PDB-7nnz: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nnz

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis ArgF in complex with 5-methyl-4-phenylthiazol-2-amine.

要素

Ornithine carbamoyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / ArgF / Ornithine Carbamoyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / L-arginine biosynthetic process via ornithine / L-arginine biosynthetic process / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Mendes, V. / Gupta, P. / Burgess, A. / Sebastian-Perez, V. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Blundell, T.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Comput Struct Biotechnol J / 年: 2021
タイトル: A fragment-based approach to assess the ligandability of ArgB, ArgC, ArgD and ArgF in the L-arginine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis
著者: Gupta, P. / Thomas, S.E. / Zaidan, S.A. / Pasillas, M.A. / Cory-Wright, J. / Sebastian-Perez, V. / Burgess, A. / Cattermole, E. / Meghir, C. / Abell, C. / Coyne, A.G. / Jacobs, W.R. / ...

履歴

登録	2021年2月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nnz.cif.gz	710.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nnz.ent.gz	587.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nnz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7nnz_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nnz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	7nnz_validation.xml.gz	80.3 KB	表示
CIF形式データ	7nnz_validation.cif.gz	121 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nn/7nnz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7nlfC 7nlnC 7nloC 7nlpC 7nlqC 7nlrC 7nlsC 7nltC 7nluC 7nlwC 7nlxC 7nlyC 7nlzC 7nm0C 7nn1C 7nn4C 7nn7C 7nn8C 7nnbC 7nncC 7nnfC 7nniC 7nnqC 7nnrC 7nnvC 7nnwC 7nnyC 7norC 7nosC 7notC 7nouC 7novC 7np0C 7nphC 7npjC 2p2gS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7nny-1 7nnf-2 7nnv-1 7nnw-1 7nor-1 7nov-1 7nos-1 7np0-2 7np0-1 7nos-2 7nnz-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

D: Ornithine carbamoyltransferase

E: Ornithine carbamoyltransferase

F: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

201 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ornithine carbamoyltransferase

B: Ornithine carbamoyltransferase

C: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
100 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Ornithine carbamoyltransferase

E: Ornithine carbamoyltransferase

F: Ornithine carbamoyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.617, 143.002, 97.591
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 117.580, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Ornithine carbamoyltransferase / OTCase 分子量: 33208.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: argF, Rv1656, MTCY06H11.21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WIT9, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-PTZ / 5-methyl-4-phenyl-1,3-thiazol-2-amine / 2-Amino-5-methyl-4-phenylthiazole / 4-フェニル-5-メチルチアゾ-ル-2-アミン分子量: 190.265 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₀N₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.75 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 150 mM ammonium dihydrogen phosphate 10 mM praseodymium acetate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.68→81.2 Å / Num. obs: 252690 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 1305874 / Scaling rejects: 489

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.68-1.77	4.4	0.988	162377	36825	0.456	0.53	1.128	1.7	99.8
5.31-81.2	5.1	0.067	41210	8075	0.994	0.031	0.074	20.3	98.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	7.97 Å	81.2 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2	精密化
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2P2G

2p2g

解像度: 1.68→48.96 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1827	12793	5.06 %
R_work	0.1668	239824	-
obs	0.1676	252617	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.41 Å² / B_iso mean: 27.8882 Å² / B_iso min: 12.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.68→48.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13603	0	110	1854	15567
B_iso mean	-	-	36.2	38.72	-
残基数	-	-	-	-	1811

