PDB-7nqg: The structure of the SBP TarP_Rhp in complex with 4-hydroxyphenyl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nqg

タイトル

The structure of the SBP TarP_Rhp in complex with 4-hydroxyphenylacetate

要素

TrapT family, dctP subunit, C4-dicarboxylate periplasmic binding protein

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / periplasmic binding protein / TRAP transporter / solute binding protein / hydroxycinnamate

機能・相同性

TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / transmembrane transport / 4-HYDROXYPHENYLACETATE / PHOSPHATE ION / TRAP transporter substrate-binding protein

機能・相同性情報

生物種

Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The structural basis for high-affinity uptake of lignin-derived aromatic compounds by proteobacterial TRAP transporters.
著者: Bisson, C. / Salmon, R.C. / West, L. / Rafferty, J.B. / Hitchcock, A. / Thomas, G.H. / Kelly, D.J.

履歴

登録	2021年3月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年1月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nqg.cif.gz	145.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nqg.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nqg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nqg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nr2C 7nraC 7nrrC 7nswC 7ntdC 7nteC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3cwe-d 4m1f-d 4ge2-1 2fjm-1 2h03-d 7dbf-d 2qry-3 1lqf-4 4ovs-1 1nq2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: TrapT family, dctP subunit, C4-dicarboxylate periplasmic binding protein

ヘテロ分子

36.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.670, 50.500, 142.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TrapT family, dctP subunit, C4-dicarboxylate periplasmic binding protein 分子量: 36450.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: M1-D4 sequence not visible in structure. N-terminal residue was found to be a PCA, formed by spontaneous cyclisation on an N-terminal glutamine (Q5). 6xHis tag on C-terminus. 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (strain ATCC BAA-98 / CGA009) (光合成細菌) 株: ATCC BAA-98 / CGA009 / 遺伝子: RPA1782 / プラスミド: pET22b+ (pelB) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N8X0
#2: 化合物	ChemComp-4HP / 4-HYDROXYPHENYLACETATE / 4-ヒドロキシフェニル酢酸分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 373 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.84 % / 解説: Plates
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris-HCl pH 8 and 20 % (w/v) PEG 6000 (+6 mM coumarate - not bound)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月29日
放射	モノクロメーター: Synchrotron / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→50.5 Å / Num. obs: 113835 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.05 / R_pim(I) all: 0.023 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.1→1.13 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.436 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7978 / R_pim(I) all: 0.328 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.1→47.647 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.982 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.978 / SU B: 0.767 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.025 / ESU R Free: 0.026 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1384	5623	4.944 %
R_work	0.1178	108113	-
all	0.119	-	-
obs	-	113736	99.583 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.509 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.026 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.128 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.102 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→47.647 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2483	0	24	373	2880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	2486
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.817	1.647	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.593	1.588	5775
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.158	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.539	23.471	121
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.164	15	441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	19.546	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.939	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	333
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3392
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	582
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.175	0.2	2224
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	1253
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.086	0.2	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	207
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.001	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.006	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.057	0.922	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.054	0.921	1295
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.416	1.396	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.415	1.397	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.731	1.151	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.73	1.149	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.081	1.622	1975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.077	1.618	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.901	12.298	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.901	12.302	3092
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.516	3	5133

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1-1.129	0.234	405	0.223	7569	X-RAY DIFFRACTION	95.8183
1.129-1.159	0.194	388	0.177	7631	X-RAY DIFFRACTION	99.0122
1.159-1.193	0.159	390	0.149	7540	X-RAY DIFFRACTION	99.8866
1.193-1.23	0.15	386	0.125	7350	X-RAY DIFFRACTION	99.8967
1.23-1.27	0.141	378	0.113	7050	X-RAY DIFFRACTION	99.9731
1.27-1.315	0.14	331	0.109	6873	X-RAY DIFFRACTION	99.9168
1.315-1.364	0.12	363	0.099	6635	X-RAY DIFFRACTION	100
1.364-1.42	0.124	315	0.091	6416	X-RAY DIFFRACTION	99.9406
1.42-1.483	0.119	306	0.088	6159	X-RAY DIFFRACTION	99.9073
1.483-1.555	0.12	301	0.084	5876	X-RAY DIFFRACTION	99.9515
1.555-1.639	0.115	323	0.083	5567	X-RAY DIFFRACTION	100
1.639-1.739	0.106	298	0.085	5294	X-RAY DIFFRACTION	99.9821
1.739-1.859	0.123	267	0.091	4990	X-RAY DIFFRACTION	100
1.859-2.007	0.113	223	0.097	4696	X-RAY DIFFRACTION	99.9797
2.007-2.198	0.115	227	0.106	4334	X-RAY DIFFRACTION	99.9781
2.198-2.457	0.147	192	0.112	3922	X-RAY DIFFRACTION	99.9514
2.457-2.836	0.153	173	0.125	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-3.471	0.148	145	0.136	2996	X-RAY DIFFRACTION	100
3.471-4.897	0.147	130	0.134	2360	X-RAY DIFFRACTION	99.9197

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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