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Yorodumi- PDB-5mxk: Structure of Mycobacterium Tuberculosis Transcriptional Regulator... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5mxk | ||||||
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Title | Structure of Mycobacterium Tuberculosis Transcriptional Regulatory Repressor Protein (EthR) in complex with fragment 7G9. | ||||||
Components | HTH-type transcriptional regulator EthR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / EthR / Repressor / TetR / Mycobacterium tuberculosis | ||||||
Function / homology | Function and homology information transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.932 Å | ||||||
Authors | Mendes, V. / Chan, D.S.-H. / Thomas, S.E. / McConnell, B. / Matak-Vinkovic, D. / Coyne, A.G. / Abell, C. / Blundell, T.L. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / Year: 2017 Title: Fragment Screening against the EthR-DNA Interaction by Native Mass Spectrometry. Authors: Chan, D.S. / Mendes, V. / Thomas, S.E. / McConnell, B.N. / Matak-Vinkovic, D. / Coyne, A.G. / Blundell, T.L. / Abell, C. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5mxk.cif.gz | 92 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5mxk.ent.gz | 69.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5mxk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5mxk_validation.pdf.gz | 437.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5mxk_full_validation.pdf.gz | 437.5 KB | Display | |
Data in XML | 5mxk_validation.xml.gz | 9.9 KB | Display | |
Data in CIF | 5mxk_validation.cif.gz | 13.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mxk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mx/5mxk | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5mwoC 1t56S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23781.705 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (bacteria) Gene: ethR, etaR, Rv3855 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P9WMC1 | ||
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#2: Chemical | ChemComp-ZHA / ~{ | ||
#3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.91 Å3/Da / Density % sol: 57.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 1.7 to 2.1 ammonium sulfate 0.1M MES (pH 6 to 7) 5 to 15%(v/v) glycerol 7 to 12%(v/v) 1,4-dioxane PH range: 6-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 12, 2016 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→121.2 Å / Num. obs: 18585 / % possible obs: 95 % / Redundancy: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 28.36 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 13.7 / Num. measured all: 235062 / Scaling rejects: 0 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1T56 Resolution: 1.932→60.599 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 23.1
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.42 Å2 / Biso mean: 39.6211 Å2 / Biso min: 14.52 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.932→60.599 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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