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万見
- PDB-4pn9: A de novo designed hexameric coiled coil CC-Hex2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4pn9
タイトルA de novo designed hexameric coiled coil CC-Hex2
要素CC-Hex2
キーワードDE NOVO PROTEIN / alpha-helical barrel / coiled coil / protein design
生物種Synthetic Construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Wood, C.W. / Burton, A.J. / Thomson, A.R. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
European Research Council340764 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/J001430/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J008990/1 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2014
タイトル: Computational design of water-soluble alpha-helical barrels.
著者: Thomson, A.R. / Wood, C.W. / Burton, A.J. / Bartlett, G.J. / Sessions, R.B. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2014年5月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年10月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年11月5日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CC-Hex2
B: CC-Hex2
C: CC-Hex2
D: CC-Hex2
E: CC-Hex2
F: CC-Hex2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0567
ポリマ－19,8186
非ポリマー2381
水1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9550 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area9500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.320, 125.530, 58.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
CC-Hex2


分子量: 3302.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic Construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.96 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M Na HEPES, 4.3 M Sodium Chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.66 Å / Num. all: 33093 / Num. obs: 11120 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3 % / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: search model was in silico

解像度: 2.2→42.657 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 530 4.78 %
Rwork0.2063 --
obs0.2088 11080 97.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→42.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1358 0 15 68 1441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0981853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.205566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006203
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2001-2.42150.30571270.25572606X-RAY DIFFRACTION97
2.4215-2.77180.27361250.22282620X-RAY DIFFRACTION98
2.7718-3.49190.26171370.21112619X-RAY DIFFRACTION97
3.4919-42.66450.23511410.18382705X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8320.1877-0.99072.3698-0.85824.2971-0.0339-0.0763-0.24590.2581-0.08740.56740.2938-0.26730.09670.2351-0.07760.01860.2919-0.02430.287768.9734273.242261.1349
22.4458-0.2469-0.5612.45120.35554.8116-0.0194-0.4034-0.20430.9982-0.24590.04270.29340.10370.30430.2906-0.08030.02170.39370.02430.275774.1408271.96868.6748
34.2957-1.6502-0.99858.30712.40064.80080.0765-1.0286-0.11160.8180.0303-0.71630.58040.751-0.25750.281-0.0151-0.03640.5790.17480.32182.8871272.263467.9966
42.683-0.8298-1.71223.08120.86054.1998-0.1004-0.5413-0.2489-0.27870.1933-0.44580.20741.0663-0.12530.2570.14030.00680.5580.11710.326187.0013272.823460.0557
53.9151.7078-0.41368.2816-0.10153.8447-0.0486-0.0778-0.1222-0.6558-0.3253-0.07840.44150.79560.23650.32330.18580.04280.45650.06980.265782.0914273.724652.6941
62.80360.7070.18722.5173-0.20034.31480.09890.15320.0045-0.1589-0.20920.62030.3296-0.00920.04680.24040.0646-0.03570.3686-0.05660.302373.0815273.988153.094
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 30 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 1 through 29 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 1 through 30 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 30 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 1 through 30 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'F' and (resid 1 through 30 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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