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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7nes | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the v-Src SH3 domain N117D-V124L mutant | ||||||
![]() | v-Src SH3 domain | ||||||
![]() | PROTEIN BINDING / beta barrel / SH3 domain | ||||||
機能・相同性 | GLYCINE![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Intertwined dimer | ||||||
![]() | Camara-Artigas, A. / Salinas-Garcia, M.C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The impact of oncogenic mutations of the viral Src kinase on the structure and stability of the SH3 domain. 著者: Salinas-Garcia, M.C. / Plaza-Garrido, M. / Camara-Artigas, A. #1: ![]() タイトル: The impact of oncogenic mutations of the viral Src kinase on the structure and stability of the SH3 domain 著者: Salinas-Garcia, M.C. / Plaza-Garrido, M. / Camara-Artigas, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 47.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 423 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6847.434 Da / 分子数: 1 / 変異: N117D, V124L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-GLY / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.84 % / Mosaicity: 0.12 ° |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.8M ammonium sulfate, 0.5M glycine and 0.1M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.976251 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.35→18.59 Å / Num. obs: 12108 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.049 / Net I/σ(I): 18.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.89 Å2 / Biso mean: 21.8414 Å2 / Biso min: 12.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.35→18.59 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8
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