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- PDB-5nz1: Structure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nz1
タイトルStructure of Transcriptional Regulatory Repressor Protein - EthR from Mycobacterium Tuberculosis in complex with sutezolid
要素HTH-type transcriptional regulator EthR
キーワードTRANSCRIPTION / EthR / represor / boosting effect
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...: / Transcriptional regulator EthR, C-terminal domain / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9EN / HTH-type transcriptional regulator EthR
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Mendes, V. / Blaszczyk, M. / Nikiforov, P.O. / Blundell, T.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Bill & Melinda Gates Foundation 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The antibiotics linezolid and sutezolid are ligands for Mycobacterium tuberculosis EthR
著者: Nikiforov, P.O. / Blaszczyk, M. / Mendes, V. / Boshoff, H.I. / Barry, C.E. / Blundell, T.L. / Abell, C.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
B: HTH-type transcriptional regulator EthR
C: HTH-type transcriptional regulator EthR
D: HTH-type transcriptional regulator EthR
E: HTH-type transcriptional regulator EthR
F: HTH-type transcriptional regulator EthR
G: HTH-type transcriptional regulator EthR
H: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,13411
ポリマ－202,0748
非ポリマー1,0603
水4,053225
1
A: HTH-type transcriptional regulator EthR
B: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8723
ポリマ－50,5192
非ポリマー3531
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area17390 Å2
手法PISA
2
C: HTH-type transcriptional regulator EthR
D: HTH-type transcriptional regulator EthR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,2254
ポリマ－50,5192
非ポリマー7072
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
3
E: HTH-type transcriptional regulator EthR
F: HTH-type transcriptional regulator EthR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5192
ポリマ－50,5192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2700 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
4
G: HTH-type transcriptional regulator EthR
H: HTH-type transcriptional regulator EthR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,5192
ポリマ－50,5192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2600 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.858, 144.841, 150.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator EthR


分子量: 25259.254 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ethR, etaR, Rv3855 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WMC1
#2: 化合物 ChemComp-9EN / ~{N}-[[(5~{S})-3-(3-fluoranyl-4-thiomorpholin-4-yl-phenyl)-2-oxidanylidene-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl]ethanamide


分子量: 353.412 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20FN3O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 HEPES 25% PEG 550 MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→150.74 Å / Num. obs: 80962 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 52.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.071 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.33-2.466.80.72179408117110.8030.2980.7812.4100
7.37-150.7460.0381666327890.9970.0170.04240.299.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
Aimless0.5.15データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T56

1t56


解像度: 2.33→104.442 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 4140 5.12 %
Rwork0.1913 --
obs0.194 80875 99.88 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 188.31 Å2 / Biso mean: 75.0522 Å2 / Biso min: 30.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→104.442 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11576 0 72 225 11873
Biso mean--104.25 58.01 -
残基数----1522
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911925
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94216285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491899
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0917079
