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- PDB-7neg: Crystal structure of the N501Y mutant receptor binding domain of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7neg
タイトルCrystal structure of the N501Y mutant receptor binding domain of SARS-CoV-2 Spike glycoprotein in complex with COVOX-269 Fab
要素
  • (Antibody COVOX-269 Fab ...) x 2
  • Surface glycoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant / N501Y mutation / antibody / receptor-binding-domain / spike / neutralisation / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / membrane => GO:0016020 / endocytosis involved in viral entry into host cell / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity ...: / membrane => GO:0016020 / endocytosis involved in viral entry into host cell / Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus ...: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
Spike glycoprotein / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Zhou, D. / Ren, J. / Stuart, D.
資金援助 英国, 中国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/N00065X/1 英国
CAMS Innovation Fund for Medical Sciences (CIFMS)2018-I2M-2-002 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Reduced neutralization of SARS-CoV-2 B.1.1.7 variant by convalescent and vaccine sera.
著者: Supasa, P. / Zhou, D. / Dejnirattisai, W. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Nutalai, R. / Tuekprakhon, A. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Slon-Campos, J. / ...著者: Supasa, P. / Zhou, D. / Dejnirattisai, W. / Liu, C. / Mentzer, A.J. / Ginn, H.M. / Zhao, Y. / Duyvesteyn, H.M.E. / Nutalai, R. / Tuekprakhon, A. / Wang, B. / Paesen, G.C. / Slon-Campos, J. / Lopez-Camacho, C. / Hallis, B. / Coombes, N. / Bewley, K.R. / Charlton, S. / Walter, T.S. / Barnes, E. / Dunachie, S.J. / Skelly, D. / Lumley, S.F. / Baker, N. / Shaik, I. / Humphries, H.E. / Godwin, K. / Gent, N. / Sienkiewicz, A. / Dold, C. / Levin, R. / Dong, T. / Pollard, A.J. / Knight, J.C. / Klenerman, P. / Crook, D. / Lambe, T. / Clutterbuck, E. / Bibi, S. / Flaxman, A. / Bittaye, M. / Belij-Rammerstorfer, S. / Gilbert, S. / Hall, D.R. / Williams, M.A. / Paterson, N.G. / James, W. / Carroll, M.W. / Fry, E.E. / Mongkolsapaya, J. / Ren, J. / Stuart, D.I. / Screaton, G.R.
履歴
登録2021年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Antibody COVOX-269 Fab heavy chain
L: Antibody COVOX-269 Fab light chain
E: Surface glycoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,83812
ポリマ－70,5193
非ポリマー1,3199
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8460 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area27270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)195.099, 84.950, 57.936
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.634, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

-
要素

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#1: 抗体 Antibody COVOX-269 Fab heavy chain


分子量: 23557.420 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody COVOX-269 Fab light chain


分子量: 23299.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 E

#3: タンパク質 Surface glycoprotein


分子量: 23661.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A7D5QNT3, UniProt: P0DTC2*PLUS
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 142分子

#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.24 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0 and 15% PEG 4000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→96 Å / Num. obs: 48007 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 54.95 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 2.19→2.23 Å / 冗長度: 9.1 % / Num. unique obs: 2371 / CC1/2: 0.47 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDA1.19_4092データ収集
PHENIX1.19_4092精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7BEM

