PDB-7nx0: LTK:ALKAL1 complex stabilized by a Nanobody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nx0

タイトル

LTK:ALKAL1 complex stabilized by a Nanobody

要素

ALK and LTK ligand 1
Leukocyte tyrosine kinase receptor
Nb3.16

キーワード

PROTEIN BINDING / Cell Surface Receptor Cytokine binding Cytokine receptor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of ERK5 cascade / : / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of kinase activity / regulation of neuron differentiation / Signaling by ALK / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / cellular response to retinoic acid / peptidyl-tyrosine autophosphorylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Lama glama (ラマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

De Munck, S. / Savvides, S.N.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structural basis of cytokine-mediated activation of ALK family receptors.
著者: De Munck, S. / Provost, M. / Kurikawa, M. / Omori, I. / Mukohyama, J. / Felix, J. / Bloch, Y. / Abdel-Wahab, O. / Bazan, J.F. / Yoshimi, A. / Savvides, S.N.

履歴

登録	2021年3月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年5月25日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nx0.cif.gz	592.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nx0.ent.gz	407.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nx0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nx0_validation.pdf.gz	467.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nx0_full_validation.pdf.gz	478.1 KB	表示
XML形式データ	7nx0_validation.xml.gz	39.7 KB	表示
CIF形式データ	7nx0_validation.cif.gz	58.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nx0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nwzC 7nx1SC 7nx2C 7nx3C 7nx4C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4qt8-2 4cem-d 4jo8-1 4ezm-3 6n0v-d 3afg-d 1wu2-d 3w6p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (2) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (2) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

PDBのページ

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (2)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (2)
#43 - 2003年7月
Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Leukocyte tyrosine kinase receptor

D: Nb3.16

B: Leukocyte tyrosine kinase receptor

E: Nb3.16

A: ALK and LTK ligand 1

ヘテロ分子

101 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.110, 129.110, 109.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁
Space group name Hall	P6₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: -x,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Leukocyte tyrosine kinase receptor / Protein tyrosine kinase 1 分子量: 32069.816 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LTK, TYK1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P29376, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 抗体	Nb3.16 分子量: 13690.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Komagataella phaffii (菌類)
#3: タンパク質	ALK and LTK ligand 1 / Augmentor beta / AUG-beta / Protein FAM150A 分子量: 9045.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ALKAL1, FAM150A, UNQ9433/PRO34745 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6UXT8
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.16 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: MOPSO/BIS-TRIS pH 6.5 20% PEG 8000 40% w/v 1,5-pentanediol 5mM Na2CrO4 . 4H2O 5mM Na2MoO4 . 4H2O 5mM Na2WO4 . 4H2O 5mM Na2VO4 . 4H2O

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→42.3 Å / Num. obs: 75541 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.8 % / B_iso Wilson estimate: 38.41 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 5362 / CC_1/2: 0.88 / R_rim(I) all: 1.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NX1

7nx1

解像度: 1.95→42.26 Å / SU ML: 0.1898 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.5692
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1958	3778	5 %
R_work	0.1689	71763	-
obs	0.1703	75541	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6502	0	4	678	7184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	6648
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8989	8980
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0474	906
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0054	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7455	2312

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.97	0.2513	128	0.2432	2445	X-RAY DIFFRACTION	92.39
1.97-2	0.236	140	0.2352	2649	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2-2.03	0.2626	140	0.2272	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.03-2.06	0.2523	139	0.2244	2643	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.06-2.09	0.2607	140	0.2201	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.09-2.12	0.2535	142	0.2049	2690	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.12-2.15	0.213	138	0.1922	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.19	0.2224	141	0.1898	2668	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.19-2.23	0.2174	139	0.1876	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.27	0.2337	139	0.1869	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.2273	141	0.1893	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.32-2.37	0.2155	139	0.1877	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.42	0.2299	141	0.1805	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.43-2.49	0.241	140	0.1753	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.49-2.55	0.2331	139	0.1758	2636	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.55-2.63	0.2166	141	0.1779	2677	X-RAY DIFFRACTION	100
2.63-2.71	0.2231	139	0.1821	2645	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.71-2.81	0.2499	142	0.182	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.81-2.92	0.2156	141	0.1798	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.05	0.2113	138	0.1681	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.06-3.22	0.1645	141	0.1704	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.22-3.42	0.2167	141	0.1667	2676	X-RAY DIFFRACTION	100
3.42-3.68	0.2076	141	0.1661	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-4.05	0.1426	141	0.1484	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
4.05-4.64	0.1678	141	0.1252	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
4.64-5.84	0.1569	142	0.1459	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
5.84-42.26	0.1841	144	0.1885	2730	X-RAY DIFFRACTION	99.83