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.35650.36411230.280325342657100
2.3565-2.38420.3221170.260825672684100
2.3842-2.41330.26561310.245325142645100
2.4133-2.44380.3111150.242725622677100
2.4438-2.4760.32461520.240225172669100
2.476-2.50990.29441360.223625412677100
2.5099-2.54580.29291230.225425292652100
2.5458-2.58380.26741490.212825172666100
2.5838-2.62420.27721600.230125212681100
2.6242-2.66720.29571380.221825202658100
2.6672-2.71320.2681240.216825582682100
2.7132-2.76250.26661400.208525392679100
2.7625-2.81570.27171370.20825212658100
2.8157-2.87310.29131610.209825122673100
2.8731-2.93560.25771580.206825502708100
2.9356-3.00390.30081170.221825502667100
3.0039-3.0790.27971270.236325802707100
3.079-3.16230.30431140.230425512665100
3.1623-3.25530.28991460.225325172663100
3.2553-3.36040.29411430.209525712714100
3.3604-3.48050.28671510.201325492700100
3.4805-3.61990.22141180.192725772695100
3.6199-3.78460.22751510.183825272678100
3.7846-3.98420.241710.174525442715100
3.9842-4.23380.20631380.163425862724100
4.2338-4.56070.20411480.153225752723100
4.5607-5.01970.21251330.155326002733100
5.0197-5.7460.24681270.190526242751100
5.746-7.23910.2631360.2012647278399
7.2391-104.54660.18811560.16612735289199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.8485-3.78364.86468.7284-4.79087.4025-0.0564-0.3155-0.16390.10130.23850.1460.4441-0.2029-0.23820.44430.00560.07310.5339-0.04830.3591-18.8522-61.370710.3297
28.64983.21012.10747.134-1.7099.58840.3192-1.0550.12470.7816-0.102-0.4248-0.3066-0.9991-0.21530.64770.0206-0.04420.4957-0.04990.3449-17.3173-60.573720.153
35.6012-2.1775-5.81693.90052.64327.6216-0.0415-0.0724-0.15210.0252-0.09290.0183-0.18190.57260.19090.42850.0384-0.05810.5178-0.00580.3842-6.1721-58.32631.7146
45.45032.2001-2.849.1755-3.67717.9939-0.4870.717-0.9439-1.1862-0.1034-0.57151.0160.11350.48150.58260.05450.05560.4613-0.14260.582-5.1686-60.3794-15.4649
58.39651.50350.18375.59514.69174.04880.11630.02760.7818-0.11610.08580.6321-0.5388-0.5202-0.21490.52380.01550.06050.52490.09790.4073-15.8565-51.56151.2552
66.0683-1.4643-5.07783.35661.24253.6615-0.3651-0.56190.08790.16860.1651-0.18190.32581.26030.07980.2958-0.0356-0.03860.4057-0.07110.40820.3816-49.3978-7.7977
78.85350.7652-1.91193.14830.06733.33940.02420.2602-0.1578-0.1091-0.07660.02580.14180.05390.04730.40210.0186-0.02390.3123-0.03310.2866-8.5595-49.6328-18.1209
82.9922-0.5411-3.17349.36451.40233.63450.22010.18970.3551-0.52020.5271-0.0525-0.6439-0.1879-0.74270.4647-0.00220.0280.502-0.02940.5654-23.0413-18.66510.2933
97.1026-4.2759-3.69257.81765.6346.45190.1169-2.29730.71850.20.66060.0458-0.48781.1109-0.60270.5003-0.03380.04910.7457-0.2040.5491-22.531-21.86079.1785
106.8458-3.8632-1.94829.28441.56938.2267-0.57820.788-0.26790.6782-0.031.0977-0.1645-0.82750.28190.4057-0.00350.09570.6067-0.04760.5354-33.545-20.56446.1986
116.1619-1.5714-5.65413.13652.27715.54690.4060.56320.1552-0.6456-0.23840.2882-0.6685-1.4658-0.19650.42010.0119-0.07870.3155-0.00830.577-25.4889-27.9122-12.4512
125.2886-5.8094-2.49436.42512.98642.377-0.5180.1948-1.29290.07960.75642.0824-1.4494-0.6853-0.18121.31590.3448-0.02651.8839-0.1071.471-16.3228-30.212-35.3045
133.7897-0.51980.30568.90446.23844.69470.11180.30230.5207-1.38460.2201-0.3321-1.05930.2184-0.29590.6646-0.0931-0.01120.43040.11470.5827-13.4002-32.0227-22.8659
145.32345.506-7.31825.5172-6.83189.761-0.0164-0.5051-0.10440.2872-0.3954-0.270.12970.19850.27770.45830.03620.03540.3244-0.09160.4788-19.1327-33.4149-3.4916
155.6173-3.6157-4.59674.75534.30284.19730.34210.44270.0228-0.453-0.10160.32030.0154-0.4287-0.18410.4462-0.034-0.04270.2978-0.05780.4851-24.6471-40.2857-19.956
165.75230.67573.00625.36350.04522.2834-0.0736-0.00050.0656-0.4090.00640.2437-0.4924-0.09510.07660.3696-0.0146-0.00090.23550.0190.3193-15.3273-43.7457-20.5705
178.053-0.30321.14835.8236-3.22823.19630.13520.1390.0298-0.0521-0.0373-0.6475-0.26340.4661-0.06510.36110.01680.01580.2918-0.05730.3568-6.3268-39.6467-19.882
183.3311-4.23970.46349.0695-4.21638.0942-0.1313-0.8216-0.22310.8935-0.02580.263-0.3602-0.27790.09550.4245-0.0062-0.01860.55930.03350.49233.3352-13.4492.3673
