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- PDB-7ne1: Structure of the complex between Netrin-1 and its receptor Neogenin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ne1
タイトルStructure of the complex between Netrin-1 and its receptor Neogenin
要素
  • Neogenin
  • Netrin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / cell surface receptor signaling / axon guidance / migration / cancer / growth cone / receptor clustering / Netrin / Neogenin / Repulsive Guidance Molecule
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / DSCAM interactions / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / motor neuron migration / negative regulation of axon extension ...regulation of glial cell migration / DSCAM interactions / chemorepulsion of axon / Cdc42 protein signal transduction / anterior/posterior axon guidance / Role of second messengers in netrin-1 signaling / Netrin-1 signaling / Regulation of commissural axon pathfinding by SLIT and ROBO / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / Netrin mediated repulsion signals / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / DCC mediated attractive signaling / inner ear morphogenesis / nuclear migration / positive regulation of cell motility / regulation of synapse assembly / basement membrane / positive regulation of axon extension / glial cell proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / Ras protein signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / extracellular region / nucleoplasm / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai ...Neogenin, C-terminal / Neogenin C-terminus / Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / EGF-like domain signature 1. / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Galactose-binding-like domain superfamily / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose octasulfate / NITRATE ION / Netrin-1 / Neogenin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Robinson, R.A. / Griffiths, S.C. / van de Haar, L.L. / Malinauskas, T. / van Battum, E.Y. / Zelina, P. / Schwab, R.A. / Karia, D. / Malinauskaite, L. / Brignani, S. ...Robinson, R.A. / Griffiths, S.C. / van de Haar, L.L. / Malinauskas, T. / van Battum, E.Y. / Zelina, P. / Schwab, R.A. / Karia, D. / Malinauskaite, L. / Brignani, S. / van den Munkhof, M. / Dudukcu, O. / De Ruiter, A.A. / Van den Heuvel, D.M.A. / Bishop, B. / Elegheert, J. / Aricescu, A.R. / Pasterkamp, R.J. / Siebold, C.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Cancer Research UKC20724/A14414 英国
Cancer Research UKC20724/A26752 英国
European Research Council (ERC)647278 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L017776/1 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: Simultaneous binding of Guidance Cues NET1 and RGM blocks extracellular NEO1 signaling.
著者: Ross A Robinson / Samuel C Griffiths / Lieke L van de Haar / Tomas Malinauskas / Eljo Y van Battum / Pavol Zelina / Rebekka A Schwab / Dimple Karia / Lina Malinauskaite / Sara Brignani / ...著者: Ross A Robinson / Samuel C Griffiths / Lieke L van de Haar / Tomas Malinauskas / Eljo Y van Battum / Pavol Zelina / Rebekka A Schwab / Dimple Karia / Lina Malinauskaite / Sara Brignani / Marleen H van den Munkhof / Özge Düdükcü / Anna A De Ruiter / Dianne M A Van den Heuvel / Benjamin Bishop / Jonathan Elegheert / A Radu Aricescu / R Jeroen Pasterkamp / Christian Siebold /
要旨: During cell migration or differentiation, cell surface receptors are simultaneously exposed to different ligands. However, it is often unclear how these extracellular signals are integrated. Neogenin ...During cell migration or differentiation, cell surface receptors are simultaneously exposed to different ligands. However, it is often unclear how these extracellular signals are integrated. Neogenin (NEO1) acts as an attractive guidance receptor when the Netrin-1 (NET1) ligand binds, but it mediates repulsion via repulsive guidance molecule (RGM) ligands. Here, we show that signal integration occurs through the formation of a ternary NEO1-NET1-RGM complex, which triggers reciprocal silencing of downstream signaling. Our NEO1-NET1-RGM structures reveal a "trimer-of-trimers" super-assembly, which exists in the cell membrane. Super-assembly formation results in inhibition of RGMA-NEO1-mediated growth cone collapse and RGMA- or NET1-NEO1-mediated neuron migration, by preventing formation of signaling-compatible RGM-NEO1 complexes and NET1-induced NEO1 ectodomain clustering. These results illustrate how simultaneous binding of ligands with opposing functions, to a single receptor, does not lead to competition for binding, but to formation of a super-complex that diminishes their functional outputs.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
B: Neogenin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,96311
ポリマ－88,8692
非ポリマー2,0949
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Confirmed from Rg calculations of SAXS experiments with inline gel filtration. Also confirmed by sedimentation velocity AUC experiments and verified using interface mutants as negative controls.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area41320 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)150.950, 49.600, 157.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.380, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Netrin-1 / Epididymis tissue protein Li 131P


