PDB-7nrr: The structure of the SBP TarP_Csal in complex with caffeate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nrr

タイトル

The structure of the SBP TarP_Csal in complex with caffeate

要素

TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / solute binding protein / TRAP transporter / lignin / hydroxycinnamate

機能・相同性

TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / transmembrane transport / metal ion binding / CAFFEIC ACID / TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

機能・相同性情報

生物種

Chromohalobacter salexigens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The structural basis for high-affinity uptake of lignin-derived aromatic compounds by proteobacterial TRAP transporters.
著者: Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

履歴

登録	2021年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nrr.cif.gz	151.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nrr.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nrr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nrr_validation.pdf.gz	926.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nrr_full_validation.pdf.gz	932 KB	表示
XML形式データ	7nrr_validation.xml.gz	30.3 KB	表示
CIF形式データ	7nrr_validation.cif.gz	40.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nrr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nrr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nqgC 7nr2C 7nraC 7nswC 7ntdC 7nteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nsw-2 7nsw-1 7nrr-2 3zep-3 4ivd-2 4bbf-4 5hx8-2 2xa4-2 4i5c-1 6smb-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

AAA: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

BBB: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

75.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.730, 119.540, 61.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit 分子量: 37688.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Protein was expressed in the presence of seleno-methionine. C-terminal linker and 6xHis tag. 由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (strain ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11) (バクテリア) 株: ATCC BAA-138 / DSM 3043 / CIP 106854 / NCIMB 13768 / 1H11 遺伝子: Csal_0280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1R0W5
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-DHC / CAFFEIC ACID / 3,4-DIHYDROXYCINNAMIC ACID / 3,4-ジヒドロキシけい皮酸分子量: 180.157 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₈O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M MES pH 6.0 and 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.97258, 0.97841, 0.97625

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月2日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97258	1
2	0.97841	1
3	0.97625	1

反射

解像度: 1.67→67.47 Å / Num. obs: 70139 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 18.4

反射シェル

解像度: 1.67→1.71 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.568 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4567 / R_pim(I) all: 0.346 / % possible all: 88.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.67→67.468 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.944 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.129 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2652	3439	4.907 %
R_work	0.2056	66643	-
all	0.209	-	-
obs	-	70082	98.511 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.702 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.156 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.504 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.653 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→67.468 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5102	0	29	245	5376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	5243
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.654	7125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.332	1.568	11038
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.46	5	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.008	22.353	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.517	15	783
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.619	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5967
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1085
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	4611
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.163	0.2	2555
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	2153
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	266
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.142	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.272	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.762	2.104	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	7.726	2.103	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.877	3.112	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.88	3.113	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	26.722	2.825	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	26.717	2.824	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	20.858	3.809	3856
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	20.856	3.808	3857
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.856	26.443	5913
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.889	26.397	5888

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.67-1.713	0.415	227	0.382	4338	0.384	5186	0.51	0.602	88.0255	0.382
1.713-1.76	0.378	238	0.364	4594	0.365	5067	0.358	0.411	95.3621	0.364
1.76-1.811	0.374	250	0.32	4639	0.322	4951	0.601	0.635	98.7477	0.32
1.811-1.867	0.322	240	0.289	4499	0.29	4757	0.752	0.759	99.6216	0.289
1.867-1.928	0.311	209	0.25	4433	0.252	4658	0.806	0.844	99.6565	0.25
1.928-1.996	0.291	223	0.221	4265	0.224	4498	0.86	0.893	99.7777	0.221
1.996-2.071	0.277	213	0.203	4126	0.207	4353	0.877	0.913	99.6784	0.203
2.071-2.156	0.226	196	0.175	3969	0.177	4173	0.92	0.937	99.8083	0.175
2.156-2.251	0.265	215	0.189	3795	0.193	4022	0.9	0.927	99.7016	0.189
2.251-2.361	0.27	193	0.17	3649	0.175	3849	0.911	0.94	99.8181	0.17
2.361-2.489	0.271	196	0.186	3471	0.191	3675	0.912	0.931	99.7823	0.186
2.489-2.639	0.274	180	0.189	3297	0.193	3486	0.917	0.934	99.7418	0.189
2.639-2.821	0.265	140	0.188	3131	0.191	3276	0.903	0.936	99.8474	0.188
2.821-3.047	0.234	152	0.196	2887	0.198	3045	0.923	0.934	99.803	0.196
3.047-3.337	0.255	144	0.211	2681	0.213	2832	0.92	0.928	99.7528	0.211
3.337-3.73	0.264	108	0.203	2478	0.206	2593	0.926	0.941	99.73	0.203
3.73-4.305	0.226	112	0.161	2167	0.164	2282	0.941	0.964	99.8685	0.161
4.305-5.267	0.197	95	0.145	1859	0.147	1960	0.965	0.973	99.6939	0.145
5.267-7.425	0.218	71	0.166	1481	0.169	1553	0.966	0.964	99.9356	0.166
7.425-67.468	0.191	37	0.191	884	0.191	925	0.948	0.959	99.5676	0.191

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