+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7nx0 | ||||||
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Title | LTK:ALKAL1 complex stabilized by a Nanobody | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / Cell Surface Receptor Cytokine binding Cytokine receptor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information positive regulation of ERK5 cascade / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by LTK / regulation of neuron differentiation / Signaling by ALK / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to retinoic acid ...positive regulation of ERK5 cascade / receptor signaling protein tyrosine kinase activator activity / Signaling by LTK / regulation of neuron differentiation / Signaling by ALK / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / cellular response to retinoic acid / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / cytokine activity / receptor protein-tyrosine kinase / receptor tyrosine kinase binding / positive regulation of neuron projection development / regulation of cell population proliferation / protein tyrosine kinase activity / cell population proliferation / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor complex / protein kinase activity / protein phosphorylation / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / ATP binding / membrane / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) Lama glama (llama) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | De Munck, S. / Savvides, S.N. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: Nature / Year: 2021 Title: Structural basis of cytokine-mediated activation of ALK family receptors. Authors: De Munck, S. / Provost, M. / Kurikawa, M. / Omori, I. / Mukohyama, J. / Felix, J. / Bloch, Y. / Abdel-Wahab, O. / Bazan, J.F. / Yoshimi, A. / Savvides, S.N. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7nx0.cif.gz | 592.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7nx0.ent.gz | 407.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7nx0.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7nx0_validation.pdf.gz | 467.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7nx0_full_validation.pdf.gz | 478.1 KB | Display | |
Data in XML | 7nx0_validation.xml.gz | 39.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7nx0_validation.cif.gz | 58.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nx0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nx/7nx0 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7nwzC 7nx1SC 7nx2C 7nx3C 7nx4C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 32069.816 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: LTK, TYK1 / Production host: Homo sapiens (human) References: UniProt: P29376, receptor protein-tyrosine kinase #2: Antibody | Mass: 13690.101 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lama glama (llama) / Production host: Komagataella phaffii (fungus) #3: Protein | | Mass: 9045.223 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: ALKAL1, FAM150A, UNQ9433/PRO34745 / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q6UXT8 #4: Chemical | ChemComp-NA / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 287 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: MOPSO/BIS-TRIS pH 6.5 20% PEG 8000 40% w/v 1,5-pentanediol 5mM Na2CrO4 . 4H2O 5mM Na2MoO4 . 4H2O 5mM Na2WO4 . 4H2O 5mM Na2VO4 . 4H2O |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 2 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 1, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→42.3 Å / Num. obs: 75541 / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 20.8 % / Biso Wilson estimate: 38.41 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 26.6 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 5362 / CC1/2: 0.88 / Rrim(I) all: 1.47 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7NX1 Resolution: 1.95→42.26 Å / SU ML: 0.1898 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 21.5692 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 53.43 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→42.26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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