7bem


解像度: 2.19→56.94 Å / SU ML: 0.3675 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.9719
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2228 2137 4.92 %
Rwork0.1945 41325 -
obs0.1959 43462 90.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 68.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.19→56.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4715 0 83 134 4932
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00444919
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7016682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0456740
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049853
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.98841766
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.19-2.240.3839280.4156536X-RAY DIFFRACTION17.58
2.24-2.30.4132790.43061656X-RAY DIFFRACTION55.27
2.3-2.360.38561130.39872661X-RAY DIFFRACTION87.04
2.36-2.430.37191690.36342982X-RAY DIFFRACTION98.99
2.43-2.510.33181520.32733045X-RAY DIFFRACTION99.97
2.51-2.60.31451550.30142992X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.70.35911800.27263001X-RAY DIFFRACTION99.97
2.7-2.820.27111430.2373046X-RAY DIFFRACTION99.94
2.82-2.970.26561640.2153041X-RAY DIFFRACTION99.97
2.97-3.160.24241760.21543020X-RAY DIFFRACTION100
3.16-3.40.2651390.21563081X-RAY DIFFRACTION99.97
3.4-3.740.24961400.17713026X-RAY DIFFRACTION99.97
3.74-4.290.18221550.15363069X-RAY DIFFRACTION100
4.29-5.40.15031690.13173058X-RAY DIFFRACTION100
5.4-56.940.17971750.16473111X-RAY DIFFRACTION99.76
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.99007584272-0.734474718132-1.210615881470.8357503004381.66465505264.1281978379-0.194256520326-0.384262087977-0.1926849126240.2330454256540.107189344316-0.0303648789210.078689345994-0.1605152028380.09983465885670.4710954392260.14212891946-0.01042139073640.4781603074220.1022591546170.370945499101-56.72361702959.8812329226736.2274433048
23.829962293052.35845151225-2.436591040148.6401924794.436822179396.77522756673-0.363871683467-0.8415702923830.0178037593802-0.840870647730.08876092632921.01424353739-1.01934192905-1.523915865490.144709156130.5888997028140.08122564592530.07227969371220.8115882326360.1075795784660.669833404981-97.612678072226.846712069142.6078796399
36.053163721.538251011721.785625443.259119435420.388300653754.1381625910.00317101800437-0.440251632966-0.3898501699120.378466920290.1446864318280.2739686580760.390142365778-0.0100726346801-0.1822016236430.4521399233910.08596116162960.06056222811960.5342760044190.1269434074730.439164017646-90.234589462718.064995053443.8494031379
47.77141699038-2.754523011282.215199134694.06349048524-0.09821570690373.43988539284-0.03124950482190.5554469596180.741058020947-0.168219936268-0.421937023029-0.257897324224-0.445185424509-0.4473042324350.4312996948560.5388036458960.124078750514-0.08322966742080.7151112120150.04475694156660.588056046954-71.161482928420.544876767214.6066154072
57.04185550247-3.304638734620.893948976154.0320568073-0.3852999163984.449242061070.10888888240.8179456100560.285631113631-0.0858047907762-0.183753039064-0.0672047389045-0.0233663068219-0.03306418953290.1484934684660.4487361286640.116935141150.008758706502550.619196988092-0.005933979715030.427020274097-63.582730775613.560310237615.8587409785
67.68506930743-6.50056442423-2.374808006235.628718974751.971857676680.754263675110.108186801040.9333949521310.176380485081-0.159966364406-0.366807104279-0.0327350585489-0.131093949378-0.1569584356830.2594111637580.504814017460.0536648084436-0.06618465412990.7165661034810.02868089447010.410632378566-85.986694508320.993566680218.3112825424
74.658297774-0.4155316904021.462631328064.990106935331.48896838815.48822320004-0.0910013662367-0.7070608449650.07427970753830.8401721244670.191941651071-0.05624745814130.15232406457-0.408759661594-0.09638050223250.5551713807080.1058225210320.02827560143990.6021149974230.04948221283810.524583734362-92.521536533230.702702473346.0596457947
82.97904413904-0.323247986611.07006163274.173085838432.469012118564.471633716030.007364029103130.2984849600360.33562028926-0.2744877289910.309210327509-0.301562338497-0.2387494668660.373949900424-0.1782898388730.3187365199420.00904504907713-0.00203293784870.5343311665420.05120979894840.447629102888-86.86602309533.302891435232.7138656263
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102.78120982843-0.05735821092181.109221658934.920781579383.173984745697.28794283967-0.0528811867621-0.2407111157190.3798744585950.06345871329650.0338706863190.209308844524-0.563475988103-0.4440559099410.08856990913380.38440818680.03470631999420.0126786290290.5463936418640.04514905682650.541334612044-90.734094392337.854309150138.1873081748
113.297778986051.188395584491.240102326624.512784243650.4034063467073.81064543832-0.05143972889860.3945754732870.396493695758-0.884074790342-0.2442336221-1.28136385366-0.6594850776040.6161830996330.2342469732480.585804384045-0.060990938250.1252597562190.7168096620040.08214695039880.894144632422-21.297952462119.101609459212.7854803369
121.174640178351.82165877647-0.1527158418573.537857977911.920243946766.549229160430.463157166882-1.13235633388-1.07617902575-0.04984834873270.284309016606-1.75823115701-0.8167802690660.939138194966-0.6803409230171.09351192075-0.293859009505-0.3176223713871.26857523602-0.02729883205951.3579622561-12.691704510623.493379185823.178123178
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144.180674874893.62729431133-1.116323032335.70349994465-1.336063529732.3245819877-0.067663405069-0.155855123867-0.111148425544-0.0291268443471-0.1075742693720.154726987221-0.118573235402-0.1612521954250.1808505497740.515264902290.1206189984490.00653023513790.472437853748-0.1080617430.468183859516-41.47455884887.0275390099115.2372959065
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 123 )HA1 - 1231 - 123
22chain 'H' and (resid 124 through 138 )HA124 - 138124 - 136
33chain 'H' and (resid 139 through 219 )HA139 - 219137 - 217
44chain 'L' and (resid 2 through 18 )LE2 - 181 - 17
55chain 'L' and (resid 19 through 103 )LE19 - 10318 - 102
66chain 'L' and (resid 104 through 114 )LE104 - 114103 - 113
77chain 'L' and (resid 115 through 129 )LE115 - 129114 - 128
88chain 'L' and (resid 130 through 156 )LE130 - 156129 - 155
99chain 'L' and (resid 157 through 175 )LE157 - 175156 - 174
1010chain 'L' and (resid 176 through 215 )LE176 - 215175 - 214
1111chain 'E' and (resid 334 through 380 )EH334 - 3801 - 47
1212chain 'E' and (resid 381 through 394 )EH381 - 39448 - 61
1313chain 'E' and (resid 395 through 469 )EH395 - 46962 - 136
1414chain 'E' and (resid 470 through 516 )EH470 - 516137 - 183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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