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.68-1.7	0.2896	378	0.2803	8035	8413	100
1.7-1.72	0.3024	437	0.2704	7902	8339	100
1.72-1.74	0.2668	428	0.2543	7940	8368	100
1.74-1.76	0.262	385	0.2458	8043	8428	100
1.76-1.78	0.2773	432	0.2377	7969	8401	100
1.78-1.81	0.2529	389	0.219	8046	8435	100
1.81-1.83	0.2307	408	0.2159	7987	8395	100
1.83-1.86	0.2468	441	0.2158	7945	8386	100
1.86-1.89	0.2503	406	0.2157	7998	8404	100
1.89-1.92	0.235	436	0.1981	7972	8408	100
1.92-1.95	0.2328	410	0.1871	8016	8426	100
1.95-1.99	0.2126	404	0.1797	8022	8426	100
1.99-2.03	0.2033	457	0.1734	7900	8357	100
2.03-2.07	0.206	434	0.174	7981	8415	100
2.07-2.12	0.1951	373	0.1685	8030	8403	100
2.12-2.16	0.1797	486	0.1625	7927	8413	100
2.16-2.22	0.187	440	0.1617	7989	8429	100
2.22-2.28	0.1875	401	0.1628	8033	8434	100
2.28-2.35	0.1767	407	0.1631	8020	8427	100
2.35-2.42	0.1907	454	0.1613	7968	8422	100
2.42-2.51	0.1824	470	0.1621	7963	8433	100
2.51-2.61	0.1782	440	0.1606	7987	8427	100
2.61-2.73	0.1987	447	0.1622	7973	8420	100
2.73-2.87	0.194	482	0.1692	7962	8444	100
2.87-3.05	0.1685	391	0.1615	8066	8457	100
3.05-3.29	0.1701	389	0.1581	8042	8431	100
3.29-3.62	0.16	398	0.1555	8070	8468	100
3.62-4.14	0.1368	447	0.1365	7997	8444	100
4.14-5.21	0.1381	465	0.1364	8004	8469	100
5.21-48.96	0.1867	458	0.1734	8037	8495	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4658	-0.34	-0.3152	0.4421	0.2609	0.2914	0.042	0.0711	0.0126	-0.0397	-0.0392	0.0072	-0.0679	-0.0215	-0	0.1416	0.0033	-0.011	0.1784	-0.0031	0.1525	0.7165	-3.4379	-47.4976
2	0.4064	0.0915	-0.2691	0.4683	0.1043	0.5611	-0.07	-0.0122	-0.0453	-0.0195	0.0502	-0.027	0.082	0.0587	-0	0.1322	0.0031	0.0014	0.1799	-0.0075	0.1618	10.2575	-21.7832	-49.7635
3	0.0832	0.0138	0.0303	0.0169	-0.0117	0.0241	-0.0506	-0.1491	-0.1083	0.1259	-0.0916	0.2157	0.1297	-0.1574	-0.0001	0.1797	-0.0305	0.0568	0.1956	-0.0267	0.2714	-32.5651	-20.1599	-35.3578
4	0.092	0.1121	-0.0152	0.1052	0.0223	0.035	-0.0307	0.0642	0.0676	-0.011	-0.0206	0.1481	-0.0779	-0.0085	-0	0.1419	-0.0015	-0.0069	0.189	-0.0068	0.2077	-23.4504	-8.4924	-42.024
5	0.0634	0.0296	-0.0193	0.0519	-0.0292	0.0069	-0.0858	0.2441	-0.1945	-0.1125	0.0288	0.0688	-0.0144	-0.0185	-0	0.1846	-0.0224	0.0285	0.2876	-0.0596	0.2756	-12.737	-18.3215	-49.1109
6	0.1608	0.1353	0.0309	0.1921	-0.1361	0.5408	-0.0594	0.0908	-0.099	0.0369	-0.0502	0.1101	0.1353	0.0046	-0.0559	0.1423	-0.0103	0.0109	0.1921	-0.0694	0.2532	-28.9934	-19.982	-45.5953
7	0.0601	-0.0683	0.0659	0.1535	-0.1068	0.079	0.1065	0.0358	-0.1361	-0.0288	-0.2544	0.3686	0.1762	-0.1244	0.0252	0.1121	-0.0745	0.0122	0.3435	-0.1918	0.4684	-45.3214	-23.8897	-48.5718
8	0.0683	0.0083	0.0207	0.0052	0.0009	0.0047	0.2262	-0.1001	-0.1946	-0.0155	-0.031	0.0408	0.1219	0.0106	0.0622	0.0576	-0.4071	0.0321	-0.0921	-0.2439	0.6232	-42.3331	-33.5346	-42.9464
9	0.0457	0.0144	-0.0219	0.0151	-0.0016	0.0081	-0.049	-0.0613	-0.0659	0.0037	-0.1547	0.1411	0.0129	-0.0967	-0.0898	-0.3823	-0.2744	-0.1239	0.3885	-0.3961	0.6793	-54.338	-25.5549	-51.0577
10	0.0203	0.004	0.0117	0.0657	0.0136	0.0293	0.06	0.0034	-0.018	-0.1485	-0.1018	0.2932	0.0241	-0.0258	-0.0122	0.2	0.021	-0.0868	0.3456	-0.1661	0.429	-48.2455	-17.6857	-57.9537
11	0.1915	-0.0424	-0.0275	0.029	0.0123	0.0403	-0.212	-0.0337	0.13	-0.1328	-0.159	0.5034	-0.1242	-0.1568	-0.2066	0.0354	0.0895	-0.2884	0.4402	-0.2413	0.5162	-50.3634	-9.464	-53.4068
12	0.031	0.0349	0.0135	0.0668	0.0452	0.037	0.0227	-0.0466	-0.018	0.0657	-0.1095	0.2158	0.0669	-0.0665	-0.0088	0.1514	-0.0029	0.0029	0.1863	-0.0353	0.2479	-31.7869	-12.2023	-38.5881
