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- PDB-7nfg: A hexameric barrel state of a de novo coiled-coil assembly: CC-Ty... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7nfg
タイトルA hexameric barrel state of a de novo coiled-coil assembly: CC-Type2-(LaId)4-L14A.
要素CC-Type2-(LaId)4-L14A
キーワードDE NOVO PROTEIN / Coiled coil / synthetic peptide / homomeric assembly
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09 Å
データ登録者Rhys, G.G. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助European Union, 英国, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)340764European Union
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/G036764/1 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Differential sensing with arrays of de novo designed peptide assemblies.
著者: Dawson, W.M. / Shelley, K.L. / Fletcher, J.M. / Scott, D.A. / Lombardi, L. / Rhys, G.G. / LaGambina, T.J. / Obst, U. / Burton, A.J. / Cross, J.A. / Davies, G. / Martin, F.J.O. / Wiseman, F.J. ...著者: Dawson, W.M. / Shelley, K.L. / Fletcher, J.M. / Scott, D.A. / Lombardi, L. / Rhys, G.G. / LaGambina, T.J. / Obst, U. / Burton, A.J. / Cross, J.A. / Davies, G. / Martin, F.J.O. / Wiseman, F.J. / Brady, R.L. / Tew, D. / Wood, C.W. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2021年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn.ambient_temp
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Type2-(LaId)4-L14A
B: CC-Type2-(LaId)4-L14A
C: CC-Type2-(LaId)4-L14A
D: CC-Type2-(LaId)4-L14A
E: CC-Type2-(LaId)4-L14A
F: CC-Type2-(LaId)4-L14A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,2757
ポリマ－19,1576
非ポリマー1181
水3,099172
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area9520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.670, 57.240, 91.770
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16B
26C
17B
27D
18B
28E
19B
29F
110C
210D
111C
211E
112C
212F
113D
213E
114D
214F
115E
215F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 30 / Label seq-ID: 2 - 31

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16BB
26CC
17BB
27DD
18BB
28EE
19BB
29FF
110CC
210DD
111CC
211EE
112CC
212FF
113DD
213EE
114DD
214FF
115EE
215FF

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Type2-(LaId)4-L14A


分子量: 3192.791 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: After 1:1 dilution with the peptide solution, the resulting conditions were 50 mM sodium cacodylate, 20% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) and 2.5% PEG 8000.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→14.42 Å / Num. obs: 70145 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 13.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.09-1.1110.61.431.733810.3210.4541.50298.8
5.97-14.4111.80.05153.14760.9980.0150.05393.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLM7.2.0データ削減
Aimless0.5.1データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: model helices

解像度: 1.09→14.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / SU B: 1.387 / SU ML: 0.028 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1695 3530 5 %RANDOM
Rwork0.1414 ---
obs0.1427 66546 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 194.54 Å2 / Biso mean: 19.848 Å2 / Biso min: 8.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2---1.73 Å20 Å2
3---2.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.09→14.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1349 0 8 172 1529
Biso mean--25.63 36.17 -
残基数----189
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0131464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0171577
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.181.6371967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6411.5933674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.3425195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43326.650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.65815317
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021631
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02237
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr21.37233041
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A8610.09
12B8610.09
21A8480.09
22C8480.09
31A8360.11
32D8360.11
41A8440.12
42E8440.12
51A8590.11
52F8590.11
61B8260.1
62C8260.1
71B8130.12
72D8130.12
81B8160.12
82E8160.12
91B8330.11
92F8330.11
101C8280.13
102D8280.13
111C8300.12
112E8300.12
121C8420.11
122F8420.11
131D8260.11
132E8260.11
141D8250.11
142F8250.11
151E8500.1
152F8500.1
LS精密化 シェル解像度: 1.09→1.118 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 264 -
Rwork0.317 4757 -
all-5021 -
obs--98.39 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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