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- PDB-5u6q: Structure of human MR1-3-F-SA in complex with human MAIT A-F7 TCR -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5u6q | |||||||||
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Title | Structure of human MR1-3-F-SA in complex with human MAIT A-F7 TCR | |||||||||
![]() |
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![]() | IMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / MHC-like molecule | |||||||||
Function / homology | ![]() positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / defense response to Gram-negative bacterium / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Keller, A.N. / Rossjohn, J. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Drugs and drug-like molecules can modulate the function of mucosal-associated invariant T cells. Authors: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, ...Authors: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / Purcell, A.W. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 687.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 568.8 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5u16C ![]() 5u17C ![]() 5u1rC ![]() 5u2vC ![]() 4l4tS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules CAFH
#1: Protein | Mass: 31711.670 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 23-292 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fragment: extracellular domain, residues 23-292 / Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #4: Protein | Mass: 11748.160 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-MAIT T-cell receptor ... , 2 types, 4 molecules DBEG
#2: Protein | Mass: 22650.072 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #3: Protein | Mass: 27546.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 1435 molecules ![](data/chem/img/7ZS.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.69 % / Mosaicity: 0.57 ° |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: BTP, PEG 3350, NaAc |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.953 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→44.386 Å / Num. obs: 161424 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 722223 / Scaling rejects: 100 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Num. unique all: 7648 / CC1/2: 0.746 / % possible all: 94.2 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4L4T Resolution: 1.9→44.386 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.53
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 119.09 Å2 / Biso mean: 36.2564 Å2 / Biso min: 13.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→44.386 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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