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Yorodumi- PDB-5u6q: Structure of human MR1-3-F-SA in complex with human MAIT A-F7 TCR -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5u6q | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of human MR1-3-F-SA in complex with human MAIT A-F7 TCR | |||||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / T-cell receptor / MHC-like molecule | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationpositive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...positive regulation of T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / antigen processing and presentation of exogenous antigen / MHC class I receptor activity / beta-2-microglobulin binding / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / T cell receptor binding / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / defense response to Gram-negative bacterium / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | Homo sapiens (human) | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.9 Å | |||||||||
Authors | Keller, A.N. / Rossjohn, J. | |||||||||
| Funding support | Australia, 2items
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Citation | Journal: Nat. Immunol. / Year: 2017Title: Drugs and drug-like molecules can modulate the function of mucosal-associated invariant T cells. Authors: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, ...Authors: Keller, A.N. / Eckle, S.B. / Xu, W. / Liu, L. / Hughes, V.A. / Mak, J.Y. / Meehan, B.S. / Pediongco, T. / Birkinshaw, R.W. / Chen, Z. / Wang, H. / D'Souza, C. / Kjer-Nielsen, L. / Gherardin, N.A. / Godfrey, D.I. / Kostenko, L. / Corbett, A.J. / Purcell, A.W. / Fairlie, D.P. / McCluskey, J. / Rossjohn, J. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5u6q.cif.gz | 688.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5u6q.ent.gz | 568.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5u6q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5u6q_validation.pdf.gz | 515.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5u6q_full_validation.pdf.gz | 530.4 KB | Display | |
| Data in XML | 5u6q_validation.xml.gz | 72.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5u6q_validation.cif.gz | 106.9 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u6/5u6q | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5u16C ![]() 5u17C ![]() 5u1rC ![]() 5u2vC ![]() 4l4tS C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules CAFH
| #1: Protein | Mass: 31711.670 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 23-292 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Fragment: extracellular domain, residues 23-292 / Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: MR1 / Plasmid: pET30 / Production host: ![]() #4: Protein | Mass: 11748.160 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / Plasmid: pET30 / Production host: ![]() |
|---|
-MAIT T-cell receptor ... , 2 types, 4 molecules DBEG
| #2: Protein | Mass: 22650.072 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TRAV/TRAC / Plasmid: pET30 / Production host: ![]() #3: Protein | Mass: 27546.562 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: TRBV/TRBC / Plasmid: pET30 / Production host: ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 1435 molecules 








| #5: Chemical | | #6: Chemical | ChemComp-GOL / | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-NA / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Details
| Has protein modification | Y |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.69 % / Mosaicity: 0.57 ° |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 / Details: BTP, PEG 3350, NaAc |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Australian Synchrotron / Beamline: MX2 / Wavelength: 0.953 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 20, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.953 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.9→44.386 Å / Num. obs: 161424 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 23.66 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 722223 / Scaling rejects: 100 |
| Reflection shell | Resolution: 1.9→1.93 Å / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.746 / Num. unique all: 7648 / CC1/2: 0.746 / % possible all: 94.2 |
-Phasing
| Phasing | Method: molecular replacement |
|---|
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4L4T Resolution: 1.9→44.386 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.53
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 119.09 Å2 / Biso mean: 36.2564 Å2 / Biso min: 13.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→44.386 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Homo sapiens (human)
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