PDB-7bmm: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7bmm

タイトル

Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radiodurans in apo form

要素

PPK2 domain-containing protein

キーワード

TRANSFERASE / Polyphosphate / ATP / kinase

機能・相同性

機能・相同性情報

polyphosphate kinase activity / polyphosphate metabolic process / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.06 Å

データ登録者

Silva, S.T.N. / Romao, C.

資金援助

ポルトガル, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Deinococcus radiodurans in apo form
著者: Silva, S.T.N. / Romao, C.

履歴

登録	2021年1月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月8日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7bmm.cif.gz	762.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7bmm.ent.gz	530 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7bmm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/7bmm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bm/7bmm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6aqeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7bmm-2 4qrn-2 6aqe-d 4hk6-1 4lal-2 4wy5-d 6aae-d 4qts-2 4hk5-1 6zry-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PPK2 domain-containing protein

B: PPK2 domain-containing protein

C: PPK2 domain-containing protein

D: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
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1

A: PPK2 domain-containing protein

D: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
61.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PPK2 domain-containing protein

C: PPK2 domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	88.925, 78.605, 111.451
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 109.207, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	PPK2 domain-containing protein / Polyphosphate kinase 2 分子量: 30549.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans R1 (放射線耐性) 遺伝子: DR_0132 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q9RY20, ATP-polyphosphate phosphotransferase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.14 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0,04 M potassium phosphate 2% PEG 8K 8% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.06→83.98 Å / Num. obs: 46075 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 21.77 Å² / CC_1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 6.3
反射シェル	解像度: 2.06→2.346 Å / 冗長度: 6.8 % / Num. unique obs: 2305 / CC_1/2: 0.537 / % possible all: 72.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Coot	0.9.3	モデル構築
PHENIX	1.19_4092	精密化
PHASER		位相決定
STARANISO		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6aqe

6aqe

解像度: 2.06→83.98 Å / SU ML: 0.2412 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.5989
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2462	2146	4.66 %
R_work	0.1942	43909	-
obs	0.1967	46055	51.26 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.06→83.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8632	0	44	481	9157

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0024	8880
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5007	12022
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0393	1269
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0039	1565
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.9233	3328

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.06-2.11	0.1372	8	0.3125	105	X-RAY DIFFRACTION	1.91
2.11-2.16	0.4022	18	0.2766	298	X-RAY DIFFRACTION	5.38
2.16-2.22	0.3605	16	0.2778	524	X-RAY DIFFRACTION	9.11
2.22-2.28	0.3809	25	0.2786	522	X-RAY DIFFRACTION	9.17
2.28-2.36	0.2755	48	0.261	911	X-RAY DIFFRACTION	16.13
2.36-2.44	0.2843	55	0.2527	1252	X-RAY DIFFRACTION	21.9
2.44-2.54	0.2963	85	0.2673	1709	X-RAY DIFFRACTION	29.96
2.54-2.66	0.3199	120	0.2816	2410	X-RAY DIFFRACTION	42.61
2.66-2.8	0.2822	191	0.2626	3459	X-RAY DIFFRACTION	60.89
2.8-2.97	0.3279	238	0.2416	4390	X-RAY DIFFRACTION	77.52
2.97-3.2	0.2931	245	0.2109	5251	X-RAY DIFFRACTION	91.89
3.2-3.52	0.2576	288	0.188	5696	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.52-4.03	0.2294	267	0.1599	5753	X-RAY DIFFRACTION	99.85
4.03-5.08	0.1959	252	0.1486	5779	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.08-83.98	0.1939	290	0.1912	5850	X-RAY DIFFRACTION	99.64

