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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ez9 | ||||||
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Title | A de novo designed heptameric coiled coil CC-Hept-I-H-I | ||||||
![]() | CC-Hept-L22H | ||||||
![]() | DE NOVO PROTEIN / Coiled coil / heptamer / de novo design | ||||||
Function / homology | HEXANE-1,6-DIOL![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Burton, A.J. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Installing hydrolytic activity into a completely de novo protein framework. Authors: Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Dawson, W.M. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 93 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 74.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 457.1 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 457.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5ez8C ![]() 5ezaC ![]() 5ezcC ![]() 5ezeC ![]() 5f2yC ![]() 4pnaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein/peptide | Mass: 3376.010 Da / Num. of mol.: 7 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-HEZ / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8.5 Details: 0.2 M MgSO4, 0.1 M Tris at ph 8.5 with 3.4 M 1,6-hexanediol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 90 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 14, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→43.15 Å / Num. obs: 23051 / % possible obs: 96.3 % / Redundancy: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Net I/σ(I): 5.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.84 Å / Redundancy: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 95.4 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4pna Resolution: 1.8→43.15 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.93 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→43.15 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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