193.97-5.24771.95196.7082-1.92848.8734-0.152-0.46540.05860.46110.2992-0.56210.06440.3593-0.13880.32390.0062-0.11050.50140.05090.525210.6521-19.98412.697
204.13524.39313.56425.34332.15234.6379-0.02650.03060.4170.0248-0.12540.55790.0105-0.36690.13020.31490.0207-0.00530.36450.03920.3773-7.3562-16.4844-7.8578
215.22891.38095.40465.34830.33085.51580.0392-0.41660.99990.0656-0.3140.83610.51-0.52040.19940.44860.07580.0420.6204-0.02090.5856-22.2071-8.6606-9.5632
225.0096-0.2244.38082.1158-1.44635.35310.02880.1592-0.02-0.21470.0480.14160.0563-0.3101-0.08750.36260.0205-0.04460.356-0.05350.4273-13.1297-10.3377-18.7518
234.17350.95282.64743.36561.71657.3632-0.2653-0.04680.4054-0.16790.08860.5561-0.8224-0.39420.22630.49630.0696-0.06340.38170.08990.578-17.8560.1638-15.3146
244.98322.0292-0.56863.6937-4.52056.3353-0.17650.54230.0212-0.3345-0.0699-0.729-0.70930.80980.20960.5925-0.1766-0.01220.63510.06180.409616.445312.8137-28.7375
253.01830.98183.29553.16-0.57794.83890.47990.78022.0011-0.7364-0.60280.5796-0.3949-0.35760.13130.9236-0.0445-0.18780.57270.07120.8674-5.590618.5966-27.0718
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296.776-0.9768-5.20644.92960.83898.2566-0.03071.3823-0.2946-0.5660.0130.56330.2608-0.93490.02250.394-0.0646-0.08040.6602-0.02390.48559.4426-10.9743-34.3285
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318.6511-1.4194-2.64933.00841.7452.0364-0.00790.0357-0.4659-0.05760.0023-0.08740.2611-0.2469-0.02360.6035-0.0167-0.01050.49820.09770.312936.0592-17.2706-39.1324
325.79350.41370.47965.31861.32667.3436-0.15620.55290.1564-0.29640.0068-0.18220.413-0.39830.17240.4195-0.03320.04890.43470.08760.394642.742-16.1627-47.3931
334.8182-0.8055-0.16392.9108-0.0588.1081-0.3326-0.07980.47040.367-0.0367-0.8338-0.28950.42530.3670.4884-0.002-0.13040.58660.07840.611837.495922.4209-43.1673
346.6533-3.42590.41654.59870.07761.47360.73950.6164-0.6216-1.4675-0.7539-0.0179-0.07770.3682-0.01230.64590.0647-0.01010.70770.18390.617742.592913.1666-54.66
358.1863-1.2367-1.04146.70120.93893.6172-0.36240.20690.1446-0.10290.2466-0.82180.07010.1920.12810.42740.03890.00670.55260.2380.643848.26631.7215-49.0647
363.0953-1.1274-0.28184.57850.25731.3716-0.13070.44540.1174-0.3365-0.1497-0.2077-0.03040.01390.2480.43130.01360.02370.50230.09720.448545.4082-6.8298-52.931
379.3286-2.07121.01152.6867-1.16561.15960.0777-0.1951-0.31291.57660.2799-1.88470.21340.9446-0.23710.93620.0149-0.63090.9702-0.24181.510723.3263-52.3595-82.983
383.465-1.14361.1182.6156-4.80457.91780.3020.9615-0.7343-0.32520.7559-1.3113-0.44251.0335-0.62440.8797-0.2285-0.02340.9837-0.43551.265122.3744-35.9335-90.7893
394.99092.6301-1.5692.9215-3.78497.387-0.7264-2.30960.8649-0.84840.75981.24820.69850.0364-0.22721.3026-0.32580.07811.88660.01090.931810.9527-22.2067-103.2235
401.61160.07040.65765.4466-1.20623.05550.2262-0.0861-0.07180.65350.26520.5766-0.0783-0.0583-0.51320.608-0.21870.09960.827-0.11170.677215.0459-23.4466-84.2164
416.45063.6075-1.73674.1565-2.53395.63022.1939-0.47840.87931.4655-0.73860.614-1.7851-0.4299-1.48121.8802-0.15890.1510.7396-0.0191.11518.9285-28.4707-48.4639
424.7474.3404-0.77284.4382-1.72662.55640.4645-0.5146-1.9061.2673-0.9854-0.20893.0954-0.14890.42092.78330.04390.17770.86040.11281.36316.3683-37.0053-43.7537
430.9685-0.33521.41881.79120.21851.53710.0904-0.3940.15571.84490.25930.8578-0.3328-1.2942-0.28941.9576-0.02850.74461.1822-0.04461.11086.7645-17.0414-60.5992
447.53061.55113.39121.60681.3922.83731.0252-0.0725-0.20851.3546-1.04150.9587-0.42580.1890.40671.3697-0.22530.31020.8215-0.02640.901815.6148-28.8735-60.9316
451.54260.93110.69412.3491-0.49820.15320.2624-0.37040.02721.49580.74532.9296-0.2859-0.9548-0.46331.2840.10840.84191.3358-0.03311.7689-2.0872-18.8652-72.929
463.79151.98883.88016.69972.02494.27060.71010.44510.27041.8475-0.21231.26511.53880.0162-0.49851.1706-0.04980.47230.9246-0.01941.00479.5407-20.9043-73.2918
477.1153-1.94671.91657.5658-0.22929.55630.7583-0.90620.24481.7074-0.2781.6079-0.2577-0.0183-0.41211.025-0.21720.4110.7894-0.26230.851113.1987-12.4282-76.0462
