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万見
- PDB-7niz: Human 14-3-3 sigma in complex with human Estrogen Receptor alpha ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7niz
タイトルHuman 14-3-3 sigma in complex with human Estrogen Receptor alpha peptide and ligands Fusicoccin-A and WR-1065
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • Estrogen receptor
キーワードPROTEIN BINDING / SIGNALING PROTEIN-PEPTIDE complex / Fusicoccin-A / WR-1065
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell development / steroid hormone receptor signaling pathway / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / prostate epithelial cord elongation / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / mammary gland branching involved in pregnancy / regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / cAMP/PKA signal transduction / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / mammary gland alveolus development / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of keratinocyte proliferation / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / establishment of skin barrier / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Nuclear signaling by ERBB4 / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of stem cell proliferation / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of protein localization / protein localization to chromatin / steroid binding / 14-3-3 protein binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of cell adhesion / negative regulation of miRNA transcription / protein sequestering activity / negative regulation of innate immune response / protein export from nucleus / ESR-mediated signaling / TBP-class protein binding / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / nitric-oxide synthase regulator activity / positive regulation of protein export from nucleus / nuclear estrogen receptor binding / transcription coregulator binding / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / stem cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / cellular response to estradiol stimulus / euchromatin / beta-catenin binding / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / transcription coactivator binding / male gonad development / nuclear receptor activity / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of fibroblast proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / intracellular protein localization / response to estradiol / PIP3 activates AKT signaling / regulation of protein localization / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / positive regulation of cell growth / regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / fibroblast proliferation
類似検索 - 分子機能
14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. ...14-3-3 domain / Delta-Endotoxin; domain 1 / Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / 14-3-3 protein sigma / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein / : / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FUSICOCCIN / WR-1065 / Estrogen receptor / 14-3-3 protein sigma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.48 Å
データ登録者Roversi, P. / Falcicchio, M. / Doveston, R.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust204801/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust214090/Z/18/Z 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2021
タイトル: Cooperative stabilisation of 14-3-3 sigma protein-protein interactions via covalent protein modification.
著者: Falcicchio, M. / Ward, J.A. / Chothia, S.Y. / Basran, J. / Mohindra, A. / Macip, S. / Roversi, P. / Doveston, R.G.
履歴
登録2021年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8714
ポリマ－32,0562
非ポリマー8152
水2,216123
1
A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
B: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7418
ポリマ－64,1114
非ポリマー1,6304
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area6430 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area22860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.208, 110.938, 62.589
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-404-

HOH

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要素

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 31184.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 870.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Thr is phosphorylated / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03372
#3: 化合物 ChemComp-FSC / FUSICOCCIN / フシコクシン


分子量: 680.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H56O12
#4: 化合物 ChemComp-UGH / WR-1065 / WR-1065


分子量: 134.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.05 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 %Glycerol, 0.19 M Calciumchloridedihydrate, 29% PEG 400, 0.0406 M HEPES pH 7.0, 0.0544 M HEPES pH 7.6
PH範囲: 7-7.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 170 K / Ambient temp details: cryosteam / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.48→67.074 Å / Num. obs: 33462 / % possible obs: 68 % / 冗長度: 12.9 % / CC1/2: 0.983 / Rmerge(I) obs: 0.499 / Rpim(I) all: 0.144 / Rrim(I) all: 0.52 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル解像度: 1.48→1.642 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 5.126 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 21528 / CC1/2: 0.131 / Rpim(I) all: 1.45 / Rrim(I) all: 5.331 / % possible all: 12.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BUSTER2.10.3位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4JDD

4jdd


解像度: 1.48→67.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU R Cruickshank DPI: 0.102 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Blow DPI: 0.101 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2394 1637 -RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.2122 33462 68.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.525 Å20 Å20 Å2
2---0.1492 Å20 Å2
3---0.6742 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.48→67.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1851 0 56 123 2030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0081999HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.882707HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d766SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes347HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1999HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion266SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies1HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1995SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.8
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.06
LS精密化 シェル解像度: 1.48→1.58 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2508 21 -
Rwork0.2273 --
obs0.228 670 7.71 %
精密化 TLSOrigin x: -24.5101 Å / Origin y: -17.0315 Å / Origin z: 7.452 Å
111213212223313233
T-0.0582 Å20.0214 Å20.0052 Å2--0.0372 Å20.0078 Å2---0.0358 Å2
L0.495 °2-0.1247 °20.2613 °2-0.9542 °2-0.1091 °2--1.0434 °2
S-0.0235 Å °0.0781 Å °0.0069 Å °0.0781 Å °0.0209 Å °0.0708 Å °0.0069 Å °0.0708 Å °0.0027 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A-4 - 231
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A301
3X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A401 - 499
4X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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