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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ngm | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis transcriptional regulator EthR with bound inhibitory compound | ||||||
![]() | HTH-type transcriptional regulator EthR | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / ETHR / Tuberculosis / Inhibition | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Tomlinson, C.W.E. / Tatum, N.J. / Pohl, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Systematic exploration of the hydrophobic capacity of the EthR binding site for lead compound optimization 著者: Tatum, N.J. / Tomlinson, C.W.E. / Frita, R. / Bennett, R. / Baulard, A.R. / Pohl, E. / Kitching, M.O. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 53.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 37.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7ngdC ![]() 7nggC ![]() 7ngiC ![]() 7ngjC ![]() 7ngkC ![]() 7ngnC ![]() 7ngoC ![]() 7ngrC ![]() 7ngsC ![]() 7ngtC ![]() 7nguC ![]() 7ngwC ![]() 7ngxC ![]() 7ngyC ![]() 5nioS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23781.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ethR, etaR, Rv3855 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-UAK / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.91 % |
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結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG based |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.76→85.89 Å / Num. obs: 25735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.79 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.93 / Num. unique obs: 1274 / CC1/2: 0.744 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5NIO 解像度: 1.76→85.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.57 Å2 / Biso mean: 30.561 Å2 / Biso min: 13.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→85.85 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.805 Å
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