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- PDB-7nx5: Crystal structure of the Epstein-Barr Virus protein ZEBRA (BZLF1,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nx5
タイトルCrystal structure of the Epstein-Barr Virus protein ZEBRA (BZLF1, Zta) bound to a methylated DNA duplex
要素
  • Trans-activator protein BZLF1
  • meZRE2 DNA (bottom strand)
  • meZRE2 DNA (top strand)
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA-binding protein / bZIP transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / regulation of DNA-templated transcription ...symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G0/G1 transition checkpoint / release from viral latency / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / sequence-specific DNA binding / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Trans-activator protein BZLF1, human herpesvirus 4 / Basic-leucine zipper (bZIP) domain signature. / Basic-leucine zipper domain superfamily / Basic-leucine zipper domain
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Lytic switch protein BZLF1
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (ヘルペスウイルス)
Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Bernaudat, F. / Petosa, C.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-05-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Structural basis of DNA methylation-dependent site selectivity of the Epstein-Barr virus lytic switch protein ZEBRA/Zta/BZLF1.
著者: Bernaudat, F. / Gustems, M. / Gunther, J. / Oliva, M.F. / Buschle, A. / Gobel, C. / Pagniez, P. / Lupo, J. / Signor, L. / Muller, C.W. / Morand, P. / Sattler, M. / Hammerschmidt, W. / Petosa, C.
履歴
登録2021年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans-activator protein BZLF1
B: Trans-activator protein BZLF1
C: meZRE2 DNA (bottom strand)
D: meZRE2 DNA (top strand)
E: Trans-activator protein BZLF1
F: Trans-activator protein BZLF1
G: meZRE2 DNA (bottom strand)
H: meZRE2 DNA (top strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0748
ポリマ－53,0748
非ポリマー00
水1,17165
1
A: Trans-activator protein BZLF1
B: Trans-activator protein BZLF1
C: meZRE2 DNA (bottom strand)
D: meZRE2 DNA (top strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5374
ポリマ－26,5374
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8570 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
2
E: Trans-activator protein BZLF1
F: Trans-activator protein BZLF1
G: meZRE2 DNA (bottom strand)
H: meZRE2 DNA (top strand)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5374
ポリマ－26,5374
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7280 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area11480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.990, 26.560, 80.850
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.104, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-107-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Trans-activator protein BZLF1 / EB1 / Zebra


分子量: 7429.740 Da / 分子数: 4 / 変異: C189S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chains A and B form the ZEBRA homodimer in complex 1. Chains E and F form the ZEBRA homodimer in complex 2.
由来: (組換発現) Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
株: B95-8 / 遺伝子: BZLF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03206
#2: DNA鎖 meZRE2 DNA (bottom strand)


分子量: 5760.748 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
#3: DNA鎖 meZRE2 DNA (top strand)


分子量: 5916.876 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.98 % / 解説: Needle
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 22% polyethylene glycol (PEG) 4K, 18% PEG 400, 50 mM sodium acetate pH 4 and 20% isopropanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→35 Å / Num. obs: 15447 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.632 % / Biso Wilson estimate: 42.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / 冗長度: 3.724 % / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 1710 / CC1/2: 0.767 / Rrim(I) all: 0.712 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2C9L

