PDB-7nfq: Fujian capmidlink domain in complex with Nb8193

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7nfq

タイトル

Fujian capmidlink domain in complex with Nb8193

要素

Nb8193
Polymerase basic protein 2

キーワード

VIRAL PROTEIN / Influenza polymerase / cap-binding domain / nanobody

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / host cell mitochondrion / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

Camelidae mixed library (哺乳類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Keown, J.R. / Grimes, J.M. / Fodor, E.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies.
著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /

要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...

履歴

登録	2021年2月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月9日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7nfq.cif.gz	566.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7nfq.ent.gz	387.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7nfq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7nfq_validation.pdf.gz	468.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7nfq_full_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示
XML形式データ	7nfq_validation.xml.gz	33.4 KB	表示
CIF形式データ	7nfq_validation.cif.gz	48.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nfq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nf/7nfq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	12322C 12323C 12342C 12348C 12361C 12362C 12363C 12364C 12371C 12372C 12373C 12375C 12428C 12429C 12430C 12431C 12433C 12435C 12437C 12440C 12447C 7nfrC 7nftC 7nhaC 7nhcC 7nhxC 7ni0C 7nikC 7nilC 7nirC 7nisC 7nj3C 7nj4C 7nj5C 7nj7C 7nk1C 7nk2C 7nk4C 7nk6C 7nk8C 7nkaC 7nkcC 7nkiC 7nkrC 6s5vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fzh-1 4y0m-6 4iqv-d 4y0m-1 4xev-d 7nfq-2 4g3j-3 6ipi-d 3uw2-d 3rbe-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase basic protein 2

C: Nb8193

B: Polymerase basic protein 2

D: Nb8193

ヘテロ分子

97 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polymerase basic protein 2

C: Nb8193

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
48.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polymerase basic protein 2

D: Nb8193

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
48.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.583, 106.543, 98.405
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.007, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3 分子量: 34249.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A/duck/Fujian/13/2002(H5N1)) (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6E3N3
#2: タンパク質	Nb8193 分子量: 13983.466 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Camelidae mixed library (哺乳類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.32 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG3350 and 0.2 M (NH4)2 citrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→44.31 Å / Num. obs: 69149 / % possible obs: 70.31 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 28.16 Å² / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 23.17
反射シェル	解像度: 1.68→1.743 Å / Num. unique obs: 767 / CC_1/2: 0.292

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18rc2_3794	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6S5V

6s5v

解像度: 1.68→44.31 Å / SU ML: 0.1727 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.9662
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2054	3442	4.98 %
R_work	0.1673	65692	-
obs	0.1693	69134	70.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→44.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6175	0	37	453	6665

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	6326
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.2092	8522
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0642	966
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0076	1105
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.8999	895

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.71	0.4557	13	0.3249	149	X-RAY DIFFRACTION	4.11
1.71-1.73	0.4175	17	0.3774	331	X-RAY DIFFRACTION	9.18
1.73-1.76	0.3049	37	0.3328	546	X-RAY DIFFRACTION	14.86
1.76-1.78	0.3905	51	0.2964	744	X-RAY DIFFRACTION	20.27
1.78-1.81	0.324	57	0.2654	999	X-RAY DIFFRACTION	27.2
1.81-1.84	0.3331	67	0.2433	1255	X-RAY DIFFRACTION	33.26
1.84-1.88	0.2587	82	0.2321	1446	X-RAY DIFFRACTION	39.41
1.88-1.91	0.2672	91	0.2278	1771	X-RAY DIFFRACTION	47.36
1.91-1.95	0.2447	95	0.2018	2047	X-RAY DIFFRACTION	54.7
1.95-2	0.2107	122	0.1979	2384	X-RAY DIFFRACTION	64.37
2-2.04	0.2438	142	0.1942	2698	X-RAY DIFFRACTION	71.36
2.04-2.09	0.2071	153	0.189	3013	X-RAY DIFFRACTION	81.24
2.09-2.15	0.2371	168	0.1836	3407	X-RAY DIFFRACTION	91.2
2.15-2.21	0.217	169	0.174	3673	X-RAY DIFFRACTION	98.21
2.21-2.28	0.2114	186	0.1758	3736	X-RAY DIFFRACTION	99.9
2.28-2.37	0.258	190	0.1739	3794	X-RAY DIFFRACTION	100
2.37-2.46	0.2454	188	0.1753	3718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.57	0.2153	204	0.1805	3691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.57-2.71	0.2181	199	0.1799	3752	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.71-2.88	0.2144	183	0.1905	3766	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.88-3.1	0.2341	204	0.1832	3739	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.1-3.41	0.2355	191	0.1706	3734	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.41-3.9	0.1778	201	0.1484	3774	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.9-4.92	0.1478	207	0.1248	3731	X-RAY DIFFRACTION	99.92
4.92-44.31	0.1982	225	0.1645	3794	X-RAY DIFFRACTION	99.68

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.58878721433 Å / Origin y: 10.3509992209 Å / Origin z: 18.7829446686 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.210733936277 Å²	0.00569372118006 Å²	-0.00958883075485 Å²	-	0.197455039602 Å²	0.00180330601925 Å²	-	-	0.276819494776 Å²
L	0.0417103759732 °²	0.0222759489325 °²	-0.0986884221022 °²	-	0.0122726344801 °²	-0.109218053678 °²	-	-	0.681990908568 °²
S	0.000581697943881 Å °	-0.0191182496657 Å °	0.0100472038526 Å °	0.0291711404904 Å °	-0.00381424047408 Å °	-0.0239827113348 Å °	-0.0430753534364 Å °	0.0536541944941 Å °	0.00464636594937 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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