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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nos
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with 4-bromo-6-(trifluoromethyl)-1H-benzo[d]imidazole.
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / ArgF / Ornithine Carbamoyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Chem-UJZ / Ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Mendes, V. / Gupta, P. / Burgess, A. / Sebastian-Perez, V. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1158806 米国
引用ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / Blundell, T.L. / Tiwari, S. / Mendes, V.
履歴
登録2021年2月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年6月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
C: Ornithine carbamoyltransferase
D: Ornithine carbamoyltransferase
E: Ornithine carbamoyltransferase
F: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)200,80517
ポリマ－199,2506
非ポリマー1,55511
水21,6721203
1
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
C: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,3659
ポリマ－99,6253
非ポリマー7406
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7350 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area31460 Å2
手法PISA
2
D: Ornithine carbamoyltransferase
E: Ornithine carbamoyltransferase
F: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,4408
ポリマ－99,6253
非ポリマー8155
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6640 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area31120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.995, 143.606, 97.815
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.480, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Ornithine carbamoyltransferase / OTCase


分子量: 33208.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
遺伝子: argF, Rv1656, MTCY06H11.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIT9, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-UJZ / 4-bromanyl-6-(trifluoromethyl)-1~{H}-benzimidazole


分子量: 265.030 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H4BrF3N2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 150 mM ammonium dihydrogen phosphate 10 mM praseodymium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→81.61 Å / Num. obs: 219906 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 1170700 / Scaling rejects: 1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.77-1.865.31.274168321320440.5510.611.4171.1100
5.58-81.615.10.0243614970900.9990.0110.02753.999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation8.03 Å81.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P2G