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.641549600276	-0.409026661305	0.30877394987	0.478853664503	-0.0241308730613	0.284971207279	0.0540939097928	0.142716641334	0.221126688579	-0.127227528426	-0.0392836571943	-0.230283843029	0.0594776209738	0.187499760646	-0.00660534041178	0.14110929431	0.0489651606717	0.0427695610611	0.112092384465	-0.0112378208116	0.407466464793	28.1250257914	-3.73511557529	34.4123310754
2	3.39965950498	1.11376243862	-2.06761161848	0.38935252607	-0.632534777295	1.48171065022	0.140375316089	-0.431158500605	0.00404871558371	0.00323066415795	-0.135436850541	0.0235437724193	0.0722522541045	0.268074137789	-0.0247183925198	0.169748293707	0.0128835414077	0.0348821389309	0.118229524598	0.0301287542594	0.24140570373	18.9141260451	9.15345330685	34.6006385387
3	0.878477414785	-0.654237749737	0.320451128242	0.944026058693	-0.240581418666	0.52816696964	0.0451272439178	0.0690281161796	-0.260131073977	-0.0740564708107	-0.00768083461183	-0.0481821214197	-0.0285131807676	-0.0126680943695	-0.00850116451601	0.0902714513039	0.0156124428695	0.0433049309087	0.0332389418569	-0.0271944649824	0.207222325273	9.24276567829	-1.46493335993	37.9301319915
4	0.878755129	-0.0427887410493	0.178098563978	0.969308515911	0.065387678531	0.164444805099	0.0415587264939	0.193964576865	-0.0138837456245	-0.19813293166	-0.0441622893114	-0.207588364174	-0.0591229998798	0.0508032237244	0.00712257640286	0.103721750525	0.0591778494937	0.0549321707483	0.020549291762	0.0107779519898	0.313997954829	24.9282720274	0.456085395734	38.1898967706
5	1.35387782096	0.505064855095	-0.881485784823	0.829938487115	0.17995809872	1.1400187283	0.0545393073451	0.270626633118	0.155385529822	-0.170972349633	-0.0576128125181	0.370696600321	-0.177649258395	-0.245958227657	-0.0244764336586	0.154947918016	0.0645500779202	-0.0161416659066	0.12939344265	0.054799785532	0.321970727208	-19.908466927	44.7376384725	40.4149491864
6	0.920407036729	-0.0682181301862	-0.253601345614	0.123270597303	-0.0490327365345	0.799542365735	0.121436548682	0.221920193897	-0.212792397179	-0.16608821301	0.00615583318605	0.29669314476	0.0227020511046	-0.198186805729	-0.0110077320818	0.146772923216	0.0302242432797	-0.100631567727	0.121705669086	-0.0339323612202	0.406092815487	-20.5257215539	28.202108538	30.85687747
7	7.03285660805	-0.326435151624	0.417414131019	1.56590948482	-0.394312975884	0.149361844032	0.0953080174031	-0.279255526196	-0.0664863179502	-0.0491105685668	-0.181486427985	0.054110385452	-0.0929249160884	-0.192055584818	-0.0388850579698	0.129767383657	0.0321026746997	0.0391490782097	0.0951105260753	-0.0445233940201	0.235019230367	-11.1548779506	21.6120804829	34.6195179711
8	0.652795251851	-0.267625222421	0.490238116031	0.118758687407	-0.260762479262	0.754681888128	0.0418120290513	0.0495700186981	0.0509499499423	-0.177852337132	-0.0877663104952	0.0205145292226	0.201353304292	0.0487636717546	-0.0148532395193	0.132180357396	0.0143446522893	0.0234137932269	0.0327452260529	-0.0274610297131	0.157785263523	-0.0447774629959	24.6205490883	34.1223065047
9	0.941796301313	-0.624777496714	-0.0620717234532	0.684528510912	-0.0691793892682	2.70177460538	0.0464550746942	-0.0241873438409	0.150783041133	-0.00503972965249	0.0717538646105	-0.0739643091358	0.148088522657	0.211946010467	-0.0151229691974	0.0663333240665	0.0515747535429	0.0159770679005	0.0560439508027	0.0324943054789	0.242837766597	1.20742930386	36.0022408074	40.7299450185
10	0.584923373963	0.102362397507	-0.00692795462378	0.431248144981	-0.119868400861	0.25291752741	-0.074511325948	0.0357608050452	0.0940929098422	0.0635149152943	-0.0196839032572	0.188801119953	-0.0545261647983	-0.0555068634816	-0.0552480732366	0.099016685405	-0.022319600086	0.0194049477474	0.0263023419529	-0.0226729495243	0.194274542062	-18.4311941927	31.3473128361	47.5902766277
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

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26	26	chain 'D' and (resid 217 through 249 )	D	H	217 - 249	217 - 249
27	27	chain 'D' and (resid 250 through 266 )	D	H	250 - 266	250 - 266

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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