PDB-7nra: The structure of the SBP TarP_Sse in complex with cinnamate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nra

タイトル

The structure of the SBP TarP_Sse in complex with cinnamate

要素

TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / solute binding protein / TRAP transporter / lignin / hydroxycinnamate

機能・相同性

TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / : / transmembrane transport / periplasmic space / HYDROCINNAMIC ACID / TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

機能・相同性情報

生物種

Sagittula stellata E-37 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.91 Å

データ登録者

Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The structural basis for high-affinity uptake of lignin-derived aromatic compounds by proteobacterial TRAP transporters.
著者: Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

履歴

登録	2021年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nra.cif.gz	148.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nra.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nra_validation.pdf.gz	946.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nra_full_validation.pdf.gz	950.7 KB	表示
XML形式データ	7nra_validation.xml.gz	27.3 KB	表示
CIF形式データ	7nra_validation.cif.gz	39 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nr/7nra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nqgC 7nr2SC 7nrrC 7nswC 7ntdC 7nteC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7nra-2 7nr2-4 7nr2-2 4u4b-d 3uu1-1 7nr2-3 2xxk-d 2v62-2 3rcj-d 4j99-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

BBB: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

74.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

BBB: TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.120, 70.200, 85.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.120, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit 分子量: 36940.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal linker and 6xHis tag. 由来: (組換発現) Sagittula stellata E-37 (バクテリア) 遺伝子: SSE37_24379 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A3K0X1
#2: 化合物	ChemComp-HCI / HYDROCINNAMIC ACID / 3PP / 3-PHENYLPROPIONIC ACID / 3-フェニルプロピオン酸分子量: 150.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₀O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.43 % / 解説: large cuboidal
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6 M tri-sodium citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.95 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.91→64.02 Å / Num. obs: 57762 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.91→1.96 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.559 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 4328 / R_pim(I) all: 0.41 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7NR2

7nr2

解像度: 1.91→64.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 4.108 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2608	2852	4.939 %
R_work	0.2001	54893	-
all	0.203	-	-
obs	-	57745	98.499 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.818 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.606 Å²	0 Å²	0.697 Å²
2-	-	-1.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.793 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.91→64.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5015	0	22	277	5314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	5155
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.509	1.643	7028
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.315	1.576	10859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.12	5	653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.387	24.538	249
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.293	15	810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.995	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	673
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	5847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.011	0.022	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.203	0.2	1122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.173	0.2	4443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	2504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2100
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	255
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.229	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.225	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	26.186	3.047	2618
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	26.076	3.044	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	21.789	4.457	3269
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	21.818	4.46	3270
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	30.104	3.467	2537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	30.107	3.467	2536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	24.94	4.91	3759
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	24.941	4.91	3759
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	25.039	36.58	5807
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	25.037	36.577	5808

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.91-1.96	0.331	207	0.27	4119	0.273	4335	0.81	0.834	99.7924	0.27
1.96-2.013	0.297	170	0.251	4006	0.253	4193	0.832	0.861	99.5946	0.251
2.013-2.072	0.328	186	0.235	3911	0.239	4109	0.823	0.878	99.708	0.235
2.072-2.135	0.258	175	0.212	3755	0.214	3954	0.895	0.908	99.393	0.212
2.135-2.205	0.288	202	0.209	3642	0.213	3867	0.875	0.906	99.4052	0.209
2.205-2.282	0.268	206	0.191	3465	0.196	3692	0.893	0.923	99.4312	0.191
2.282-2.369	0.272	185	0.194	3395	0.198	3611	0.898	0.919	99.1415	0.194
2.369-2.465	0.268	159	0.19	3259	0.193	3454	0.902	0.926	98.9577	0.19
2.465-2.575	0.273	156	0.201	3130	0.204	3324	0.897	0.92	98.8568	0.201
2.575-2.7	0.277	185	0.206	2957	0.211	3187	0.887	0.912	98.588	0.206
2.7-2.846	0.299	143	0.206	2800	0.21	2987	0.881	0.923	98.5269	0.206
2.846-3.018	0.278	133	0.233	2681	0.235	2885	0.883	0.89	97.539	0.233
3.018-3.226	0.318	120	0.236	2508	0.24	2689	0.874	0.887	97.7315	0.236
3.226-3.484	0.297	116	0.217	2348	0.221	2515	0.879	0.906	97.9722	0.217
3.484-3.815	0.242	103	0.187	2131	0.189	2328	0.919	0.937	95.9622	0.187
3.815-4.263	0.209	103	0.159	1934	0.161	2101	0.946	0.956	96.9538	0.159
4.263-4.919	0.217	100	0.139	1667	0.143	1852	0.959	0.969	95.4104	0.139
4.919-6.016	0.225	75	0.172	1462	0.175	1587	0.938	0.954	96.8494	0.172
6.016-8.471	0.204	73	0.177	1121	0.179	1236	0.947	0.946	96.6019	0.177
8.471-64.025	0.169	55	0.202	601	0.199	717	0.964	0.95	91.4923	0.202

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