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- PDB-7new: Fucosylated heterochiral linear peptide Fdln69 bound to the fucos... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7new
タイトルFucosylated heterochiral linear peptide Fdln69 bound to the fucose binding lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa at 2.0 Angstrom resolution
要素
  • Fucose-binding lectin
  • Heterochiral peptide Fdln69
キーワードANTIBIOTIC / Antimicrobial peptide / Lectin / ANTIMICROBIAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-ZDC / polypeptide(D) / polypeptide(D) (> 10) / Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Personne, H. / Baeriswyl, S. / Stocker, A. / Reymond, J.-L.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation スイス
引用
ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography.
著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L.
#1: ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography.
著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L.
#2: ジャーナル: Rsc Chem Biol / 年: 2021
タイトル: A mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography.
著者: Baeriswyl, S. / Personne, H. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.L.
#3: ジャーナル: Chemrxiv / 年: 2021
タイトル: Mixed chirality alpha-helix in a stapled bicyclic and a linear antimicrobial peptide revealed by X-ray crystallography
著者: Personne, H. / Baeriswyl, S. / Di Bonaventura, I. / Kohler, T. / van Delden, C. / Stocker, A. / Javor, S. / Reymond, J.-L.
履歴
登録2021年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.02022年12月21日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _citation.journal_id_ISSN / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 2.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin
B: Fucose-binding lectin
C: Fucose-binding lectin
D: Fucose-binding lectin
E: Heterochiral peptide Fdln69
G: Heterochiral peptide Fdln69
H: Heterochiral peptide Fdln69
F: Heterochiral peptide Fdln69
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,90820
ポリマ－52,7638
非ポリマー1,14512
水4,252236
1
A: Fucose-binding lectin
B: Fucose-binding lectin
G: Heterochiral peptide Fdln69
F: Heterochiral peptide Fdln69
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,95410
ポリマ－26,3824
非ポリマー5736
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Fucose-binding lectin
D: Fucose-binding lectin
E: Heterochiral peptide Fdln69
H: Heterochiral peptide Fdln69
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,95410
ポリマ－26,3824
非ポリマー5736
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)130.586, 64.786, 73.632
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.330, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Fucose-binding lectin PA-IIL


分子量: 11865.905 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fucose-binding Lectin LecB PA-IIL from Pseudomonas aeruginosa
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lecB, C0044_25260, CAZ10_21840, DT376_00595, DY979_15445, ECC04_10105, EFK27_13700, EGV95_09240, EGY23_15550, IPC669_23070, PA5486_01888, PAERUG_E15_London_28_01_14_00983, PAMH19_1713, RW109_RW109_02453
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS
#2: Polypeptide(D)
Heterochiral peptide Fdln69


分子量: 1324.847 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Fucosylated heterochiral linear peptide Fdln69 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖
ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O6 / 詳細: Fucosylated heterochiral linear peptide Fdln69 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.17 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 30% v/v 2-Propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.976437 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976437 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.017→48.288 Å / Num. obs: 71291 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.55 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 6.89
反射 シェル解像度: 2.02→2.14 Å / 冗長度: 3.48 % / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 11367 / CC1/2: 0.512 / % possible all: 96.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.17精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OXC

1oxc


解像度: 2.02→40.03 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 27.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 3545 4.98 %
Rwork0.207 67660 -
obs0.208 71205 97.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.23 Å2 / Biso mean: 43.0425 Å2 / Biso min: 25.46 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→40.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3510 0 63 236 3809
Biso mean--62.75 46.32 -
残基数----480
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.02-2.040.3651380.3772586272494
2.04-2.070.36851390.37992665280496
2.07-2.10.41291410.37252680282197
2.1-2.140.35021440.33282746289097
2.14-2.170.29861400.31582657279797
2.17-2.210.34991410.30042713285497
2.21-2.250.33811410.29582679282097
2.25-2.290.29961440.28092693283797
2.29-2.340.28151400.26092695283597
2.34-2.390.2581430.24382711285498
2.39-2.450.28751420.24782741288398
2.45-2.510.29021370.25082685282298
2.51-2.580.25221440.22842725286998
2.58-2.650.22621410.22632706284798
2.65-2.740.24341410.20792717285898
2.74-2.840.24061390.20042722286198
2.84-2.950.19151430.18882751289498
2.95-3.080.19931410.19242719286098
3.08-3.240.21961420.18622708285098
3.25-3.450.21931440.17022726287098
3.45-3.710.19171440.1522714285898
3.71-4.090.18511470.16462759290698
4.09-4.680.17811450.16292701284698
4.68-5.890.20081420.1742710285298
5.89-40.030.18851420.19972751289399
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.2953 Å / Origin y: 8.6788 Å / Origin z: 17.1692 Å
111213212223313233
T0.3638 Å20.0043 Å20.0396 Å2-0.278 Å20.0049 Å2--0.3178 Å2
L0.3489 °2-0.0622 °2-0.2762 °2-0.9457 °20.0802 °2--0.796 °2
S-0.0127 Å °0.0165 Å °-0.0669 Å °-0.0069 Å °-0.0084 Å °0.0259 Å °-0.027 Å °-0.0109 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 302
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 302
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 302
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 302
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 13
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 2
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 13
8X-RAY DIFFRACTION1allH1 - 3
9X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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