PDB-7nq2: C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-N4-cyclopropyl-N2-m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nq2

タイトル

C-TERMINAL BROMODOMAIN OF HUMAN BRD2 WITH (S)-N4-cyclopropyl-N2-methyl-6-(1-phenylethyl)pyridine-2,4-dicarboxamide

要素

Bromodomain-containing protein 2

キーワード

NUCLEAR PROTEIN / INHIBITOR / HISTONE / EPIGENETIC READER / BROMODOMAIN / BRD2 / BROMODOMAIN CONTAINING PROTEIN 2 / ANTAGONIST

機能・相同性

機能・相同性情報

acetylation-dependent protein binding / chromatin looping / RUNX3 regulates p14-ARF / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / protein localization to chromatin / neural tube closure / lysine-acetylated histone binding / nucleosome assembly / spermatogenesis / nuclear speck ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.735 Å

データ登録者

Chung, C.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2021
タイトル: Identification of a Series of N -Methylpyridine-2-carboxamides as Potent and Selective Inhibitors of the Second Bromodomain (BD2) of the Bromo and Extra Terminal Domain (BET) Proteins.
著者: Harrison, L.A. / Atkinson, S.J. / Bassil, A. / Chung, C.W. / Grandi, P. / Gray, J.R.J. / Levernier, E. / Lewis, A. / Lugo, D. / Messenger, C. / Michon, A.M. / Mitchell, D.J. / Preston, A. / ...

履歴

登録	2021年2月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年7月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nq2.cif.gz	44.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nq2.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nq2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nq2_validation.pdf.gz	752.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nq2_full_validation.pdf.gz	753.1 KB	表示
XML形式データ	7nq2_validation.xml.gz	8.3 KB	表示
CIF形式データ	7nq2_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nq/7nq2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7npyC 7npzC 7nq0C 7nq1C 7nq3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nq9-d 6swp-d 5hfr-3 3njf-5 6vix-3 6e6j-3 4uyg-2 6e6j-6 6zb1-d 7nqi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Bromodomain-containing protein 2

ヘテロ分子

13.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.889, 52.382, 32.114
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 2 / O27.1.1 / Really interesting new gene 3 protein 分子量: 13432.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD2, KIAA9001, RING3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25440
#2: 化合物	ChemComp-ULE / ~{N}4-cyclopropyl-~{N}2-methyl-6-[(1~{S})-1-phenylethyl]pyridine-2,4-dicarboxamide 分子量: 323.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₁N₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 30% PEG 300, 0.1M MES buffer pH6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.73→32.11 Å / Num. obs: 12927 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 2.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.73→1.83 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 1842 / CC_1/2: 0.792 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.735→29.638 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 2.265 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.104 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1944	659	5.111 %
R_work	0.1614	12236	-
all	0.163	-	-
obs	-	12895	98.195 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.004 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.492 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.071 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.564 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.735→29.638 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	923	0	32	148	1103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.013	996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	913
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.218	1.64	1341
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.246	1.624	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.28	5	115
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.819	22.321	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.195	15	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.606	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	117
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1176
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	218
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.2	0.2	206
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.171	0.2	783
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	471
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	120
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.128	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.143	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.739	2.282	455
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.613	2.269	453
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.025	5.079	569
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.041	5.098	569
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.943	2.58	541
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.942	2.581	542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.331	5.546	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.328	5.549	769
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.398	21.535	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.064	20.517	1154

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.735-1.78	0.304	51	0.246	887	0.249	961	0.873	0.878	97.6067	0.217
1.78-1.828	0.201	43	0.226	849	0.224	901	0.931	0.905	99.0011	0.187
1.828-1.881	0.266	55	0.206	852	0.21	911	0.91	0.918	99.5609	0.175
1.881-1.939	0.207	47	0.194	818	0.194	873	0.92	0.933	99.0836	0.159
1.939-2.002	0.184	47	0.176	795	0.176	851	0.956	0.942	98.9424	0.146
2.002-2.072	0.238	44	0.173	770	0.177	820	0.937	0.946	99.2683	0.145
2.072-2.15	0.211	39	0.158	760	0.16	808	0.952	0.957	98.8861	0.131
2.15-2.237	0.153	34	0.151	702	0.151	747	0.967	0.964	98.5274	0.121
2.237-2.336	0.233	34	0.14	699	0.144	746	0.948	0.967	98.2574	0.113
2.336-2.449	0.19	33	0.154	663	0.156	709	0.949	0.963	98.1664	0.123
2.449-2.581	0.169	29	0.139	630	0.14	664	0.958	0.969	99.247	0.115
2.581-2.736	0.151	34	0.158	607	0.157	651	0.971	0.967	98.4639	0.127
2.736-2.923	0.224	37	0.143	572	0.148	617	0.951	0.972	98.7034	0.12
2.923-3.155	0.179	19	0.138	525	0.14	553	0.972	0.974	98.3725	0.113
3.155-3.452	0.149	30	0.141	499	0.142	535	0.978	0.978	98.8785	0.121
3.452-3.853	0.193	23	0.141	444	0.143	481	0.954	0.981	97.0894	0.131
3.853-4.437	0.186	22	0.144	393	0.146	430	0.975	0.977	96.5116	0.137
4.437-5.404	0.186	19	0.163	335	0.165	369	0.972	0.974	95.935	0.16
5.404-7.518	0.156	10	0.205	275	0.203	307	0.972	0.961	92.8339	0.191
7.518-29.638	0.165	9	0.18	161	0.179	195	0.954	0.965	87.1795	0.191

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