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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7njg | ||||||
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タイトル | Xylose isomerase grown inside HARE serial crystallography chip | ||||||
![]() | Xylose isomerase | ||||||
![]() | ISOMERASE / serial crystallography / xylose isomerase / vapour diffusion / silicon chip | ||||||
機能・相同性 | ![]() xylose isomerase / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Norton-Baker, B. / Mehrabi, P. / Boger, J. / Schonherr, R. / von Stetten, D. / Schikora, H. / Martin, R.W. / Miller, R.J.D. / Redecke, L. / Schulz, E.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A simple vapor-diffusion method enables protein crystallization inside the HARE serial crystallography chip. 著者: Norton-Baker, B. / Mehrabi, P. / Boger, J. / Schonherr, R. / von Stetten, D. / Schikora, H. / Kwok, A.O. / Martin, R.W. / Miller, R.J.D. / Redecke, L. / Schulz, E.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 115.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 301.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 301.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43283.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: xylA / 発現宿主: ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CO / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 35% (w/v) PEG3350, 200 mM lithium sulfate and 10 mM Hepes/NaOH, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→71.04 Å / Num. obs: 38718 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 111 % / Biso Wilson estimate: 20.81 Å2 / CC1/2: 0.7891 / Net I/σ(I): 2.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→49.88 Å / Num. unique obs: 3834 / CC1/2: 0.4149 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: fixed target |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6QNI 解像度: 1.9→51.57 Å / SU ML: 0.2229 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.6984 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→51.57 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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