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- PDB-7nui: Crystal structure of HLA-B*08:01 in complex with ELRSRYWAI viral ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nui
タイトルCrystal structure of HLA-B*08:01 in complex with ELRSRYWAI viral peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • GLU-LEU-ARG-SER-ARG-TYR-TRP-ALA-ILE
  • HLA-B*08:01 heavy chain
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Major Histocompatibility complex class I HLA-B
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mavridis, G. / Giastas, P. / Mpakali, A.
資金援助 ギリシャ, 1件
組織認可番号国
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)157 ギリシャ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of HLA-B*08:01 in complex with ELRSRYWAI viral peptide
著者: Mavridis, G.
履歴
登録2021年3月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-B*08:01 heavy chain
B: Beta-2-microglobulin
D: GLU-LEU-ARG-SER-ARG-TYR-TRP-ALA-ILE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3598
ポリマ－45,0053
非ポリマー3545
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5750 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.236, 40.206, 125.978
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.530, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HLA-B*08:01 heavy chain


分子量: 31930.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 D

#3: タンパク質・ペプチド GLU-LEU-ARG-SER-ARG-TYR-TRP-ALA-ILE


分子量: 1195.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Peptide from Influenza A virus protein
由来: (合成) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

-
非ポリマー , 3種, 103分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M sodium iodide, 0.1 M Bis-Tris propane, 20 % w/v PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→44.54 Å / Num. obs: 30185 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 44.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.2 / Net I/σ(I): 30316
反射 シェル解像度: 2→10 Å / Rmerge(I) obs: 0.2 / Num. unique obs: 30184

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WMQ

5wmq


解像度: 2→44.54 Å / SU ML: 0.4007 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 38.0443
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2823 1526 5.06 %
Rwork0.2296 28659 -
obs0.2322 30185 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 74.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 23 98 3249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823245
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09954405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059449
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0069584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5862447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.060.43051220.42022531X-RAY DIFFRACTION97.04
2.06-2.140.44271500.39442606X-RAY DIFFRACTION99.57
2.14-2.220.36821400.35662564X-RAY DIFFRACTION99.59
2.22-2.330.39751210.35652576X-RAY DIFFRACTION99.34
2.33-2.450.39411510.33442612X-RAY DIFFRACTION99.86
2.45-2.60.37471510.31212583X-RAY DIFFRACTION99.31
2.6-2.80.36741350.31672569X-RAY DIFFRACTION98.94
2.8-3.080.29181370.24042648X-RAY DIFFRACTION99.71
3.08-3.530.29561290.21072620X-RAY DIFFRACTION99.71
3.53-4.450.21941480.16962639X-RAY DIFFRACTION99.79
4.45-44.540.22991420.17862711X-RAY DIFFRACTION98.99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.755796748410.221989730723-0.4864677875183.141593841310.1531476518774.5282988137-0.12870302131-0.8632690254940.6132718038580.321436573711-0.1035315520560.0103254861498-1.016895161080.1604534002820.02556703412850.704112417868-0.1063354088230.006402220170990.3853746719320.03819641688690.314083320121-18.318099424919.123627709719.0594812837
24.5087356306-3.95648338354-0.4922803448045.504380998640.5050925977160.0826915468468-0.500220256507-1.328068281931.052691474151.070307401280.169297127486-0.242571743097-1.764809722880.410117970080.04824076516681.57871919366-0.197925161608-0.109494601210.661683725171-0.1123145213590.604832255339-14.521827743326.861685226224.0168823941
31.552105711990.0946646810117-1.225145475993.40585594867-1.86082414812.18846054033-0.0904505883552-0.1503367005130.5986133488680.903051292599-0.16934465786-0.213553103905-1.94402591797-0.163632527913-0.05245584049021.29897002695-0.240431770576-0.1962020207340.2300213595870.05722370496150.523318628913-17.936519234225.829321072612.4574319373
41.02295056101-1.086781234751.520659815592.40454342964-0.2442956736377.14902258637-0.1417079493870.2665059725140.0361073411725-0.193372783041-0.0617067893118-0.222194795611-0.1288903124041.001710874170.2196485074620.594154477838-0.1114051669130.01055472926870.3760077009040.06428789448810.339978487104-13.104716882111.95603709688.79380240392
51.68043788310.717064086431-0.94996586211.543455509130.6161884312995.89868936198-0.292673745477-0.0497010860729-0.4190418380320.2115000904290.0512511940661-0.527926947118-0.7957545373981.233129119430.5197702412160.286328070254-0.0559007041911-0.1319055417841.020546960510.06714436305850.779734844256-1.603388662610.273508676543.3735131901
65.89049140638-1.869998010880.9604861101345.32259643057-0.2678480445024.59808324023-0.223746525023-0.181289159073-1.288068554550.301709160204-0.015999782881-0.1628074072270.5107113446440.8115055371750.256931617040.4189681406180.151900218545-0.07705640467520.646943863160.04210544412970.747903554517-1.168607715082.816571013943.6674007344
78.853970969874.939927695535.95217231126.929585522843.428415306328.35295342374-0.523993282922-1.30395673978-1.02651827823-0.6138244070580.38693032298-0.479938449058-0.105376511996-1.07752351096-0.1804845297530.4712690423080.1738444355830.09678163809810.7354603104550.1250075419020.402804268065-20.75980699927.1202760664234.4101888309
83.268612656710.4019653766721.581662772356.718711617452.649565998365.32976798744-0.356421887351-1.901512935690.3238333156121.407879397090.4167038729-0.374952456477-1.535491599240.5998977105210.3754622582421.004820048010.235864071674-0.3087361502871.35163571638-0.1650330061640.682366414721-10.646330653618.78163249852.606278511
94.830234497360.7898215809171.909285630310.238759303373-0.2341367919177.51057840796-0.617054722456-0.876176060840.6677394404580.3383007772940.5227527534970.170481534302-1.70179449914-1.220917526530.2691046455170.7328806681270.294909008478-0.09930479835050.959469680056-0.08467917679160.438845187278-17.679015600715.400567839440.4095694623
100.0288436473130.3057562603750.1813472769065.946092064154.087743468372.85557119381-0.39100587347-1.215617637130.2321702410340.571924968762-0.129389585530.0837835460625-0.25485083948-1.954361613830.3219885712340.7950410577650.330268395622-0.04040481371241.39437946112-0.1352475964410.413116001001-28.322218566315.778737841840.5202190453
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122.36168473621.61190251891.375820637331.546228904441.457420719321.92322702915-0.721335756663-1.282137833540.434100656020.2367167468590.656632957901-0.150352667061-0.9199167756370.1339001000270.1076546831590.8229782056650.192350666863-0.08030555169650.719347987432-0.08271793687250.380487705201-18.004271313216.246643432932.8778829163
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175.36800543526-2.1292421476-1.365882924517.08003962987-6.023888187498.82370085087-0.1470386785950.361091169125-0.220991375524-0.36959125629-0.106097735426-0.497384543665-1.366821456530.834249652930.4498216408260.835597825664-0.0677231955752-0.04053468295360.3355753869770.03093353265330.419950806601-16.723373482520.16170826676.0447686469
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 28 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 29 through 49 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 50 through 84 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 85 through 174 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 175 through 197 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 198 through 276 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 11 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 12 through 19 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 20 through 30 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 46 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 47 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 52 through 71 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 72 through 77 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 78 through 83 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 84 through 90 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 91 through 99 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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