+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ngr | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator EthR with bound inhibitory compound | ||||||
![]() | HTH-type transcriptional regulator EthR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / ETHR / Tuberculosis / Inhibition | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomlinson, C.W.E. / Tatum, N.J. / Pohl, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Systematic exploration of the hydrophobic capacity of the EthR binding site for lead compound optimization 著者: Tatum, N.J. / Tomlinson, C.W.E. / Frita, R. / Bennett, R. / Baulard, A.R. / Pohl, E. / Kitching, M.O. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 37.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 731.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 733.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ngdC ![]() 7nggC ![]() 7ngiC ![]() 7ngjC ![]() 7ngkC ![]() 7ngmC ![]() 7ngnC ![]() 7ngoC ![]() 7ngsC ![]() 7ngtC ![]() 7nguC ![]() 7ngwC ![]() 7ngxC ![]() 7ngyC ![]() 5nioS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23781.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ethR, etaR, Rv3855 / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-U9Z / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG based |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.92→121.61 Å / Num. obs: 20021 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.4 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.92→1.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.88 / Num. unique obs: 1794 / CC1/2: 0.461 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5NIO 解像度: 1.92→86.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 431.46 Å2 / Biso mean: 32.835 Å2 / Biso min: 18.08 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.92→86.14 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.92→1.97 Å / Total num. of bins used: 20
|