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- PDB-7nl1: Crystal structure of cystathionine gamma-lyase from Toxoplasma gondii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nl1
タイトルCrystal structure of cystathionine gamma-lyase from Toxoplasma gondii
要素Cystathione gamma lyase, putative
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / transsulfuration pathway / cysteine / hydrogen sulfide / PLP dependent
機能・相同性
機能・相同性情報


L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-lyase / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cystathione gamma lyase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.331 Å
データ登録者Fernandez-Rodriguez, C. / Conter, C. / Recio, I. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)BES-2017-080435 スペイン
Ministry of Economy and Competitiveness (MINECO)PID2019-109055RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the inhibition of cystathionine gamma-lyase from Toxoplasma gondii by propargylglycine and cysteine.
著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Conter, C. / Oyenarte, I. / Favretto, F. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M.L. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.
履歴
登録2021年2月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathione gamma lyase, putative
C: Cystathione gamma lyase, putative
D: Cystathione gamma lyase, putative
E: Cystathione gamma lyase, putative
F: Cystathione gamma lyase, putative
G: Cystathione gamma lyase, putative
H: Cystathione gamma lyase, putative
B: Cystathione gamma lyase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,82916
ポリマ－367,8528
非ポリマー1,9778
水23,2751292
1
A: Cystathione gamma lyase, putative
C: Cystathione gamma lyase, putative
D: Cystathione gamma lyase, putative
B: Cystathione gamma lyase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,9158
ポリマ－183,9264
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25600 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area46500 Å2
手法PISA
2
E: Cystathione gamma lyase, putative
F: Cystathione gamma lyase, putative
G: Cystathione gamma lyase, putative
H: Cystathione gamma lyase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,9158
ポリマ－183,9264
非ポリマー9894
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25510 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area46560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)126.530, 138.991, 472.997
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Cystathione gamma lyase, putative


分子量: 45981.520 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (strain ATCC 50611 / Me49) (トキソプラズマ)
株: ATCC 50611 / Me49 / 遺伝子: TGME49_312930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A125YN40, cystathionine gamma-lyase
#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.49 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 12% PEG 3350, 0.1M sodium citrate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 195 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.331→48.446 Å / Num. obs: 177123 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.157 / Net I/σ(I): 19 / Num. measured all: 3461898
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.331-2.37120.41.19217872687540.8080.2721.2233.1100
6.323-48.44617.60.04716353292890.9990.0110.04947.599.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NMP

2nmp


解像度: 2.331→48.446 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2096 8762 4.95 %
Rwork0.1739 168217 -
obs0.1757 176979 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.11 Å2 / Biso mean: 51.2084 Å2 / Biso min: 26.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.331→48.446 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24231 0 120 1292 25643
Biso mean--43.09 58.21 -
残基数----3166
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.3311-2.35760.30232870.25915578
2.3576-2.38530.27212630.24875561
2.3853-2.41440.30652790.23955591
2.4144-2.4450.27113190.2385499
2.445-2.47710.30462930.23775617
2.4771-2.51110.26682700.22665486
2.5111-2.5470.25033120.21115604
2.547-2.5850.23832990.20235526
2.585-2.62540.25452970.20635613
2.6254-2.66840.25412810.21485525
2.6684-2.71440.23032960.20475521
2.7144-2.76380.25422990.20895660
2.7638-2.81690.26842920.20585534
2.8169-2.87440.24483010.19735544
2.8744-2.93690.26952620.20385695
2.9369-3.00520.24893030.1975485
3.0052-3.08030.23822950.19165585
3.0803-3.16360.23272650.19185662
3.1636-3.25670.23732850.18685590
3.2567-3.36180.21772950.17925603
3.3618-3.48190.193020.17145606
3.4819-3.62130.21272910.16955596
3.6213-3.7860.19422950.16225578
3.786-3.98550.18083170.15575597
3.9855-4.23510.18142770.1525682
4.2351-4.56190.17792710.13935643
4.5619-5.02050.17782640.13695704
5.0205-5.7460.17433230.15695686
5.746-7.23550.21213070.16815753
7.2355-48.4460.16433220.14975893
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.1136 Å / Origin y: 33.8973 Å / Origin z: 57.4558 Å
111213212223313233
T0.2783 Å2-0.0536 Å20.0589 Å2-0.2942 Å2-0.0639 Å2--0.3561 Å2
L0.1049 °2-0.0057 °20.0015 °2-0.1873 °2-0.0536 °2--0.5611 °2
S-0.0499 Å °0.035 Å °-0.0118 Å °0.0105 Å °0.0122 Å °-0.0139 Å °0.0219 Å °0.0157 Å °0.0371 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA21 - 519
2X-RAY DIFFRACTION1allC19 - 519
3X-RAY DIFFRACTION1allD18 - 519
4X-RAY DIFFRACTION1allE21 - 519
5X-RAY DIFFRACTION1allF21 - 519
6X-RAY DIFFRACTION1allG21 - 519
7X-RAY DIFFRACTION1allH19 - 519
8X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 1725
9X-RAY DIFFRACTION1allB22 - 519

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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