PDB-2nmp: Crystal structure of human Cystathionine gamma lyase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2nmp

タイトル

Crystal structure of human Cystathionine gamma lyase

要素

Cystathionine gamma-lyase

キーワード

LYASE / amino-acid biosynthesis / pyridoxal phopshate / structural genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

protein sulfhydration / selenocystathionine gamma-lyase activity / positive regulation of aortic smooth muscle cell differentiation / protein-pyridoxal-5-phosphate linkage via peptidyl-N6-pyridoxal phosphate-L-lysine / homocysteine desulfhydrase / homocysteine desulfhydrase activity / Cysteine formation from homocysteine / cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / Degradation of cysteine and homocysteine ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Karlberg, T. / Uppenberg, J. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R.D. / Collins, R. / Edwards, A. / Ericsson, U.B. / Flodin, S. / Flores, A. ...

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for the inhibition mechanism of human cystathionine gamma-lyase, an enzyme responsible for the production of H(2)S
著者: Sun, Q. / Collins, R. / Huang, S. / Holmberg-Schiavone, L. / Anand, G.S. / Tan, C.-H. / van-den-Berg, S. / Deng, L.-W. / Moore, P.K. / Karlberg, T. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2006年10月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年11月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2nmp.cif.gz	299.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2nmp.ent.gz	243.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2nmp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/2nmp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nm/2nmp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cogC 3elpC 1n8pS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5eig-2 6ldo-1 5x2x-d 6k1n-d 6le4-1 4ixs-1 5tsu-1 6ovg-2 6nba-d 6lgo-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cystathionine gamma-lyase

B: Cystathionine gamma-lyase

C: Cystathionine gamma-lyase

D: Cystathionine gamma-lyase

ヘテロ分子

178 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.780, 107.570, 153.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLN	GLN	A	A	10 - 49	11 - 50
2	1	GLN	GLN	B	B	10 - 49	11 - 50
3	1	GLN	GLN	C	C	10 - 49	11 - 50
4	1	GLN	GLN	D	D	10 - 49	11 - 50
1	2	PRO	PRO	A	A	64 - 399	65 - 400
2	2	PRO	PRO	B	B	64 - 399	65 - 400
3	2	PRO	PRO	C	C	64 - 399	65 - 400
4	2	PRO	PRO	D	D	64 - 399	65 - 400

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Cystathionine gamma-lyase / Gamma-cystathionase 分子量: 44335.672 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 1-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CTH / プラスミド: pNIC-Bsa4 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 (DE3) / 参照: UniProt: P32929
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.17 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 15% PEG3350, 200mM Ammonium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月26日詳細: liquid nitrogen cooled channel-cut silicon monochromator, a cylindrical grazing incidence mirror
放射	モノクロメーター: monochromator crystal Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→30 Å / Num. all: 54383 / Num. obs: 54383 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.14 / R_sym value: 0.225 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5730 / R_sym value: 0.517 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	QUANTUM	データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N8P

1n8p

解像度: 2.6→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 21.656 / SU ML: 0.223 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.876 / ESU R Free: 0.312 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24454	2718	5 %	RANDOM
R_work	0.17694	-	-	-
all	0.18035	51628	-	-
obs	0.18035	51628	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.756 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.51 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.69 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11846	0	45	157	12048