13	0.325	0.0687	-0.1214	0.4565	-0.3406	0.4292	-0.004	0.0248	-0.0216	-0.1301	-0.0042	0.0515	0.0383	-0.0181	-0	0.2028	0.0041	-0.0302	0.1766	-0.0213	0.1727	-24.713	11.0612	-51.9391
14	0.1844	0.0382	-0.0093	0.0783	-0.1347	0.176	0.0553	0.1079	0.0447	-0.088	-0.0378	0.0319	-0.2343	-0.0741	-0	0.3083	0.0238	-0.0285	0.2233	0.0192	0.1838	-19.6099	28.179	-66.2147
15	0.0506	-0.0398	0.0372	0.0214	-0.0222	0.0056	0.0782	0.0682	-0.0955	-0.0762	-0.0445	-0.0022	0.0266	0.1577	0.0001	0.352	-0.0229	-0.0156	0.3322	0.0245	0.2164	-9.9387	21.6503	-76.2426
16	0.0464	0.0046	-0.0103	0.025	-0.0481	0.0677	-0.0398	0.1178	0.033	-0.0461	-0.0517	-0.0422	-0.0644	0.2638	-0	0.2704	-0.0291	0.0012	0.2999	0.0177	0.2105	-4.1612	22.6262	-63.9362
17	0.0281	0.0141	0.0418	0.0552	-0.0012	0.0628	0.0306	0.0989	0.0885	-0.0046	-0.0228	0.0287	-0.1105	-0.0131	-0	0.1886	0.0118	-0.0178	0.1958	-0.0061	0.1783	-18.4994	16.9488	-47.8928
18	0.3126	-0.1016	0.0041	0.165	0.0803	0.1421	-0.0547	0.0424	-0.0165	0.07	0.0752	0.0263	-0.002	-0.015	0	0.1779	0.0288	0.0069	0.1751	0.0148	0.1588	-21.6848	21.6317	-21.5175
19	0.21	-0.2324	-0.1172	0.4102	-0.0354	0.1467	-0.0566	-0.0878	0.054	0.1591	0.1063	-0.0138	-0.0067	-0.0182	-0.0009	0.2091	0.0616	-0.0221	0.1861	-0.0149	0.1714	-19.9735	27.055	-13.5084
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22	0.0221	-0.0014	-0.0177	0.0752	0.0613	0.0405	-0.1507	-0.0878	-0.1439	0.2634	0.1181	0.3111	0.0648	0.0004	-0.001	0.2561	0.0769	0.104	0.238	0.0642	0.2499	-45.5954	26.0221	-9.0264
23	0.0369	-0.0403	-0.0043	0.0375	0.0007	0.0188	-0.0253	0.05	-0.0054	0.0809	0.0684	0.0015	-0.0098	-0.0204	0.0001	0.1897	0.0259	0.0174	0.1797	0.0161	0.1784	-26.3599	21.705	-22.2876
24	0.0064	-0.0135	0.0163	0.0747	-0.078	0.0506	-0.0203	0.1394	-0.0213	-0.0717	-0.0159	0.0077	0.2425	-0.2931	0	0.21	-0.0444	0.0072	0.2598	-0.0034	0.1758	-33.0819	-12.8695	-12.9065
25	0.1545	0.1205	-0.1023	0.244	-0.2702	0.1805	-0.0346	0.0466	-0.0113	0.1283	0.0174	-0.0266	-0.1147	-0.0261	-0.0042	0.2538	0.0208	0.0077	0.1578	0.018	0.1662	-25.7816	4.0498	-10.3372
26	0.0748	0.032	0.0094	0.1012	-0.1461	0.3597	-0.0289	0.0428	0.0033	-0.0045	0.0015	-0.0455	0.0406	-0.2221	-0.0005	0.231	-0.0171	0.0355	0.2044	0.0018	0.1765	-30.793	-12.4637	-0.8089
27	0.053	-0.024	-0.0664	0.1267	0.0201	0.0872	-0.1321	0.0382	-0.2224	-0.0004	0.0602	0.0188	0.4034	-0.2603	-0.0068	0.289	-0.0942	0.0371	0.2276	-0.0044	0.2101	-34.1418	-24.3522	4.3079
28	0.1764	0.053	0.0164	0.0464	-0.0848	0.1195	-0.073	-0.0731	-0.0196	-0.0291	-0.1095	-0.0258	0.1277	0.1815	-0.0005	0.2705	0.0101	0.0458	0.1914	0.0191	0.2147	-16.7653	-20.2814	8.9947
29	0.0357	0.0083	-0.0457	0.0179	-0.0082	0.0548	-0.1038	-0.0808	-0.0481	-0.0604	0.04	-0.0542	0.1244	-0.1343	-0	0.2009	-0.0215	0.0294	0.2114	-0.0043	0.1995	-24.7573	-10.4629	-12.6818
30	0.0779	0.0467	-0.0334	0.0529	0.0225	0.038	-0.03	0.0609	-0.0496	-0.0444	0.0391	-0.151	0.0235	0.1472	-0.0001	0.1758	0.0045	0.0012	0.1641	-0.0231	0.2174	9.464	0.6212	-17.2924
31	0.4393	0.1269	0.2266	0.3035	0.2563	0.2564	0.0311	-0.0906	0.0159	0.088	-0.0532	0.0089	0.0243	-0.0701	0	0.1883	-0.0155	0.0072	0.1719	0.0034	0.1604	-2.1251	2.4501	-8.9635
32	0.3817	0.1433	0.3842	0.2922	0.0537	0.3645	-0.0672	-0.027	-0.0215	0.0578	0.0204	-0.1474	-0.1584	0.1043	-0	0.2465	-0.0174	-0.0442	0.207	-0.0144	0.2379	17.8008	18.2284	-6.1359
33	0.0606	-0.0042	0.0419	0.0218	-0.0154	0.0528	-0.0558	0.0034	-0.024	0.049	0.0535	-0.0863	-0.048	-0.0208	0.0001	0.1837	0.0074	-0.0065	0.1643	-0.0099	0.197	3.4066	6.9278	-18.1044