分子量: 49600.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Human Netrin-1 expressed in HEK293T cells using the pHLSEC vector for secreted proteins. Contains C-terminal Rho-1D4 tag.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NTN1, NTN1L / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O95631
#2: タンパク質 Neogenin


分子量: 39268.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Mouse Neogenin FN domain 4-6 (isoform 2 - NP_001036217.1) expressed in HEK293T cells using the pHLSEC vector for secreted proteins. Contains C-terminal His6-tag
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Neo1 / プラスミド: pHLsec / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7TQG5

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糖 , 2種, 5分子

#3: 多糖 1,3,4,6-tetra-O-sulfo-beta-D-fructofuranose-(2-1)-2,3,4,6-tetra-O-sulfonato-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 982.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose octasulfate
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5_1*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O_3*OSO/3=O/3=O_4*OSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf1SO33SO34SO36SO3]{[(2+1)][a-D-Glcp2SO33SO34SO36SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.36 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M ammonium nitrate, 20% w/v PEG 3350, 40 mM potassium/sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→77.57 Å / Num. obs: 19817 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rpim(I) all: 0.118 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1376 / CC1/2: 0.336

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BQ6, 1X5I, 4PLM

4bq6

1x5i

4plm


解像度: 3.15→74.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.399
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 1015 5.12 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.214 19815 97.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 249.88 Å2 / Biso mean: 114.04 Å2 / Biso min: 12.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.2632 Å20 Å213.6627 Å2
2---11.7064 Å20 Å2
3----0.5568 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.46 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.15→74.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5654 0 124 0 5778
Biso mean--166.33 --
残基数----719
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2014SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1001HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5944HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion789SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6069SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5944HARMONIC20.007
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8110HARMONIC20.89
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.94
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.17 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3365 19 4.79 %
Rwork0.248 378 -
all0.2521 397 -
obs--91.53 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.74470.14960.49591.4794-1.20423.8488-0.25780.1053-0.0865-0.21370.19590.07960.1458-0.1080.0619-0.171-0.01390.0247-0.2733-0.07750.0485-141.238-100.77972.2688
23.09260.13262.16990.21540.10433.051-0.0573-0.44240.18390.44670.059-0.2016-0.12820.167-0.00170.14070.1257-0.2051-0.0672-0.0765-0.0218-107.5745-103.213117.7954
35.3883-1.8914-0.40073.5814-0.28643.7456-0.0788-0.20350.3288-0.0001-0.02690.234-0.2368-0.26540.1057-0.34140.14750.0317-0.0496-0.1430.1248-155.3131-92.842689.8715
43.3159-0.60450.14521.1296-0.15161.06370.03350.12130.2268-0.15920.0026-0.2144-0.06480.0805-0.036-0.028-0.2995-0.12740.3611-0.262-0.281-149.6459-114.111135.8438
52.5805-0.8371-1.86121.49620.37186.17390.05390.4176-0.2103-0.30090.0194-0.27650.34090.2694-0.07340.3002-0.3449-0.1605-0.1202-0.1114-0.2794-161.2013-99.1983175.522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|38 - A|293 }A38 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|294 - A|451 }A294 - 451
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|765 - B|864 }B765 - 864
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|885 - B|983 }B885 - 983
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|984 - B|1073 }B984 - 1073

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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