PDB-8biw: Cystathionine gamma-lyase N360S mutant in complex with DL-proparg...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8biw

タイトル

Cystathionine gamma-lyase N360S mutant in complex with DL-propargylglycine

要素

Cystathionine beta-lyase, putative

キーワード

CYTOSOLIC PROTEIN / transsulfuration pathway / hydrogen sulfide / propargylglycine / toxoplasma

機能・相同性

機能・相同性情報

cystathionine gamma-lyase / L-cystine L-cysteine-lyase (deaminating) / cystathionine gamma-lyase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.981 Å

データ登録者

Fernandez-Rodriguez, C. / Conter, C. / Oyenarte, I. / Favretto, F. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M.L. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.

資金援助

スペイン,

イタリア, 3件

組織	認可番号	国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	BFU2010-17857 and	スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)	PID2019-109055RB-I00	スペイン
Ministero dell Universita e della Ricerca	2017ZBBYNC	イタリア

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Structural basis of the inhibition of cystathionine gamma-lyase from Toxoplasma gondii by propargylglycine and cysteine.
著者: Fernandez-Rodriguez, C. / Conter, C. / Oyenarte, I. / Favretto, F. / Quintana, I. / Martinez-Chantar, M.L. / Astegno, A. / Martinez-Cruz, L.A.

履歴

登録	2022年11月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8biw.cif.gz	167.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8biw.ent.gz	130.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8biw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8biw_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8biw_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8biw_validation.xml.gz	31.8 KB	表示
CIF形式データ	8biw_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8biw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bi/8biw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7nl1C 8bisC 8biuC 8bivC 8bixC 8bizC 2nmpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Cystathionine beta-lyase, putative

A: Cystathionine beta-lyase, putative

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

E: Cystathionine beta-lyase, putative

A: Cystathionine beta-lyase, putative

ヘテロ分子

E: Cystathionine beta-lyase, putative

A: Cystathionine beta-lyase, putative

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
185 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.028, 158.028, 93.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

#1: タンパク質	Cystathionine beta-lyase, putative / Putative cystathione gamma lyase 分子量: 45954.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: BN1205_096960, TGVEG_312930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6K8Y1, cystathionine gamma-lyase
#2: 化合物	ChemComp-2AG / (2S)-2-aminopent-4-enoic acid / L-allylglycine / アリルグリシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.49 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12% (w/v) PEG 3350 0.1M sodium citrate pH 4.6, CYMAL-4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→77.26 Å / Num. obs: 92916 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 17.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.9
反射シェル	解像度: 1.98→2.01 Å / Num. unique obs: 4268 / CC_1/2: 0.544

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	1.18	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NMP

2nmp

解像度: 1.981→77.259 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1999	4597	4.95 %
R_work	0.175	-	-
obs	0.1762	92909	99.4 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.981→77.259 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5990	0	16	276	6282

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.017	6170
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.485	8372
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.092	5022
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.096	946
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1076

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9813-2.0038	0.2938	135	0.2566	2681	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0038-2.0274	0.2869	133	0.2614	2799	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0274-2.0521	0.3037	141	0.2445	2867	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0521-2.0781	0.254	172	0.2273	2916	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0781-2.1054	0.2431	156	0.215	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1054-2.1343	0.2377	166	0.2064	2946	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1343-2.1648	0.2492	170	0.2056	2900	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1648-2.1971	0.2599	124	0.1923	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1971-2.2314	0.2207	145	0.1909	2967	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2314-2.268	0.2338	172	0.189	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.268-2.3071	0.2319	165	0.1859	2889	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3071-2.3491	0.2196	146	0.1914	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3491-2.3943	0.2156	178	0.1826	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3943-2.4431	0.195	135	0.1779	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4431-2.4963	0.2224	144	0.1787	2960	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4963-2.5543	0.2085	180	0.174	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5543-2.6182	0.188	139	0.1811	2937	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6182-2.689	0.2157	162	0.1828	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.689-2.7681	0.1913	172	0.1743	2956	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7681-2.8575	0.2132	158	0.1752	2953	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8575-2.9596	0.2181	146	0.1766	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9596-3.0781	0.2307	156	0.1798	2949	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0781-3.2182	0.1924	159	0.177	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2182-3.3879	0.185	136	0.1702	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3879-3.6002	0.1852	155	0.1629	3026	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6002-3.8781	0.1831	163	0.1621	2947	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8781-4.2684	0.1662	145	0.1558	3017	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2684-4.8859	0.1537	159	0.1436	2989	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8859-6.1554	0.1952	133	0.1701	3051	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1554-77.255	0.1707	152	0.164	3149	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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