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- PDB-3rhf: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Arthrobacter aur... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3rhf | ||||||
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Title | Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Arthrobacter aurescens TC1 | ||||||
![]() | Putative polyphosphate kinase 2 family protein | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PSI-biology / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / 3-layer alpha/beta/alpha sandwich with the central 5-stranded | ||||||
Function / homology | ![]() phosphotransferase activity, phosphate group as acceptor / polyphosphate metabolic process / kinase activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Feldmann, B. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Arthrobacter aurescens TC1 Authors: Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Feldmann, B. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 460.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 397.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 516.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 533.7 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 48.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 66.9 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 |
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 32299.553 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 484 molecules ![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FLC.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-FLC / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-PG4 / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 60 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.1 M Phosphate Citrate, 40% PEG 300, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 5, 2011 / Details: mirror |
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.45→40 Å / Num. all: 59938 / Num. obs: 59938 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 15 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.49 Å / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.39 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.449→2.512 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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