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- PDB-5myl: Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5myl | |||||||||
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Title | Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with compound GSK1570606A at 1.72A resolution | |||||||||
![]() | HTH-type transcriptional regulator EthR | |||||||||
![]() | TRANSCRIPTION / EthR / Mycobacterium tuberculosis / represor | |||||||||
Function / homology | ![]() transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Blaszczyk, M. / Mendes, V. / Mugumbate, G. / Blundell, T.L. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Target Identification of Mycobacterium tuberculosis Phenotypic Hits Using a Concerted Chemogenomic, Biophysical, and Structural Approach. Authors: Mugumbate, G. / Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Sabbah, M. / Papadatos, G. / Lelievre, J. / Ballell, L. / Barros, D. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Overington, J.P. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 93.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 70.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 691.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 692.3 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5mxvC ![]() 5mymC ![]() 5mynC ![]() 5myrC ![]() 5mysC ![]() 5mytC ![]() 5mywC ![]() 1t56S S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 25259.254 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 25618 / H37Rv / Gene: ethR, etaR, Rv3855 / Production host: ![]() ![]() |
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#2: Chemical | ChemComp-Q2N / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.43 Å3/Da / Density % sol: 49.28 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 1.7 to 2.1 ammonium sulfate 0.1M MES (pH 6 to 7) 5 to 15%(v/v) glycerol 7 to 12%(v/v) 1,4-dioxane PH range: pH range 6-7 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Dec 7, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.724→42.659 Å / Num. all: 26955 / Num. obs: 26955 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 29.69 Å2 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.084 / Rsym value: 0.077 / Net I/av σ(I): 5.5 / Net I/σ(I): 18.7 / Num. measured all: 331256 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1T56 Resolution: 1.724→28.559 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 22.48
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 114.59 Å2 / Biso mean: 44.3537 Å2 / Biso min: 19.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.724→28.559 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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