+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6aqe | ||||||
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Title | Crystal structure of PPK2 in complex with Mg ATP | ||||||
Components | molecule A | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PPK2 / Kinase / Mg / ATP | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Deinococcus radiodurans (radioresistant) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.805 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Joachimiak, A. / Yakunin, A. | ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2018 Title: Structural Insights into Substrate Selectivity and Activity of Bacterial Polyphosphate Kinases Authors: Nocek, B.P. / Khusnutdinova, A.N. / Ruszkowski, M. / Flick, R. / Burda, M. / Batyrova, K. / Brown, G. / Mucha, A. / Joachimiak, A. / Berlicki, L. / Yakunin, A.F. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6aqe.cif.gz | 246.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6aqe.ent.gz | 197.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6aqe.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aq/6aqe | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6an9C 6angC 6anhC 6aqnC 6au0C 6b18C 3rhfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 30549.445 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (radioresistant) Strain: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 Gene: DR_0132 Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: Q9RY20 |
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-Non-polymers , 6 types, 548 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ATP / #3: Chemical | ChemComp-MG / #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.04 Å3/Da / Density % sol: 59.49 % |
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Crystal grow | Temperature: 297 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.5 / Details: 0.2 M CaCl2 0.1 M BisTris 45% MPD |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Aug 8, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.81→39.5 Å / Num. obs: 69957 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 22 |
Reflection shell | Resolution: 1.81→1.84 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3RHF Resolution: 1.805→39.523 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / Phase error: 19.68 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.805→39.523 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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