PDB-3g4a: Crystal structure of flavine dependant thymidylate synthase S88A ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3g4a

タイトル

Crystal structure of flavine dependant thymidylate synthase S88A mutant from Thermotoga maritima at 1.95 angstrom resolution

要素

Thymidylate synthase thyX

キーワード

TRANSFERASE / FDTS / thyX / S88A mutation / dUMP complex / FAD / Flavoprotein / Methyltransferase / Nucleotide biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase (FAD) / thymidylate synthase (FAD) activity / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / NADPH binding / flavin adenine dinucleotide binding / methylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Mathews, I.I. / Lesley, S.A. / Kohen, A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: An unusual mechanism of thymidylate biosynthesis in organisms containing the thyX gene.
著者: Koehn, E.M. / Fleischmann, T. / Conrad, J.A. / Palfey, B.A. / Lesley, S.A. / Mathews, I.I. / Kohen, A.

履歴

登録	2009年2月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3g4a.cif.gz	194.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3g4a.ent.gz	156.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3g4a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3g4a_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3g4a_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	3g4a_validation.xml.gz	35.7 KB	表示
CIF形式データ	3g4a_validation.cif.gz	47.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g4/3g4a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3g4cC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5chp-1 5ios-d 5iot-d 4kat-d 1kq4-d 3n0c-d 4gtl-d 1o27-d 3g4c-d 5ioq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 282322JCSG target. This structure is a collaborative project with JCSG.

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thymidylate synthase thyX

B: Thymidylate synthase thyX

C: Thymidylate synthase thyX

D: Thymidylate synthase thyX

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.952, 116.222, 140.728
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 220
2	1	1	5	B	1 - 220
3	1	1	5	C	1 - 220
4	1	1	5	D	1 - 220

#1: タンパク質	Thymidylate synthase thyX / TS / TSase 分子量: 27487.680 Da / 分子数: 4 / 変異: S88A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 株: MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: thy1, thyX, TM_0449 / プラスミド: MH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q9WYT0, thymidylate synthase (FAD)
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 42% PEG 200, 0.1M Tris-HCl, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月1日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→89.4 Å / Num. all: 65136 / Num. obs: 65136 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4580 / R_sym value: 0.692 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 1.95→89.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 7.881 / SU ML: 0.117 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.179 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22173	3288	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18565	-	-	-
obs	0.18746	61778	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.475 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→89.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7042	0	292	159	7493

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	7552
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.588	1.993	10282
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.958	3	12352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6	5	858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.649	22.259	332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.439	15	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.572	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1090
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1567
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	5529
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.192	0.2	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	254
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.198	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.239	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.204	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.795	1.5	4432
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.222	1.5	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.211	2	6984
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.767	3	3985
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.637	4.5	3298
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1225	medium positional	0.35	0.5
2	B	1225	medium positional	0.38	0.5
3	C	1225	medium positional	0.39	0.5
4	D	1225	medium positional	0.37	0.5
1	A	1613	loose positional	0.64	5
2	B	1613	loose positional	0.56	5
3	C	1613	loose positional	0.67	5
4	D	1613	loose positional	0.6	5
1	A	1225	medium thermal	0.72	2
2	B	1225	medium thermal	0.76	2
3	C	1225	medium thermal	0.74	2
4	D	1225	medium thermal	0.82	2
1	A	1613	loose thermal	1.54	10
2	B	1613	loose thermal	1.4	10
3	C	1613	loose thermal	1.38	10
4	D	1613	loose thermal	1.65	10

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.304	248	-
R_work	0.246	4330	-
obs	-	-	95.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2834	0.0629	0.162	0.5706	0.2781	1.7538	0.0019	-0.0432	0.0402	-0.0674	-0.0078	0.022	-0.2219	-0.2024	0.0059	-0.0334	0.0108	-0.0121	-0.0177	0.005	-0.0663	27.782	60.178	121.875
2	0.745	0.3496	0.2436	1.0399	0.5495	1.3883	0.0275	0.0423	-0.0126	-0.2106	0.0549	-0.1881	-0.1469	0.1322	-0.0824	-0.0631	-0.0224	0.0438	-0.0161	0.0094	-0.0389	43.938	45.136	97.579
3	0.4946	-0.0772	-0.4936	0.7831	0.2988	1.6265	-0.009	0.046	-0.0973	-0.0422	0.0071	0.0199	0.1809	-0.1266	0.0019	-0.1013	-0.0282	-0.0125	-0.0263	-0.0037	-0.0177	25.186	28.268	104.98
4	0.3728	-0.0794	-0.0423	1.1628	0.817	1.6661	0.0169	-0.0755	-0.1138	0.2117	0.0823	-0.113	0.1699	0.1026	-0.0992	-0.0682	0.0015	-0.0408	0.0084	0.0282	-0.0525	40.261	40.333	133.315

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 216
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	0 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 218
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 218

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