PDB-3nwr: Crystal structure of a rubisco-like protein from Burkholderia fungorum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3nwr

タイトル

Crystal structure of a rubisco-like protein from Burkholderia fungorum

要素

A rubisco-like protein

キーワード

LYASE / rubisco-like protein

機能・相同性

機能・相同性情報

ribulose-bisphosphate carboxylase activity / carbon fixation / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia fungorum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.498 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a rubisco-like protein from Burkholderia fungorum
著者: Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

履歴

登録	2010年7月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年7月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2025年3月26日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3nwr.cif.gz	97.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3nwr.ent.gz	72.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3nwr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nw/3nwr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pur-2 3n9m-1 5aww-d 3oma-2 6kbd-d 1ykw-d 3omn-2 4nas-2 2x06-4 4ao9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (9)

登録構造単位

A: A rubisco-like protein

ヘテロ分子

47.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: A rubisco-like protein

ヘテロ分子

A: A rubisco-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.255, 130.917, 101.452
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	A rubisco-like protein 分子量: 46648.895 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia fungorum (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N172*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月21日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.498→38.877 Å / Num. all: 72817 / Num. obs: 72817 / % possible obs: 99.53 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.498→38.877 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.188	3673	5.04 %	RANDOM
R_work	0.1735	-	-	-
all	0.1742	72817	-	-
obs	0.1742	72817	99.53 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.446 Å² / k_sol: 0.407 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3998 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.4503 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.0505 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.498→38.877 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3063	0	45	278	3386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3177
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.085	4315
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.989	1157
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	479
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	569

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.498-1.5177	0.281	128	0.2729	2450	X-RAY DIFFRACTION	92
1.5177-1.5385	0.2997	142	0.2616	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
1.5385-1.5605	0.25	135	0.2404	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5605-1.5838	0.2587	142	0.2188	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5838-1.6086	0.2421	127	0.2137	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6086-1.6349	0.2536	122	0.2041	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6349-1.6631	0.1982	135	0.1885	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6631-1.6934	0.2298	132	0.1934	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6934-1.7259	0.2057	165	0.1768	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7259-1.7612	0.1894	151	0.1662	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7612-1.7995	0.1827	160	0.1684	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7995-1.8413	0.1663	123	0.1611	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8413-1.8874	0.1936	121	0.1663	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8874-1.9384	0.1705	158	0.1535	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9384-1.9954	0.1754	163	0.157	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9954-2.0598	0.1916	127	0.1547	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0598-2.1335	0.1819	124	0.1603	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1335-2.2189	0.1558	139	0.1586	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2189-2.3198	0.1493	150	0.1583	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3198-2.4421	0.1849	155	0.1641	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4421-2.5951	0.1716	152	0.1673	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5951-2.7954	0.2138	155	0.174	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7954-3.0766	0.1727	135	0.1695	2721	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0766-3.5216	0.1818	131	0.1615	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5216-4.4358	0.1441	140	0.1565	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4358-38.8901	0.2058	161	0.1823	2841	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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