PDB-7nmj: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nmj

タイトル

Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radiodurans in complex with ADP

要素

PPK2 domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / Polyphosphate / ATP / ADP / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Silva, S.T.N. / Romao, C.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radiodurans in complex with ADP
著者: Silva, S.T.N. / Romao, C.

履歴

登録	2021年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nmj.cif.gz	697.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nmj.ent.gz	529.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nmj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nmj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/7nmj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7bmmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3icw-d 2ghr-d 4ir0-d 2vdj-d 6i8w-1 6ldh-d 5yta-2 6qf9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PPK2 domain-containing protein

B: PPK2 domain-containing protein

C: PPK2 domain-containing protein

D: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

125 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PPK2 domain-containing protein

D: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PPK2 domain-containing protein

C: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.784, 78.849, 112.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.392, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 2 through 11 or resid 13...
d_2	ens_1	(chain "B" and (resid 2 through 11 or resid 13...
d_3	ens_1	(chain "C" and (resid 2 through 11 or resid 13...
d_4	ens_1	(chain "D" and (resid 2 through 11 or resid 13...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Label asym-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	ASP	GLY	A	2 - 11
d_1	2	ens_1	ARG	ILE	A	13 - 149
d_1	3	ens_1	HIS	PRO	A	151 - 172
d_1	4	ens_1	GLU	SER	A	174 - 261
d_1	5	ens_1	VAL	ILE	A	263 - 265
d_2	1	ens_1	ASP	GLY	D	2 - 11
d_2	2	ens_1	ARG	ILE	D	13 - 149
d_2	3	ens_1	HIS	PRO	D	151 - 172
d_2	4	ens_1	GLU	SER	D	174 - 261
d_2	5	ens_1	VAL	ILE	D	263 - 265
d_3	1	ens_1	ASP	GLY	H	2 - 11
d_3	2	ens_1	ARG	ILE	H	13 - 149
d_3	3	ens_1	HIS	PRO	H	151 - 172
d_3	4	ens_1	GLU	SER	H	174 - 261
d_3	5	ens_1	VAL	ILE	H	263 - 265
d_4	1	ens_1	ASP	GLY	K	2 - 11
d_4	2	ens_1	ARG	ILE	K	13 - 149
d_4	3	ens_1	HIS	PRO	K	151 - 172
d_4	4	ens_1	GLU	SER	K	174 - 261
d_4	5	ens_1	VAL	ILE	K	263 - 265

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.999986431971, -0.000173679867679, -0.00520631432498), (0.000195100777789, -0.999991517676, -0.00411418420952), (-0.00520555561237, -0.00411514414413, 0.999977983647)	7.47530174061, 30.9076226955, 0.13571676569
2	given	(-0.978464964034, 0.206270646392, -0.0076638498982), (0.206190206687, 0.978459552953, 0.0101243223043), (0.00958711765128, 0.00832608386483, -0.999919378501)	4.42630161546, -0.912699131138, 61.2877437594
3	given	(0.978221100299, -0.20698696831, 0.0154878623399), (-0.206920158022, -0.978340544699, -0.00581608136775), (0.0163562567276, 0.00248466259219, -0.999863140294)	2.69276062446, 31.5285225518, 61.2143687627

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	PPK2 domain-containing protein 分子量: 30549.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: DR_0132 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RY20

#1: タンパク質

PPK2 domain-containing protein

分子量: 30549.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0132 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9RY20

-
非ポリマー , 5種, 318分子

#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 308 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 0,04 M potassium phosphate 2% PEG 8K 8% glycerol Soaking with ADP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.08→63.22 Å / Num. obs: 35023 / % possible obs: 84.9 % / 冗長度: 3 % / B_iso Wilson estimate: 16.54 Å² / CC_1/2: 0.981 / R_merge(I) obs: 0.165 / R_pim(I) all: 0.16 / R_rim(I) all: 0.23 / Net I/σ(I): 3.1
反射シェル	解像度: 2.08→2.44 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1752 / CC_1/2: 0.701 / R_pim(I) all: 0.37 / % possible all: 59.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19_4092	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7bmm

