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万見
- PDB-7npf: Vibrio cholerae ParA2-ATPyS-DNA filament -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7npf
タイトルVibrio cholerae ParA2-ATPyS-DNA filament
要素
  • (DNA (49-MER)) x 2
  • AAA family ATPase
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / ATPase (ATPアーゼ) / Chromosome segregation / Bacterial cell division / filament
機能・相同性AAA domain / AAA domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Chromosome partitioning protein ParA
機能・相同性情報
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
Neoarius leptaspis (魚類)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Parker, A.V. / Bergeron, J.R.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: The structure of the bacterial DNA segregation ATPase filament reveals the conformational plasticity of ParA upon DNA binding.
著者: Alexandra V Parker / Daniel Mann / Svetomir B Tzokov / Ling C Hwang / Julien R C Bergeron /
要旨: The efficient segregation of replicated genetic material is an essential step for cell division. Bacterial cells use several evolutionarily-distinct genome segregation systems, the most common of ...The efficient segregation of replicated genetic material is an essential step for cell division. Bacterial cells use several evolutionarily-distinct genome segregation systems, the most common of which is the type I Par system. It consists of an adapter protein, ParB, that binds to the DNA cargo via interaction with the parS DNA sequence; and an ATPase, ParA, that binds nonspecific DNA and mediates cargo transport. However, the molecular details of how this system functions are not well understood. Here, we report the cryo-EM structure of the Vibrio cholerae ParA2 filament bound to DNA, as well as the crystal structures of this protein in various nucleotide states. These structures show that ParA forms a left-handed filament on DNA, stabilized by nucleotide binding, and that ParA undergoes profound structural rearrangements upon DNA binding and filament assembly. Collectively, our data suggest the structural basis for ParA's cooperative binding to DNA and the formation of high ParA density regions on the nucleoid.
履歴
登録2021年2月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年10月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / em_admin ...atom_site / em_admin / em_entity_assembly / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / entity_src_nat / pdbx_database_proc / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_ref_seq_depositor_info / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id ..._atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _em_admin.last_update / _em_entity_assembly.entity_id_list / _entity_src_nat.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_seq_map_depositor_info.entity_id / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_ref_seq_depositor_info.entity_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.ref_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-12515
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12515
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAA family ATPase
B: AAA family ATPase
C: AAA family ATPase
D: AAA family ATPase
E: AAA family ATPase
F: AAA family ATPase
G: AAA family ATPase
H: AAA family ATPase
I: DNA (49-MER)
J: DNA (49-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,07126
ポリマ－401,69010
非ポリマー4,38016
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area47010 Å2
ΔGint-341 kcal/mol
Surface area141950 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
AAA family ATPase / Chromosome partitioning protein ParA / ParA family protein / Plasmid partition protein A


分子量: 46440.969 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌)
遺伝子: parA, BC353_10845, C9J66_03480, D6U24_01990, ERS013138_01197, ERS013166_00021, ERS013186_00500, ERS013193_00027, ERS013198_00323, ERS013199_01186, ERS013200_00295, ERS013202_00851, ...遺伝子: parA, BC353_10845, C9J66_03480, D6U24_01990, ERS013138_01197, ERS013166_00021, ERS013186_00500, ERS013193_00027, ERS013198_00323, ERS013199_01186, ERS013200_00295, ERS013202_00851, ERS013206_01885, EYB64_07940, F0315_18570, FLM02_03395, FXF03_20770, HPY05_13545
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A085S0Z4
#2: DNA鎖 DNA (49-MER)


分子量: 15302.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neoarius leptaspis (魚類)
#3: DNA鎖 DNA (49-MER)


分子量: 14860.490 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Neoarius leptaspis (魚類)
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: ParA2-ATPgS-DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 52.02 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -80.57 ° / 軸方向距離/サブユニット: 28.68 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 182997 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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