PDB-5eze: A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I18betaMeCys-L2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5eze

タイトル

A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I18betaMeCys-L22H-I25E

要素

CC-Hept-bMeCys-His-Glu

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Coiled coil / heptamer / de novo structure

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Burton, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem. / 年: 2016
タイトル: Installing hydrolytic activity into a completely de novo protein framework.
著者: Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2015年11月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月7日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5eze.cif.gz	88.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5eze.ent.gz	70.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5eze.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5eze_validation.pdf.gz	493.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5eze_full_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示
XML形式データ	5eze_validation.xml.gz	10.8 KB	表示
CIF形式データ	5eze_validation.cif.gz	14.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5eze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ez/5eze	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ez8C 5ez9C 5ezaC 5ezcC 5f2yC 4pnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5f2y-d 4h8m-1 4pnb-1 4pnb-2 6eik-d 5ez9-d 3r47-2 5ooo-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CC-Hept-bMeCys-His-Glu

B: CC-Hept-bMeCys-His-Glu

C: CC-Hept-bMeCys-His-Glu

D: CC-Hept-bMeCys-His-Glu

E: CC-Hept-bMeCys-His-Glu

F: CC-Hept-bMeCys-His-Glu

G: CC-Hept-bMeCys-His-Glu

ヘテロ分子

24 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.450, 60.490, 68.812
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.43, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質・ペプチド	CC-Hept-bMeCys-His-Glu 分子量: 3395.978 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium formate with 20% w/v PEG 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→43.833 Å / Num. obs: 21962 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.1 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
iMOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4pna

4pna

解像度: 1.8→43.83 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2407	1111	5.07 %	random selection
R_work	0.2063	-	-	-
obs	0.208	21896	99.22 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1429	0	12	117	1558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1466
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.861	1917
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.48	528
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	214
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	229

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8001-1.882	0.292	147	0.2646	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
1.882-1.9812	0.2609	113	0.2452	2601	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9812-2.1054	0.2738	141	0.2327	2562	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1054-2.2679	0.2473	140	0.1886	2596	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2679-2.4961	0.2136	135	0.1882	2613	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4961-2.8573	0.2164	144	0.2013	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8573-3.5996	0.226	131	0.2036	2617	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5996-43.83	0.2537	160	0.2029	2631	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.8151	1.4109	-5.4382	3.6621	-1.6175	3.8906	0.2476	-0.0233	0.7118	-0.3832	-0.0182	-0.4642	-0.1239	0.2786	-0.2542	0.2347	-0.004	0.0012	0.307	0.0683	0.3179	-30.4244	0.1803	-43.0381
2	5.3565	1.383	-5.5314	2.7259	-0.9904	4.1786	-0.5844	-0.1754	-1.532	-0.0116	0.0715	-0.2817	0.6427	0.3824	0.4954	0.2079	0.04	-0.0224	0.2584	0.0062	0.3078	-33.4144	-19.3964	-35.8188
3	2.9276	3.3745	3.4546	3.9116	3.8799	4.5035	-2.0439	2.0287	1.5714	0.1553	0.0192	-3.3047	-1.3966	4.0422	1.8395	0.5865	-0.2798	-0.084	1.1224	0.1401	1.0045	-18.1408	-17.3922	-41.3501
4	7.0959	-1.9915	-5.5858	5.0998	2.1586	4.2513	0.4072	1.0804	0.6828	-0.7193	0.0865	-0.4807	-0.4681	-0.1421	-0.5104	0.3163	-0.008	0.0134	0.473	0.0724	0.2231	-35.2227	-4.1287	-49.0583
5	6.2595	-0.9627	-2.9036	6.3656	1.9444	8.097	0.1	1.4268	-0.1107	-0.5234	-0.0337	-0.2742	0.0821	-0.5451	-0.0561	0.2277	-0.0123	-0.0251	0.4105	-0.0472	0.1111	-39.7631	-12.297	-48.7283
6	9.1334	-3.2615	-6.8314	4.1894	2.0698	8.0935	-0.1604	0.5343	-0.5003	-0.1577	0.0166	-0.4218	0.1264	0.1097	0.1854	0.2342	-0.0195	0.0002	0.2329	-0.1025	0.2458	-32.6744	-19.3396	-45.5092
7	8.4574	1.1727	-5.9353	4.8202	-0.8433	8.2505	0.2589	-0.6512	0.5691	-0.229	-0.1171	-0.6668	-0.4536	0.9254	-0.0961	0.1786	-0.0465	-0.0496	0.3141	0.008	0.3061	-27.1628	-2.9423	-35.1715
8	7.7304	2.038	-5.7554	2.6123	-1.8466	8.133	-0.0566	-0.3854	-0.3642	-0.0772	-0.0881	-0.2717	-0.0399	0.737	0.1388	0.1591	0.0085	-0.0801	0.2967	0.0007	0.1931	-25.7403	-11.7128	-33.6953

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 29 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 2 through 20 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 21 through 24 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'C' and (resid 2 through 28 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 2 through 22 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'E' and (resid 2 through 28 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'F' and (resid 2 through 28 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 2 through 28 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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