7bmm

解像度: 2.08→63.22 Å / SU ML: 0.2399 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.3197
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2477	1708	4.88 %
R_work	0.187	33313	-
obs	0.19	35021	39.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→63.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8632	0	180	308	9120

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	9040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7095	12274
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0413	1294
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1572
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.7356	3394

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.360895538574
ens_1	d_3	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.627341999957
ens_1	d_4	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.611201923957

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.08-2.14	0.4428	7	0.252	111	X-RAY DIFFRACTION	1.64
2.14-2.21	0.3891	13	0.2643	235	X-RAY DIFFRACTION	3.43
2.21-2.29	0.3352	9	0.2715	240	X-RAY DIFFRACTION	3.42
2.29-2.38	0.2927	27	0.2554	657	X-RAY DIFFRACTION	9.4
2.38-2.49	0.2963	51	0.2381	885	X-RAY DIFFRACTION	12.85
2.49-2.62	0.2799	51	0.2525	1311	X-RAY DIFFRACTION	18.66
2.62-2.78	0.2873	144	0.2692	2766	X-RAY DIFFRACTION	39.93
2.78-3	0.3175	234	0.2443	4010	X-RAY DIFFRACTION	58.26
3-3.3	0.267	236	0.1945	4665	X-RAY DIFFRACTION	66.63
3.3-3.78	0.2637	244	0.1638	5372	X-RAY DIFFRACTION	76.63
3.78-4.76	0.2061	331	0.1478	6233	X-RAY DIFFRACTION	89.05
4.76-63.22	0.2155	361	0.1875	6828	X-RAY DIFFRACTION	95.73

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.142497169842	0.0212910423966	0.0568306553193	0.0444075928333	-0.0235520366193	0.0457171046045	0.0960959577263	0.112204797469	-0.0441842694724	-0.0753151213304	-0.0637211889944	-0.0482503440311	0.0199363468622	0.022999980951	-0.0540310788962	0.116723748877	0.0890869092025	0.00404981529034	0.0840764765264	0.00967295969646	0.248356321393	27.4201426368	-13.9134123483	40.4140256838
2	0.967372344797	-0.473194407981	0.549698412867	0.596901540892	-0.0785350404299	1.13747372285	0.13764112523	0.232999317102	0.339171493647	-0.154150316061	-0.103912900461	-0.0448041974148	0.00627138121746	0.222884940867	-0.00529620385578	0.118405804831	0.0318920759574	0.0250602247809	0.142973076011	0.0247588365574	0.440567291137	28.1044330451	2.47211647886	30.8339165404
3	3.01819606877	0.204076190813	-0.882571833683	0.156771740397	-0.110768574255	0.275817427989	0.113703575608	-0.142389946178	0.0431434288918	-0.0931075341357	-0.0147911953283	0.0503298806112	0.0252972167037	0.0732881621332	-0.0675481148584	0.0980371413565	0.0374793587197	0.00900637631085	0.0877687443331	0.0196473443945	0.302172498051	18.715874585	9.1558660212	34.6808086081
4	0.656353334008	-0.28375819034	-0.16960182614	0.259230049025	0.0701274807876	0.206733391289	0.0482630200365	0.0702374193404	0.10187433856	-0.0401262591853	-0.0473580731244	-0.188114696089	-0.079316982853	0.00814587253234	-0.12890985431	0.127773271063	0.0539644263087	0.0104703931635	0.0671163931913	0.00251586819798	0.246253640351	7.58192653716	6.0570890859	34.0610549748
5	0.612037390775	-0.327988134351	0.557679417609	0.494125446849	-0.202050165943	1.57636758539	0.134798464819	0.0653505842909	-0.0492750766732	-0.127558741885	-0.0271641082334	0.100110898062	0.16442477931	-0.155624271972	-0.0517101317003	0.0900541142756	0.00165669982726	-0.0374045843868	0.0602765790295	0.00848216812633	0.217847080601	9.58321225863	-5.29609862769	40.0133807746
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27	0.998014135939	-1.48525905685	-0.731961567132	6.80355018576	-1.43459770492	1.9242554843	0.7023264619	0.0190271328033	-1.09970025035	0.186599921418	-0.148083401287	0.432970997469	1.44889575941	-0.188792822453	-0.565738299288	0.967888155326	-0.133050487337	-0.389743924574	0.576424242777	0.104691351842	0.796697495185	24.1537726458	18.8163203612	5.54881358617
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29	0.847094314507	-0.46497442585	0.299760598582	2.6706063068	-0.76105527331	1.26409598481	0.24753546888	-0.250563818121	-0.0288248548583	0.532105766745	-0.12899412231	0.287263804707	0.0938123385345	-0.0244259412992	-0.118955884858	0.294566721363	-0.0699745074185	-0.0162103650535	0.101060374867	-0.0350129207078	0.139597269308	24.7353628769	15.7414346855	59.4693325064

