PDB-7nsy: Drosophila PGRP-LB C160S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nsy

タイトル

Drosophila PGRP-LB C160S mutant

要素

Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Peptidoglycan recognition protein / PGRP / PGRP-LB / Drosophila

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of biosynthetic process of antibacterial peptides active against Gram-negative bacteria / negative regulation of peptidoglycan recognition protein signaling pathway / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan binding / peptidoglycan catabolic process / defense response to Gram-positive bacterium / innate immune response / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Orlans, J. / Aller, P. / Da Silva, P.

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2021
タイトル: PGRP-LB: An Inside View into the Mechanism of the Amidase Reaction.
著者: Orlans, J. / Vincent-Monegat, C. / Rahioui, I. / Sivignon, C. / Butryn, A. / Soulere, L. / Zaidman-Remy, A. / Orville, A.M. / Heddi, A. / Aller, P. / Da Silva, P.

履歴

登録	2021年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年5月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nsy.cif.gz	88.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nsy.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nsy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nsy_validation.pdf.gz	418 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nsy_full_validation.pdf.gz	418.8 KB	表示
XML形式データ	7nsy_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	7nsy_validation.cif.gz	23.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ns/7nsy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nsxC 7nszC 7nt0C 1ohtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5i2z-3 3tsk-d 5i4o-3 2xz4-1 6a89-6 5i0l-1 2igw-d 4jjm-2 2poy-3 2oy2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

BBB: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

47.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.020, 49.187, 52.143
Angle α, β, γ (deg.)	71.822, 79.001, 66.840
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 14 - 177 / Label seq-ID: 16 - 179

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Isoform A of Peptidoglycan-recognition protein LB / PGRP-LB 分子量: 23770.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Please can you count the first two residue as -1 and -2 because they belong to the cleavage site of the tag. The number 1 of the sequence would be third residue. 由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 遺伝子: PGRP-LB, CG14704 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8INK6, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20%c w/v PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.4→49.39 Å / Num. obs: 67209 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.033 / R_pim(I) all: 0.033 / R_rim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 14.1

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
7.67-49.39	3.4	0.019	421	0.999	0.019	0.027
1.4-1.42	2.6	0.26	3218	0.875	0.26	0.368

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless	0.7.4	データ削減
DIALS		data processing
Coot		モデル構築
GDA		データ収集
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OHT

1oht

解像度: 1.4→49.39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.968 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 0.887 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.056 / ESU R Free: 0.058

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1879	3360	5 %
R_work	0.1666	63841	-
all	0.168	-	-
obs	-	67201	96.044 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.292 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.225 Å²	0.172 Å²	0.476 Å²
2-	-	0.718 Å²	-0.003 Å²
3-	-	-	-0.437 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→49.39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2583	0	0	263	2846

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	2700
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2418
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.906	1.638	3678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.565	1.58	5570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.705	5	343
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.152	20.791	139
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.488	15	400
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.627	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	3109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	534
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	1207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	147
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.187	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.155	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.58	1.619	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.581	1.617	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.194	2.426	1677
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.193	2.428	1678
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.668	1.908	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.667	1.909	1358
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.884	2.77	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.884	2.77	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.905	19.999	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.818	19.631	3056
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.072	0.05	5461

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07197	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07197	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.4-1.436	0.313	232	0.243	4585	0.246	5195	0.839	0.877	92.7238	0.233
1.436-1.476	0.229	224	0.214	4526	0.215	5056	0.911	0.913	93.9478	0.201
1.476-1.518	0.218	209	0.187	4424	0.188	4903	0.927	0.937	94.4932	0.175
1.518-1.565	0.205	196	0.184	4315	0.185	4760	0.936	0.94	94.7689	0.171
1.565-1.616	0.199	222	0.18	4163	0.181	4624	0.935	0.943	94.8313	0.169
1.616-1.673	0.215	222	0.174	4020	0.176	4442	0.937	0.948	95.4975	0.165
1.673-1.736	0.182	219	0.162	3878	0.163	4288	0.954	0.957	95.5457	0.154
1.736-1.807	0.186	219	0.161	3810	0.163	4198	0.952	0.958	95.9743	0.156
1.807-1.887	0.188	189	0.159	3616	0.16	3947	0.954	0.96	96.4023	0.154
1.887-1.979	0.163	186	0.152	3469	0.152	3789	0.964	0.966	96.4634	0.15
1.979-2.086	0.168	193	0.151	3336	0.152	3637	0.963	0.967	97.0305	0.153
2.086-2.212	0.161	176	0.146	3143	0.147	3412	0.968	0.971	97.2743	0.151
2.212-2.365	0.16	144	0.152	2982	0.152	3203	0.966	0.966	97.596	0.16
2.365-2.554	0.169	156	0.155	2762	0.156	2981	0.962	0.965	97.8866	0.166
2.554-2.797	0.191	131	0.153	2572	0.155	2756	0.953	0.962	98.0769	0.169
2.797-3.125	0.198	112	0.16	2351	0.161	2499	0.95	0.963	98.5594	0.179
3.125-3.607	0.181	107	0.162	2044	0.163	2180	0.959	0.962	98.6697	0.185
3.607-4.411	0.179	97	0.163	1750	0.164	1864	0.963	0.96	99.088	0.195
4.411-6.214	0.195	82	0.187	1347	0.188	1436	0.952	0.959	99.5125	0.226
6.214-49.39	0.283	44	0.232	748	0.235	799	0.888	0.932	99.1239	0.368

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