[日本語] English
万見
- PDB-7nvk: Crystal structure of UBA5 fragment fused to the N-terminus of UFC1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nvk
タイトルCrystal structure of UBA5 fragment fused to the N-terminus of UFC1
要素Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
キーワードLIGASE / Ubiquitin like fold modifier enzyme 5 (UBA5) / E1 / Ubiquitin fold modifier 1 (UFM1) / Ubiquitin fold modifier conjugating enzyme 1 (UFC1) / UFMYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 activating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process ...UFM1 conjugating enzyme activity / UFM1 activating enzyme activity / UFM1 transferase activity / protein ufmylation / protein K69-linked ufmylation / megakaryocyte differentiation / regulation of type II interferon production / regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / reticulophagy / neuromuscular process / response to endoplasmic reticulum stress / erythrocyte differentiation / brain development / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / intracellular membrane-bounded organelle / endoplasmic reticulum membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / zinc ion binding / extracellular exosome / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain conserved site 1 / ThiF/MoeB/HesA family / Ubiquitin-activating enzyme / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 / Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.651 Å
データ登録者Manoj Kumar, P. / Padala, P. / Isupov, M.N. / Wiener, R.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1383/17 イスラエル
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for UFM1 transfer from UBA5 to UFC1.
著者: Kumar, M. / Padala, P. / Fahoum, J. / Hassouna, F. / Tsaban, T. / Zoltsman, G. / Banerjee, S. / Cohen-Kfir, E. / Dessau, M. / Rosenzweig, R. / Isupov, M.N. / Schueler-Furman, O. / Wiener, R.
履歴
登録2021年3月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9181
ポリマ－25,9181
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.630, 84.630, 60.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5,Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1 / Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 ...Ubiquitin-activating enzyme 5 / ThiFP1 / UFM1-activating enzyme / Ubiquitin-activating enzyme E1 domain-containing protein 1 / Ufm1-conjugating enzyme 1


分子量: 25917.533 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA5, UBE1DC1, UFC1, CGI-126, HSPC155 / プラスミド: pET32A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZZ9, UniProt: Q9Y3C8

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 6mM zinc sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→46.78 Å / Num. obs: 7314 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.4 % / Biso Wilson estimate: 127.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.112 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 2.65→2.78 Å / 冗長度: 21.4 % / Num. unique obs: 953 / CC1/2: 0.292 / Rrim(I) all: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z6O

2z6o


解像度: 2.651→46.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 23.987 / SU ML: 0.466 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.723 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2638 373 5.112 %Random selection
Rwork0.2165 6923 --
all0.219 ---
obs-7296 99.986 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 157.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.318 Å2-1.159 Å2-0 Å2
2---2.318 Å2-0 Å2
3---7.519 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.651→46.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1488 0 0 0 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0121524
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4541.642065
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8445182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.88122.56182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.97615275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2221510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021160
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2680.2749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.21011
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2020.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.220.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2930.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it22.25530.794731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it30.38757.365912
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it23.01131.576792
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it30.94658.2871152
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it39.925293.1886285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.651-2.7190.544290.436493X-RAY DIFFRACTION100
2.719-2.7940.637210.427516X-RAY DIFFRACTION100
2.794-2.8750.456220.405474X-RAY DIFFRACTION100
2.875-2.9630.457300.391470X-RAY DIFFRACTION100
2.963-3.060.535390.372438X-RAY DIFFRACTION100
3.06-3.1670.386220.277434X-RAY DIFFRACTION100
3.167-3.2870.359240.273423X-RAY DIFFRACTION100
3.287-3.4210.376100.288417X-RAY DIFFRACTION100
3.421-3.5720.323290.251390X-RAY DIFFRACTION100
3.572-3.7460.358170.264379X-RAY DIFFRACTION100
3.746-3.9480.373250.235341X-RAY DIFFRACTION100
3.948-4.1870.326220.223349X-RAY DIFFRACTION100
4.187-4.4750.307140.207318X-RAY DIFFRACTION100
4.475-4.8320.341150.198292X-RAY DIFFRACTION100
4.832-5.2910.345100.206294X-RAY DIFFRACTION100
5.291-5.9120.44840.205251X-RAY DIFFRACTION100
5.912-6.8190.224130.207218X-RAY DIFFRACTION100
6.819-8.3330.18180.187195X-RAY DIFFRACTION100
8.333-11.710.189140.121143X-RAY DIFFRACTION100
11.71-46.780.07850.23888X-RAY DIFFRACTION98.9362

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る