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 28 )	A	A	1 - 28	1 - 28
2	2	chain 'A' and (resid 29 through 76 )	A	A	29 - 76	29 - 76
3	3	chain 'A' and (resid 77 through 95 )	A	A	77 - 95	77 - 95
4	4	chain 'A' and (resid 96 through 121 )	A	A	96 - 121	96 - 121
5	5	chain 'A' and (resid 122 through 171 )	A	A	122 - 171	122 - 171
6	6	chain 'A' and (resid 172 through 195 )	A	A	172 - 195	172 - 195
7	7	chain 'A' and (resid 196 through 216 )	A	A	196 - 216	196 - 216
8	8	chain 'A' and (resid 217 through 266 )	A	A	217 - 266	217 - 266
9	9	chain 'B' and (resid 1 through 28 )	B	D	1 - 28	1 - 28
10	10	chain 'B' and (resid 29 through 53 )	B	D	29 - 53	29 - 53
11	11	chain 'B' and (resid 54 through 171 )	B	D	54 - 171	54 - 171
12	12	chain 'B' and (resid 172 through 193 )	B	D	172 - 193	172 - 193
13	13	chain 'B' and (resid 194 through 249 )	B	D	194 - 249	194 - 249
14	14	chain 'B' and (resid 250 through 266 )	B	D	250 - 266	250 - 266
15	15	chain 'C' and (resid 1 through 28 )	C	H	1 - 28	1 - 28
16	16	chain 'C' and (resid 29 through 53 )	C	H	29 - 53	29 - 53
17	17	chain 'C' and (resid 54 through 76 )	C	H	54 - 76	54 - 76
18	18	chain 'C' and (resid 77 through 121 )	C	H	77 - 121	77 - 121
19	19	chain 'C' and (resid 122 through 171 )	C	H	122 - 171	122 - 171
20	20	chain 'C' and (resid 172 through 195 )	C	H	172 - 195	172 - 195
21	21	chain 'C' and (resid 196 through 249 )	C	H	196 - 249	196 - 249
22	22	chain 'C' and (resid 250 through 266 )	C	H	250 - 266	250 - 266
23	23	chain 'D' and (resid 1 through 28 )	D	K	1 - 28	1 - 28
24	24	chain 'D' and (resid 29 through 53 )	D	K	29 - 53	29 - 53
25	25	chain 'D' and (resid 54 through 121 )	D	K	54 - 121	54 - 121
26	26	chain 'D' and (resid 122 through 184 )	D	K	122 - 184	122 - 184
27	27	chain 'D' and (resid 185 through 202 )	D	K	185 - 202	185 - 202
28	28	chain 'D' and (resid 203 through 249 )	D	K	203 - 249	203 - 249
29	29	chain 'D' and (resid 250 through 266 )	D	K	250 - 266	250 - 266

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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