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- EMDB-12348: 1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Replicase (cl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12348
タイトル1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Replicase (class 3)
マップデータOriginal unsharpened map from cryoSPARC
試料
  • 複合体: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA promoters
    • 複合体: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • 複合体: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • 複合体: Polymerase basic protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
キーワードInfluenza / RNA polymerase / H1N1 / 1918 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...IgG binding / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / LysM domain / LysM domain profile. / PB2, C-terminal ...Octapeptide repeat / Octapeptide repeat / Protein A, Ig-binding domain / B domain / Lysin motif / LysM domain superfamily / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / LysM domain / LysM domain profile. / PB2, C-terminal / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / LysM domain / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / YSIRK type signal peptide / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein A / Polymerase acidic protein / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス) / Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) / Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Keown JR / Carrique L
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/K000241/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Mapping inhibitory sites on the RNA polymerase of the 1918 pandemic influenza virus using nanobodies.
著者: Jeremy R Keown / Zihan Zhu / Loïc Carrique / Haitian Fan / Alexander P Walker / Itziar Serna Martin / Els Pardon / Jan Steyaert / Ervin Fodor / Jonathan M Grimes /
要旨: Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA- ...Influenza A viruses cause seasonal epidemics and global pandemics, representing a considerable burden to healthcare systems. Central to the replication cycle of influenza viruses is the viral RNA-dependent RNA polymerase which transcribes and replicates the viral RNA genome. The polymerase undergoes conformational rearrangements and interacts with viral and host proteins to perform these functions. Here we determine the structure of the 1918 influenza virus polymerase in transcriptase and replicase conformations using cryo-electron microscopy (cryo-EM). We then structurally and functionally characterise the binding of single-domain nanobodies to the polymerase of the 1918 pandemic influenza virus. Combining these functional and structural data we identify five sites on the polymerase which are sensitive to inhibition by nanobodies. We propose that the binding of nanobodies at these sites either prevents the polymerase from assuming particular functional conformations or interactions with viral or host factors. The polymerase is highly conserved across the influenza A subtypes, suggesting these sites as effective targets for potential influenza antiviral development.
履歴
登録2021年2月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月1日-
マップ公開2021年12月1日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0526
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0526
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ni0
  • 表面レベル: 0.0526
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12348.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12348.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Original unsharpened map from cryoSPARC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0526 / ムービー #1: 0.0526
最小 - 最大-0.1523424 - 0.35551956
平均 (標準偏差)0.0018116898 (±0.017130625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8250.8250.825
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.200211.200211.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ384384384
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1520.3560.002

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添付データ

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追加マップ: Map generated by deepEMhancer using the wideTarget function.

ファイルemd_12348_additional_1.map
注釈Map generated by deepEMhancer using the wideTarget function.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA...

全体名称: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA promoters
要素
  • 複合体: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA promoters
    • 複合体: Polymerase acidic protein
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • 複合体: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
      • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • 複合体: Polymerase basic protein 2
      • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A
    • 複合体: RNA
      • RNA: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')
      • RNA: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')

+
超分子 #1: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA...

超分子名称: 1918 Influenza virus polymerase heterotirmer in complex with vRNA promoters
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

+
超分子 #2: Polymerase acidic protein

超分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

超分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)

+
超分子 #4: Polymerase basic protein 2

超分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)

+
超分子 #5: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
Synthetically produced: Yes

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1
分子量理論値: 82.707391 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINERGES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列:
MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDLKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFINERGES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG AEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHI YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMASRGLW DSFRQSERGE ETIEERFEIT GTMRRLADQS LPPNFSSLEN FRAYVDGFEP NG YIEGKLS QMSKEVNARI EPFLKTTPRP LRLPDGPPCS QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMRTFFGW KEP NVVKPH EKGINPNYLL AWKQVLAELQ DIENEEKIPK TKNMKKTSQL KWALGENMAP EKVDFDDCKD VSDLKQYDSD EPEL RSLAS WIQSEFNKAC ELTDSSWIEL DEIGEDVAPI EHIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGDMLLRSAI GQVSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEEGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS PQLEGFSAES RKLLLIVQAL RDNLEPGTFD LGGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLT HALR

UniProtKB: Polymerase acidic protein

+
分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (strain A/Brevig Mission/1/1918 H1N1) (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Brevig Mission/1/1918 H1N1
分子量理論値: 86.625211 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGRWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列:
MDVNPTLLFL KVPAQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGRWTTNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEVVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEV FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRLNKRSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT RNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGKGYM FESKSMKLRT QIPAEMLASI DLKYFNDSTR KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLLGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FEIKKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVMMPAHGPA KNMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRQK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

+
分子 #3: Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A

分子名称: Polymerase basic protein 2,Immunoglobulin G-binding protein A
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 102.377219 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSAV HYPKIYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列:
MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIMEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSAV HYPKIYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDINP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI SPLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRATVSADPL ASLLEMCHST QIGGIRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SVKREEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GRRATAILRK ATRRLIQLIV SGRDEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGIEPID NVMGMIGILP DMTPSTEMSM RGVRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEVNGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQNPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAARGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTV QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILVRGN SPVFNYNKAT KRLTVLGKDA GALTEDPDEG TAGVESAVLR GFLILGKEDR RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAINEN LYFQGELKTA ALAQHDEAVD NKFNKEQQNA FYEILHLPN LNEEQRNAFI QSLKDDPSQS ANLLAEAKKL NDAQAPKVDN KFNKEQQNAF YEILHLPNLN EEQRNAFIQS LKADPSQSAN LLAEAKKLN GAQAPKVDAN SAGKST

UniProtKB: Polymerase basic protein 2, Immunoglobulin G-binding protein A

+
分子 #4: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*CP*UP*GP*CP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 5.335125 KDa
配列文字列:
GGCCUGCUUU UGCUAUU

+
分子 #5: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*AP*GP*UP*AP*GP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*CP*C)-3')
タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A/Brevig Mission/1/1918(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 4.862017 KDa
配列文字列:
AGUAGAAACA AGGCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMNaSCNSodium thiocynate
20.0 mMHEPES-NaHEPES
166.0 mMNaClSodium Chloride
0.0075 % (v/v)Tween 20
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.5 second blot and 3 microlitres sample..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9413 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 61.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2854501
詳細: Initial automated blob picking followed by template picking.
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 使用した粒子像数: 32398
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.15) / 詳細: Non-uniform refinement
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

7hna

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6qnw

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-7ni0:
1918 H1N1 Viral influenza polymerase heterotrimer - Replicase (class 3)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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