2p2g


解像度: 1.77→53.91 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1919 10795 4.91 %
Rwork0.1698 209045 -
obs0.1709 219840 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 133.59 Å2 / Biso mean: 41.7507 Å2 / Biso min: 23.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→53.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13589 0 82 1203 14874
Biso mean--63.8 48.45 -
残基数----1807
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.77-1.790.343210.319669797300
1.79-1.810.32743390.292469827321
1.81-1.830.29873500.267569727322
1.83-1.850.2753300.249669737303
1.85-1.880.24863350.240469677302
1.88-1.90.26993760.239868997275
1.9-1.930.27373530.250670007353
1.93-1.960.26473670.23770047371
1.96-1.990.26053460.219268947240
1.99-2.020.25383400.201969847324
2.02-2.060.22093220.193269957317
2.06-2.090.20293440.184869877331
2.09-2.130.21373750.179869277302
2.13-2.180.21524160.171868977313
2.18-2.220.20643350.173669887323
2.22-2.280.20663720.178669367308
2.28-2.330.22464000.177969267326
2.33-2.40.20963830.17669417324
2.4-2.470.20013810.174169417322
2.47-2.550.20183770.171769357312
2.55-2.640.19993710.165769907361
2.64-2.740.17933860.16769117297
2.74-2.870.20433540.175870117365
2.87-3.020.18853080.169169747282
3.02-3.210.19024200.168869517371
3.21-3.460.17934250.16268947319
3.46-3.80.17273710.160970187389
3.8-4.350.15312570.137571057362
4.35-5.490.15513830.144569887371
5.49-53.910.18673580.167970767434
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4666-0.63-0.46521.07790.3720.5891-0.0108-0.00030.02560.01150.0223-0.0004-0.07640.0412-00.2509-0.0173-0.00160.3074-0.01740.28810.2552-4.6083-42.0205
20.408-0.53920.38360.8325-0.39880.19560.11150.17930.081-0.3175-0.1451-0.0985-0.1219-0.0137-0.00050.38540.02720.02910.39480.01220.3148-2.44253.1468-56.3969
30.7227-0.0007-0.36021.1190.4610.8033-0.08470.0019-0.0575-0.08660.1084-0.13350.03870.116800.2204-0.00920.01930.3479-0.02860.30713.2025-17.5447-49.7487
40.6627-0.2166-0.69321.2048-0.27240.8397-0.1927-0.0195-0.12310.05680.06230.02690.2375-0.0445-0.00050.2229-0.03020.01960.2926-0.02270.28914.0886-23.0189-48.8395
51.30860.1330.09121.24680.17820.7036-0.042-0.069-0.12270.0923-0.05510.16910.1119-0.0355-00.2654-0.02230.0340.3056-0.02260.3429-28.3028-15.4757-37.4287
60.44530.07510.10980.26740.13750.069-0.06590.1411-0.0579-0.13430.02680.1752-0.17220.097-0.00010.2419-0.0239-0.01230.3415-0.03310.3244-19.6619-11.3494-48.9685
71.11650.59990.75041.24040.57430.7124-0.00070.1514-0.2906-0.0198-0.13670.31970.1044-0.0526-0.08480.2245-0.02960.00440.3493-0.10970.4926-38.1555-22.6123-48.1146
80.76970.40740.48991.04630.84470.4867-0.2002-0.08970.01010.0745-0.13170.5589-0.2333-0.1104-0.14870.13320.0221-0.06760.3331-0.09940.5312-43.2682-10.6032-47.5315
90.8459-0.2065-0.20341.241-0.49521.31260.0140.0282-0.03720.0023-0.0890.0876-0.1369-0.043-00.3040.0154-0.03250.3112-0.02390.2863-22.034314.0055-47.7453
100.1835-0.1111-0.10240.3193-0.04340.0898-0.08270.06220.0822-0.2889-0.02620.14740.0934-0.090200.4346-0.0446-0.08920.3489-0.02170.4199-31.3354-0.783-54.3012
110.87810.3137-0.42070.8636-0.47011.6707-0.03590.12770.0599-0.19490.04740.0804-0.2002-0.1858-0.00010.44160.0304-0.09020.3406-0.01070.2923-23.918522.704-61.2305
120.6123-0.31630.3770.2487-0.43670.58250.13040.1709-0.0342-0.00610.02830.0141-0.11690.0204-00.534-0.0389-0.02960.39920.02690.3056-13.575121.7092-74.5466
130.32760.0629-0.02890.2346-0.2780.5569-0.01180.1021-0.026-0.1347-0.05070.0042-0.17910.2638-0.00010.4835-0.0657-0.01480.41360.02350.326-4.480724.5641-65.9729
140.19890.04290.30920.44-0.13170.38650.14970.05440.10250.0401-0.04450.0399-0.27840.01060.00010.33150.0189-0.03960.3041-0.00780.2969-18.739617.1551-48.2269
151.0575-0.4501-0.08240.9663-0.09360.6033-0.02520.10240.05630.06890.0544-0.0014-0.08650.06010.00010.31320.01810.010.31150.01870.2826-21.777123.7364-23.5463
160.27820.0394-0.10820.3210.04860.0246-0.1167-0.1621-0.02950.42680.13480.12730.18440.11460.00010.47540.0850.00280.36550.00460.3084-16.825917.0182-11.2295
170.8916-0.74640.03750.8945-0.21380.1366-0.0307-0.10120.14160.28420.1141-0.0345-0.1162-0.028-00.4110.0601-0.00530.319-0.00990.3106-22.426529.1181-15.1637
181.5649-0.4403-0.42220.87950.35770.534-0.0994-0.12990.04110.22050.15390.1311-0.03770.0329-00.39290.08790.08450.29710.06040.3113-37.201932.4173-12.632
190.66510.02570.15761.1019-0.85711.4468-0.05110.0758-0.0139-0.0533-0.0622-0.10670.018-0.1977-00.3293-0.01670.02210.3117-0.00490.2963-26.9035-6.2385-13.17
200.23450.0022-0.19760.4346-0.18960.1267-0.01450.0776-0.14520.3290.04320.0921-0.3383-0.13290.00020.55230.10640.05140.33630.06480.3432-31.983310.8698-8.0288
210.2714-0.0141-0.22230.8682-1.01921.8964-0.04650.0385-0.00370.03170.02210.04080.0843-0.365300.3469-0.0450.04340.3497-0.01820.3227-32.3939-13.5107-0.6164
221.03890.2831-0.03880.5292-0.73021.7354-0.0991-0.1085-0.073-0.0151-0.091-0.1050.38760.1388-0.00020.43760.00550.06630.29010.01990.3666-19.6236-21.96878.4867
230.22480.1181-0.29080.1531-0.27040.348-0.0092-0.17780.1103-0.2196-0.0205-0.14430.2988-0.2431-0.00020.3308-0.03790.03110.3355-0.00480.3249-24.7685-10.325-12.7035
241.04890.40530.520.98440.48930.9572-0.04620.0552-0.03310.05190.03620.0017-0.0511-0.02970.00010.3239-0.0101-0.00050.26490.0040.28990.73743.8666-16.5726
251.23730.4586-0.16530.29090.19240.62370.0472-0.1677-0.03870.1779-0.0596-0.0031-0.0547-0.0036-00.4035-0.0355-0.02050.32910.02440.3121-0.48751.2746-6.2507
261.1293-0.19230.97540.68730.15740.9886-0.1120.0147-0.10050.16630.0664-0.2042-0.14580.1432-0.00480.4612-0.0814-0.09280.37430.00180.364719.427815.0256-4.8165
270.98630.07970.53640.6472-0.25680.8654-0.1670.06870.05680.00170.0184-0.0362-0.31520.0076-0.00270.4109-0.0457-0.04710.27950.00520.28538.817919.5561-13.3517
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 64 )A0 - 64
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 65 through 114 )A65 - 114
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 115 through 231 )A115 - 231
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 232 through 307 )A232 - 307
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 50 )B1 - 50
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 51 through 84 )B51 - 84
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 85 through 245 )B85 - 245
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 246 through 307 )B246 - 307
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 64 )C1 - 64
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 65 through 94 )C65 - 94
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 95 through 208 )C95 - 208
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 209 through 245 )C209 - 245
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 246 through 284 )C246 - 284
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 285 through 307 )C285 - 307
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 1 through 50 )D1 - 50
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 51 through 83 )D51 - 83
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 84 through 159 )D84 - 159
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 160 through 307 )D160 - 307
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'E' and (resid 1 through 64 )E1 - 64
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 65 through 94 )E65 - 94
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 95 through 201 )E95 - 201
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 202 through 284 )E202 - 284
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 285 through 307 )E285 - 307
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'F' and (resid 0 through 64 )F0 - 64
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'F' and (resid 65 through 143 )F65 - 143
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'F' and (resid 144 through 245 )F144 - 245
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 246 through 307 )F246 - 307

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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