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	12158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.64	1.964	16502
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.364	5	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.413	24.412	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.571	15	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.786	15	50
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1884
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9095
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	5847
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	8239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	432
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.243	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.107	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.648	1.5	7797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.126	2	12306
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.879	3	4863
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.977	4.5	4196
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	320	loose positional	0.46	5
1	2	B	320	loose positional	0.36	5
1	3	C	320	loose positional	0.33	5
1	4	D	320	loose positional	0.34	5
2	1	A	2480	loose positional	0.51	5
2	2	B	2480	loose positional	0.69	5
2	3	C	2480	loose positional	0.56	5
2	4	D	2480	loose positional	0.44	5
1	1	A	320	loose thermal	1.94	10
1	2	B	320	loose thermal	2.07	10
1	3	C	320	loose thermal	2.57	10
1	4	D	320	loose thermal	1.66	10
2	1	A	2480	loose thermal	1.81	10
2	2	B	2480	loose thermal	2.18	10
2	3	C	2480	loose thermal	1.84	10
2	4	D	2480	loose thermal	1.58	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.666 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	196	-
R_work	0.223	3728	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4436	0.0734	0.3118	1.3917	0.4785	1.1136	0.0974	0.0029	-0.6821	0.1647	0.1185	-0.3733	0.3673	0.118	-0.2159	0.0122	0.0332	-0.0533	-0.017	0.0267	0.1282	-7.668	19.995	-32.705
2	1.1236	0.2895	0.1829	1.3198	-0.0592	1.6382	-0.0125	-0.1858	-0.0736	0.2593	-0.0466	-0.1192	0.093	0.0586	0.0591	-0.0285	0.0246	-0.038	-0.0429	0.017	-0.0483	-13.373	30.694	-14.714
3	2.0184	-0.3176	0.4863	1.8891	0.2445	0.8971	-0.0263	-0.0997	0.1709	0.1362	-0.0238	-0.044	-0.0629	-0.0512	0.0501	-0.0747	-0.0178	-0.007	-0.0779	-0.0058	-0.0296	-19.833	52.308	-23.855
4	0.8776	0.7085	-0.2478	3.2931	-0.3034	0.2646	-0.0006	-0.0442	-0.0631	0.2236	0.1376	0.2082	-0.0358	-0.1535	-0.137	-0.0947	0.0323	0.0163	-0.0691	0.0115	-0.0827	-43.944	23.375	-31.727
5	1.3582	0.0768	-0.0518	1.0013	-0.0721	1.147	-0.1376	-0.3398	-0.026	0.2408	0.1272	0.0238	0.0542	0.0979	0.0103	0.0219	0.0762	0.0284	0.0603	0.0041	-0.0817	-37.625	14.344	-13.937
6	3.7355	-2.9317	-0.7206	4.8887	-0.3208	1.1393	-0.0545	-0.1481	-0.0709	0.1981	0.0839	-0.1121	-0.0147	0.12	-0.0294	-0.0051	-0.0267	-0.0148	-0.0311	0.0105	-0.0183	-33.482	-11.129	-23.224
7	2.7621	1.3966	-1.1548	1.299	-0.5983	0.4831	-0.0049	-0.1277	-0.5857	-0.0044	-0.0918	-0.522	0.1603	0.2869	0.0967	0.1364	0.0126	-0.019	0.0966	0.009	0.1373	-23.553	2.662	-42.326
8	0.8873	-0.0533	0.0878	1.0259	-0.0331	0.8278	0.0462	0.1579	-0.1411	-0.1307	-0.0449	-0.0972	0.1588	0.1471	-0.0013	-0.0153	0.032	0.0134	-0.0081	-0.0509	-0.0839	-33.786	7.801	-59.814
9	1.7095	-0.1536	0.6128	1.1644	-0.1459	0.94	0.0089	-0.0055	-0.0262	-0.0024	0.0103	0.2249	0.0346	-0.0437	-0.0193	-0.071	-0.0285	-0.0225	-0.1001	0.0021	-0.0769	-57.121	13.687	-51.866
10	3.5474	1.2337	-0.7051	1.0814	-0.1122	0.1673	-0.162	0.0392	0.3127	-0.2181	0.0676	0.0233	-0.0782	0.0267	0.0944	-0.0533	0.0174	-0.0314	-0.1053	0.0439	-0.0828	-28.996	38.45	-43.644
11	0.6976	0.3029	-0.1457	0.5242	-0.0819	0.798	-0.0093	0.167	0.0612	-0.0738	0.0133	-0.04	0.0498	-0.0058	-0.004	-0.0318	0.027	0.0258	-0.0159	0.044	-0.0577	-19.428	32.038	-61.107
12	2.6659	-1.285	-0.198	1.8351	-0.7052	1.1684	0.0483	0.1706	-0.043	-0.1621	-0.0022	-0.1041	0.0943	0.0254	-0.0461	-0.0401	-0.0257	0.0248	-0.0648	-0.0245	-0.0021	4.467	27.034	-53.512

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	10 - 49	11 - 50
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	64 - 270	65 - 271
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	271 - 399	272 - 400
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	10 - 52	11 - 53
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	53 - 270	54 - 271
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	271 - 400	272 - 401
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	C	10 - 52	11 - 53
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	C	53 - 270	54 - 271
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	271 - 401	272 - 402
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	D	10 - 52	11 - 53
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	D	53 - 270	54 - 271
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	D	271 - 401	272 - 402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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