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.47463703457	-0.704436133575	-0.195541127048	5.77138939004	0.490296368662	2.63275344382	-0.0623518662687	-0.0965495316601	0.189311215144	0.225728675422	0.17415519218	0.0184790665122	-0.308067730922	0.00428203298873	-0.11597844225	0.265663566212	-0.00359996726172	-0.00307690353689	0.201804843422	-0.00840469159892	0.233944599713	-45.2037444289	24.6296441288	8.91445763048
2	9.35758208806	-1.87003305311	2.57159158586	2.05040821123	-0.870599172413	2.4614968114	-0.092066838526	-0.431913505514	-0.0198500917754	0.048745031654	0.0346165344093	-0.129124747226	-0.0193629374031	0.017401658544	0.0450265719404	0.325047302008	0.0528945404137	0.0409508364323	0.241666979629	-0.0468679848696	0.157646453359	-46.2374661534	14.6741102523	9.81765491782
3	6.59982617256	-1.94674189075	1.24366127827	1.98969186563	-0.193085807456	1.55958688528	-0.198246276506	-0.330719758905	-0.259259441813	0.0370599602884	0.133201092004	0.167450704352	-0.0311056777651	-0.0187475562204	0.0241532516491	0.352418943817	0.0107303050573	0.00908688964976	0.259623112109	-0.00349114384043	0.218838998001	-51.3774004229	13.5221422916	7.60842575444
4	1.71873813648	-1.95769008752	-1.15111754464	9.01843544446	2.77351231805	9.52244096731	-0.0984566771021	-0.160091744622	-0.524267452886	0.337902951432	-0.0523291374982	0.870353079509	0.0519090631112	-1.24635013495	0.17510957507	0.391110744789	0.125649641437	-0.0832504306699	0.663469846747	0.0154199428787	0.562506299119	-79.0440348103	18.966718243	-5.1780675906
5	5.88695043786	-0.251577743295	0.828312763548	1.88030048578	-0.13933382852	1.035282864	-0.0725285026265	0.15435999535	-0.267277122892	-0.236537754186	-0.00105477951717	-0.0535754722125	0.00861184742099	0.0624040722947	0.0221992884681	0.394842863985	0.0168283634509	0.0211938730009	0.252240326934	-0.0180016180879	0.256525605414	-48.6581090317	11.9575924178	-1.40447857753
6	2.71006438682	-0.944819564227	0.942033180329	1.60561823999	-0.0469897929081	2.46722129715	-0.190886263042	-0.355188194525	-0.89675433168	0.258228767793	0.179993706537	0.697105924351	0.214048054964	-0.416938386421	-0.110716747748	0.395700784131	-0.0607050788233	0.0274241636115	0.340598978843	0.0615110897797	0.541054939194	-63.2377524575	3.50209258958	1.972656197
7	3.11538977235	-3.20127973799	2.06182531411	3.57875956376	-1.56570407671	2.51326133257	0.440156202608	0.0889537031519	-0.778697206902	-0.408306230878	-0.180755230521	0.243795610761	0.355616791321	0.149855707743	-0.0998864907985	0.469647413129	0.0230698148311	-0.0179747626694	0.375067086114	-0.0142635352401	0.397445347986	-48.7831098796	5.12308930194	-6.5543221
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精密化 TLSグループ

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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 109 through 124 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'A' and (resid 71 through 87 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'A' and (resid 88 through 106 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'A' and (resid 107 through 121 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'A' and (resid 122 through 128 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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