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 143 )	A	0 - 143
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 144 through 307 )	A	144 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 1 through 28 )	B	1 - 28
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 29 through 64 )	B	29 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 65 through 94 )	B	65 - 94
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 95 through 143 )	B	95 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 144 through 187 )	B	144 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 188 through 201 )	B	188 - 201
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 202 through 215 )	B	202 - 215
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 216 through 245 )	B	216 - 245
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 246 through 284 )	B	246 - 284
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 285 through 307 )	B	285 - 307
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 1 through 143 )	C	1 - 143
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 144 through 231 )	C	144 - 231
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 232 through 254 )	C	232 - 254
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 255 through 284 )	C	255 - 284
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 285 through 307 )	C	285 - 307
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 0 through 64 )	D	0 - 64
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 65 through 159 )	D	65 - 159
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 160 through 208 )	D	160 - 208
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 209 through 245 )	D	209 - 245
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 246 through 284 )	D	246 - 284
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 285 through 307 )	D	285 - 307
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 1 through 28 )	E	1 - 28
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 29 through 94 )	E	29 - 94
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 95 through 187 )	E	95 - 187
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 188 through 223 )	E	188 - 223
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'E' and (resid 224 through 284 )	E	224 - 284
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'E' and (resid 285 through 307 )	E	285 - 307
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 0 through 28 )	F	0 - 28
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 29 through 143 )	F	29 - 143
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 144 through 284 )	F	144 - 284
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 285 through 307 )	F	285 - 307

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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