PDB-7nrj: OXA-48 with carbamylated Lys73 in complex with iodide ions at neu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nrj

タイトル

OXA-48 with carbamylated Lys73 in complex with iodide ions at neutral pH

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / OXA / apo / iodide

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.67 Å

データ登録者

Zhou, Q. / He, Y. / Jin, Y.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2023
タイトル: An Ion-Pair Induced Intermediate Complex Captured in Class D Carbapenemase Reveals Chloride Ion as a Janus Effector Modulating Activity
著者: Zhou, Q. / Catalan, P. / Bell, H. / Baumann, P. / Cooke, R. / Evans, R. / Yang, J. / Zhang, Z. / Zappala, D. / Zhang, Y. / Blackburn, G.M. / He, Y. / Jin, Y.

履歴

登録	2021年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2025年8月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nrj.cif.gz	418.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nrj.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nrj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nrj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nrj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7o5nC 7o5tC 7o9nC 7pehC 7peiC 7pepC 7pfnC 7pgoC 7pseC 7psfC 7q14C 4s2pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Beta-lactamase

BBB: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

124 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-lactamase

CCC: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
61.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: Beta-lactamase

DDD: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.764, 126.860, 111.100
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.354, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 30254.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A482LRD5, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-1BO / 1-BUTANOL / BUTAN-1-OL 分子量: 74.122 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION 分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL 分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 921 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.35 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M HEPES pH 8.0, 10% PEG 8000, 10% 1-BUTANOL mixed with the 10 mg/mL protein stock in 0.1M HEPES pH 7.5 buffer at 1:1 ratio PH範囲: 7.5-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.67→19.78 Å / Num. obs: 147826 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 1.67→1.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 7222 / CC_1/2: 0.646

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2P

4s2p

解像度: 1.67→19.741 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.958 / SU B: 2.419 / SU ML: 0.074 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.085 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1966	7450	5.041 %
R_work	0.166	140341	-
all	0.168	-	-
obs	-	147791	99.849 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.36 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.098 Å²	0 Å²	0.985 Å²
2-	-	-2.398 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.948 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.67→19.741 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7923	0	75	921	8919

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	8266
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	7753
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.602	1.634	11173
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.35	1.585	17790
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.869	5	984
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.296	22.875	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.465	15	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.041	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	1034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2058
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1324
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	6184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	474
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.155	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.145	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.811	2.264	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.808	2.263	3917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.5	3.381	4908
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.501	3.381	4909
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.875	2.644	4348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.874	2.645	4349
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.454	3.828	6265
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.454	3.829	6266
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.73	26.856	9139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.531	26.133	8931

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.67-1.713	0.433	524	0.423	10343	X-RAY DIFFRACTION	99.9081
1.713-1.76	0.36	569	0.353	10046	X-RAY DIFFRACTION	99.9153
1.76-1.811	0.335	507	0.304	9877	X-RAY DIFFRACTION	99.9807
1.811-1.867	0.264	490	0.247	9599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.867-1.928	0.227	529	0.199	9184	X-RAY DIFFRACTION	99.8869
1.928-1.996	0.225	474	0.194	8892	X-RAY DIFFRACTION	99.6489
1.996-2.071	0.184	504	0.153	8594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.071-2.156	0.202	460	0.174	8305	X-RAY DIFFRACTION	99.6362
2.156-2.252	0.189	441	0.155	7989	X-RAY DIFFRACTION	99.9881
2.252-2.362	0.195	370	0.17	7622	X-RAY DIFFRACTION	99.7753
2.362-2.489	0.179	400	0.138	7262	X-RAY DIFFRACTION	100
2.489-2.64	0.168	363	0.132	6878	X-RAY DIFFRACTION	100
2.64-2.822	0.173	337	0.15	6451	X-RAY DIFFRACTION	99.9853
2.822-3.048	0.188	281	0.137	6044	X-RAY DIFFRACTION	100
3.048-3.339	0.177	283	0.143	5596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.339-3.733	0.167	271	0.139	4993	X-RAY DIFFRACTION	99.962
3.733-4.31	0.17	253	0.124	4412	X-RAY DIFFRACTION	99.9143
4.31-5.277	0.158	188	0.132	3769	X-RAY DIFFRACTION	100
5.277-7.456	0.19	123	0.185	2958	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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