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 22 through 46 )A22 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 47 through 67 )A47 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 91 )A68 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 92 through 116 )A92 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 117 through 131 )A117 - 131
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 132 through 158 )A132 - 158
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 159 through 215 )A159 - 215
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 23 through 38 )B23 - 38
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 39 through 58 )B39 - 58
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 59 through 67 )B59 - 67
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 68 through 92 )B68 - 92
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 93 through 98 )B93 - 98
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 99 through 115 )B99 - 115
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 116 through 131 )B116 - 131
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 132 through 158 )B132 - 158
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 159 through 188 )B159 - 188
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 189 through 215 )B189 - 215
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 22 through 46 )C22 - 46
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 47 through 67 )C47 - 67
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 68 through 90 )C68 - 90
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 91 through 116 )C91 - 116
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 117 through 167 )C117 - 167
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 168 through 215 )C168 - 215
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 22 through 67 )D22 - 67
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 68 through 98 )D68 - 98
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 99 through 116 )D99 - 116
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 117 through 131 )D117 - 131
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 132 through 214 )D132 - 214
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 22 through 67 )E22 - 67
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 68 through 98 )E68 - 98
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 99 through 159 )E99 - 159
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 160 through 214 )E160 - 214
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 22 through 57 )F22 - 57
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 58 through 98 )F58 - 98
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 99 through 128 )F99 - 128
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 129 through 214 )F129 - 214
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'G' and (resid 23 through 67 )G23 - 67
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'G' and (resid 68 through 92 )G68 - 92
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'G' and (resid 93 through 101 )G93 - 101
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'G' and (resid 102 through 214 )G102 - 214
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'H' and (resid 23 through 44 )H23 - 44
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'H' and (resid 45 through 67 )H45 - 67
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'H' and (resid 68 through 116 )H68 - 116
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'H' and (resid 117 through 131 )H117 - 131
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'H' and (resid 132 through 167 )H132 - 167
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'H' and (resid 168 through 188 )H168 - 188
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'H' and (resid 189 through 215 )H189 - 215

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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