2c9l


解像度: 2.5→16 Å / SU ML: 0.4947 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 37.9689
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: The electron density is better defined for Complex 1 (chains A-D) than for Complex 2 (chain E-H). Complex 2 exhibits high B factors and two-fold disorder around the DNA pseudodyad due to a ...詳細: The electron density is better defined for Complex 1 (chains A-D) than for Complex 2 (chain E-H). Complex 2 exhibits high B factors and two-fold disorder around the DNA pseudodyad due to a lack of stabilizing crystallization contacts.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3387 762 5.13 %RANDOM SELECTION
Rwork0.2768 14079 --
obs0.2816 14841 95.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 66.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1945 1150 0 65 3160
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00993254
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.15924610
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0568517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061396
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d26.4531324
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.690.381340.37472713X-RAY DIFFRACTION92.68
2.69-2.960.39681600.35032728X-RAY DIFFRACTION94.44
2.96-3.390.34411560.31272790X-RAY DIFFRACTION95.93
3.39-4.250.33871540.24282862X-RAY DIFFRACTION97.2
4.25-160.3061580.23872986X-RAY DIFFRACTION97.13
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.05680014584-5.4937110273-3.276702458254.260106866593.302803702482.027319455690.4900125498060.4856126828110.604120375451-0.500125792096-0.335421492392-0.0634806705984-0.372921784353-0.145703269908-0.1206092527520.6554040968390.133407276707-0.06684526958580.39110510864-0.035711572679421.118005923130.00271245273.0661231777619.1804008191
20.2663429659750.5939497943260.480727455762.556314216170.5696247063221.14151499496-0.3787152220020.2557079400630.643528032847-1.52661759246-0.1486279118881.46346599458-1.04042006903-0.01363694769540.5118717768411.047623120639-0.1016060788735-0.4552411208841.203203112510.2907003929861.1601188128141.1502046881-20.75732162017.79470203712
39.97474311952-3.926537020820.6270289079112.385583589440.9109387319451.361940868530.61724253334-0.5296479935890.324421874704-0.909208634037-0.456838178126-1.54132103898-0.3568228227480.334266008991-0.0390177308750.5204210870830.1841217550960.1852147544860.7087294707180.3799306122731.213740049928.41171276871-0.28833718688121.4112944238
43.06922630124-0.752926606701-0.8093287369233.677317025950.1464243997682.75194579185-0.576628564167-0.0042151172274-0.621607874425-0.3447391672520.5825267043621.70842852494-0.18730447850.225902701238-0.02081461582870.4817181415670.156930557634-0.04762946760760.658725656470.4250176030210.87762461973245.4607100858-10.68912032113.987129305
56.8692153504-7.59271372645-4.779822297768.036633600084.328520556543.11952205804-0.0467047818086-0.05271620420880.20561278325-0.3535180631770.219835425788-0.097710849717-0.1338154308010.136412421741-0.0445488326410.274217980078-0.1363133434970.02101154403160.341431510624-0.09572217207110.39952463266438.1678964414-9.70493875459-19.9246360421
60.917722380521.32791986011-0.364115251572.27880505134-1.544617639673.168644491640.3662386313920.4545440235760.567329853514-2.29161152892-0.14621531575-0.486941525660.213513256222-0.322019029696-0.1623144835411.12281625304-0.03260804554170.2742166254380.2841244058290.0227144202538230.68131310440252.1902104066-33.2464911846-32.7996599146
72.36434397546-2.84641658961-1.401944594793.300209934051.329031070791.618714284390.2170196923260.255200195885-0.338720972798-0.510417740804-0.0819124669431-0.01501808860160.03741275750860.0834029821718-0.0036120762340.382820456819-0.06944013357850.0690197860750.336536839282-0.03734114197450.19924439261934.0487709428-20.035261392-21.1857243805
83.061421019211.17571042982-1.771910073457.265911212-0.5169100846188.42341495061-0.578710978510.423322799237-0.607914345483-1.230711558670.365431051706-1.666833254330.1704095769391.154808762490.1061194236941.0546342458-0.2656105109570.3109098061.019001859668-0.4618139743090.75312178434461.4573499813-20.6997364067-28.4016387192
91.0426101561330.080012334162-1.239715209794.96171287910.5198070405912.00931732649-0.0394168184950.3587492243887-0.263711404683-0.6679109237930.46110449962-1.1018159448241.42901238998-0.807007216975-0.1930193595020.7746358453880.09734132401640.10563576119130.8357179509140.2847122917781.488106230249.293652979857.5285818717524.0885072177
104.60170424851-1.859948964921.307317524793.50520137346-1.652315703312.248419580141.23740241932-0.6376117538660.2064105831410.0066134226398-0.421300802498-0.869222977169-0.371601734234-0.316312162965-0.0535424367810.3611014769570.45720484166-0.0730089725280.7285413961310.8806117157881.7479111190611.46725269489.4620176098226.9852918845
117.018610916461.068214130732.033610466878.333441864361.132613831878.135312128560.6458193439910.008718242297-0.6619102910770.608129419638-0.4032217081060.3497164822830.299216334391-0.140307626162-0.3821135284930.2183180692470.00793626547330.00171905833210.560135875875-0.07251918396730.35752874846719.1020322874-6.90137564033-14.530919023
124.401014936890.2594081147950.4879145420865.14751777846-1.559647247281.5779103792850.394316206460.875711349061-0.0679105138750.573819611269-0.6370124881050.367816722598-0.9288141301551.409608844340.2185212165210.386822801797-0.119749900774-0.04891642224710.924925076284-0.0873180190360.32162813096519.9667610167-5.03686564823-16.4319836639
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'E' and (resseq 176:221)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'E' and (resseq 222:236)
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'F' and (resseq 174:198)
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'F' and (resseq 199:235)
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resseq 176:218)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resseq 219:236)
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resseq 174:221)
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resseq 222:235)
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'G'
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H'
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C'
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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