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Yorodumi- PDB-3rhf: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Arthrobacter aur... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 3rhf | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Arthrobacter aurescens TC1 | ||||||
Components | Putative polyphosphate kinase 2 family protein | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / PSI-biology / MCSG / Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics / 3-layer alpha/beta/alpha sandwich with the central 5-stranded | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Arthrobacter aurescens (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Feldmann, B. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Citation | Journal: TO BE PUBLISHEDTitle: Crystal structure of Polyphosphate Kinase 2 from Arthrobacter aurescens TC1 Authors: Nocek, B. / Hatzos-Skintges, C. / Feldmann, B. / Babnigg, G. / Joachimiak, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 3rhf.cif.gz | 465.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb3rhf.ent.gz | 387.3 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 3rhf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 3rhf_validation.pdf.gz | 517 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 3rhf_full_validation.pdf.gz | 534.4 KB | Display | |
| Data in XML | 3rhf_validation.xml.gz | 55.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 3rhf_validation.cif.gz | 71.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rhf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/3rhf | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | |
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| Similar structure data | |
| Other databases |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 |
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| 3 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 32299.553 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Arthrobacter aurescens (bacteria) / Strain: TC1 / Gene: AAur_2811 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 484 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-PGE / #3: Chemical | ChemComp-FLC / #4: Chemical | ChemComp-PO4 / #5: Chemical | ChemComp-PG4 / #6: Chemical | ChemComp-CL / | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 60 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 4.2 Details: 0.1 M Phosphate Citrate, 40% PEG 300, pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Apr 5, 2011 / Details: mirror |
| Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.45→40 Å / Num. all: 59938 / Num. obs: 59938 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Net I/σ(I): 15 |
| Reflection shell | Resolution: 2.45→2.49 Å / % possible all: 100 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.45→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 15.068 / SU ML: 0.158 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.325 / ESU R Free: 0.239 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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| Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 27.39 Å2
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| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→40 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Resolution: 2.449→2.512 Å / Total num. of bins used: 20
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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