sulphate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.96546 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月11日
放射	モノクロメーター: Silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→53.883 Å / Num. obs: 41308 / % possible obs: 91.8 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 4.6 % / CC_1/2: 0.993 / Net I/σ(I): 9.5
反射シェル	解像度: 1.356→1.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2066 / CC_1/2: 0.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	7.1.007	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2FPE

2fpe

解像度: 1.45→53.883 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 4.52 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	2066	5.131 %
R_work	0.1565	38196	-
all	0.16	-	-
obs	-	40262	81.147 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.32 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.969 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	1.907 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.939 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→53.883 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2069	0	0	363	2432

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.689	1.658	2942
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.418	1.573	4362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.553	5	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.681	21.699	153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.704	15	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.746	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2480
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	395
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2001
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1001
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	245
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.079	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.235	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.288	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.372	2.258	987
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.337	2.251	986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.988	3.35	1230
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.044	3.357	1231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.808	2.762	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.807	2.766	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.844	3.991	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.842	3.996	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.956	27.982	2512
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.828	27.167	2425
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	3.393	3	4057
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.116	0.05	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.083	0.05	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.088	0.05	1909
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.126	0.05	1889
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.094	0.05	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.11	0.05	1878

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11581	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11581	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08276	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08276	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08816	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08816	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12626	0.05008
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12626	0.05008
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09352	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09352	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11011	0.05008
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11011	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.45-1.488	0.376	79	0.315	1294	0.319	3602	0.781	0.782	38.1177	0.304
1.488-1.528	0.321	98	0.263	1933	0.266	3537	0.848	0.88	57.4215	0.253
1.528-1.573	0.292	114	0.238	2098	0.24	3416	0.897	0.897	64.7541	0.225
1.573-1.621	0.279	114	0.199	2192	0.203	3340	0.895	0.921	69.0419	0.183
1.621-1.674	0.282	106	0.176	2240	0.181	3261	0.917	0.936	71.9411	0.158
1.674-1.733	0.268	126	0.16	2181	0.165	3114	0.909	0.944	74.0848	0.137
1.733-1.798	0.25	110	0.144	2229	0.148	3015	0.923	0.952	77.5788	0.122
1.798-1.871	0.258	132	0.158	2267	0.164	2936	0.918	0.938	81.7098	0.136
1.871-1.955	0.217	126	0.153	2399	0.156	2779	0.928	0.946	90.86	0.133
1.955-2.05	0.226	153	0.16	2523	0.164	2694	0.939	0.947	99.3318	0.141
2.05-2.161	0.286	123	0.161	2428	0.166	2556	0.911	0.944	99.8044	0.15
2.161-2.291	0.216	127	0.143	2286	0.147	2424	0.935	0.956	99.5462	0.142
2.291-2.449	0.216	132	0.136	2112	0.141	2289	0.938	0.959	98.0341	0.141
2.449-2.645	0.244	101	0.139	2038	0.144	2147	0.928	0.959	99.6274	0.149
2.645-2.897	0.19	106	0.134	1855	0.137	1965	0.954	0.967	99.7964	0.151
2.897-3.238	0.214	97	0.148	1684	0.151	1800	0.944	0.964	98.9444	0.172
3.238-3.736	0.183	79	0.149	1520	0.151	1608	0.965	0.97	99.4403	0.178
3.736-4.57	0.163	56	0.134	1292	0.135	1374	0.965	0.973	98.1077	0.187
4.57-6.44	0.187	47	0.175	1013	0.176	1082	0.967	0.97	97.9667	0.242
6.44-53.883	0.174	39	0.236	610	0.232	663	0.966	0.947	97.8884	0.336

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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