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万見
- PDB-7ndz: ThyX reconstituted with N5-carbinolamine flavin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ndz
タイトルThyX reconstituted with N5-carbinolamine flavin
要素Flavin-dependent thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / FLAVIN-DEPENDENT THYMIDYLATE SYNTHASE / METHYLENETETRAHYDROFOLATE
機能・相同性
機能・相同性情報


チミジル酸シンターゼ(FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / メチル化
類似検索 - 分子機能
Thymidylate synthase ThyX / Thymidylate synthase ThyX superfamily / Thymidylate synthase complementing protein / Flavin-dependent thymidylate synthase (thyX) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / Chem-HUF / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Flavin-dependent thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Bou-Nader, C. / Pecqueur, L. / Hamdane, D.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-IDEX-0004-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-CE11-0004-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-LABX-0011-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: An enzymatic activation of formaldehyde for nucleotide methylation.
著者: Bou-Nader, C. / Stull, F.W. / Pecqueur, L. / Simon, P. / Guerineau, V. / Royant, A. / Fontecave, M. / Lombard, M. / Palfey, B.A. / Hamdane, D.
履歴
登録2021年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年9月29日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavin-dependent thymidylate synthase
B: Flavin-dependent thymidylate synthase
C: Flavin-dependent thymidylate synthase
D: Flavin-dependent thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,61111
ポリマ－110,0154
非ポリマー3,5977
水66737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18100 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area31150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.080, 117.560, 142.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Flavin-dependent thymidylate synthase / FDTS / FAD-dependent thymidylate synthase / Thymidylate synthase ThyX / TSase


分子量: 27503.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: thyX, thy1, TM_0449 / プラスミド: pET11d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9WYT0, チミジル酸シンターゼ(FAD)

-
非ポリマー , 5種, 44分子

#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-HUF / [[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2R,3S,4S)-5-[5-methanoyl-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-1H-benzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] hydrogen phosphate


分子量: 815.576 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H35N9O16P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-FDA / DIHYDROFLAVINE-ADENINE DINUCLEOTIDE / FADH2


分子量: 787.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H35N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 200 40% w/v ANAEROBY

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→40.83 Å / Num. obs: 26019 / % possible obs: 99.48 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 91.01 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.1826 / Net I/σ(I): 6.02
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Num. unique obs: 2560 / CC1/2: 0.486 / Rrim(I) all: 1.396 / % possible all: 99.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170601データ削減
XDSVERSION Jun 1, 2017 BUILT=20170601データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1o24

1o24


解像度: 2.7→40.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.342
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1294 4.97 %RANDOM
Rwork0.22 ---
obs0.222 26018 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--17.0946 Å20 Å20 Å2
2--7.6613 Å20 Å2
3---9.4333 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→40.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6854 0 242 37 7133
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087301HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.989965HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2413SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1225HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7301HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.53
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.71
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion958SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8375SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.72 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2423 -4.61 %
Rwork0.2388 497 -
all0.239 521 -
obs--99.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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