PDB-7ndf: Crystal structure of nanobody Nb_MsbA#1 in complex with the nucle...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ndf

タイトル

Crystal structure of nanobody Nb_MsbA#1 in complex with the nucleotide binding domain of MsbA

要素

Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA
Nb_MsbA 1

キーワード

PROTEIN BINDING / nucleotide binding domain / ABC transporter / nanobody

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Vicugna pacos (アルパカ)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Meier, G. / Seeger, M.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: The ABC transporter MsbA adopts the wide inward-open conformation in cells.
著者: Laura Galazzo / Gianmarco Meier / Dovile Januliene / Kristian Parey / Dario De Vecchis / Bianca Striednig / Hubert Hilbi / Lars V Schäfer / Ilya Kuprov / Arne Moeller / Enrica Bordignon / Markus A Seeger /

要旨: Membrane proteins are currently investigated after detergent extraction from native cellular membranes and reconstitution into artificial liposomes or nanodiscs, thereby removing them from their ...

履歴

登録	2021年2月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb7ndf.ent.gz	238 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ndf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7ndf_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ndf_full_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示
XML形式データ	7ndf_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	7ndf_validation.cif.gz	39.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	13404C 13405C 13406C 13409C 7ph2C 7ph3C 7ph4C 7ph7C 3b5wS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ndf-2 6bms-2 3liu-1 4yjl-5 2p7n-d 4yje-d 4yjl-1 4z7g-2 3l6y-1 4yz9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

C: Nb_MsbA 1

D: Nb_MsbA 1

A: Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA

B: Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA

78.9 kDa, 4 ポリマー
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1

C: Nb_MsbA 1

B: Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance
39.5 kDa, 2 ポリマー
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2

D: Nb_MsbA 1

A: Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: surface plasmon resonance, B,C
39.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.530, 99.300, 142.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: 抗体	Nb_MsbA 1 分子量: 12337.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vicugna pacos (アルパカ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Lipid A ABC transporter ATP-binding protein/permease MsbA 分子量: 27125.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: msbA, HIR41_000141 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A786F4A3
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: KSCN, sodium acetate, PEG 6000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→47.41 Å / Num. obs: 53394 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.357 % / B_iso Wilson estimate: 43.721 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_rim(I) all: 0.101 / Χ²: 0.829 / Net I/σ(I): 23.18 / Num. measured all: 713196 / Scaling rejects: 61

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.15	12.388	1.332	2.29	48287	3899	3898	0.762	1.389	100
2.15-2.21	12.979	1.084	2.83	49165	3789	3788	0.811	1.128	100
2.21-2.28	13.338	0.937	3.4	49379	3702	3702	0.888	0.974	100
2.28-2.35	14.16	0.732	4.48	50834	3590	3590	0.941	0.76	100
2.35-2.42	14.11	0.597	5.46	49229	3489	3489	0.948	0.619	100
2.42-2.51	13.999	0.49	6.52	47150	3369	3368	0.96	0.508	100
2.51-2.6	13.934	0.399	7.85	45605	3274	3273	0.976	0.414	100
2.6-2.71	13.732	0.322	9.55	42693	3109	3109	0.981	0.335	100
2.71-2.83	13.522	0.245	12.16	41147	3044	3043	0.988	0.255	100
2.83-2.97	12.957	0.188	14.85	37250	2875	2875	0.992	0.196	100
2.97-3.13	12.251	0.136	19.68	33912	2768	2768	0.995	0.142	100
3.13-3.32	12.847	0.091	28.46	33645	2619	2619	0.998	0.094	100
3.32-3.55	14.065	0.069	37.78	34812	2475	2475	0.999	0.072	100
3.55-3.83	13.965	0.051	49.33	31979	2290	2290	0.999	0.053	100
3.83-4.2	13.609	0.039	60.32	29028	2133	2133	1	0.04	100
4.2-4.7	13.428	0.029	75.35	25875	1927	1927	1	0.03	100
4.7-5.42	12.623	0.029	72.5	21775	1725	1725	1	0.03	100
5.42-6.64	11.403	0.035	59.26	16751	1469	1469	1	0.037	100
6.64-9.39	13.8	0.022	92.73	16105	1167	1167	1	0.023	100
9.39-47.41	12.5	0.015	121.96	8575	693	686	1	0.016	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3B5W

3b5w

解像度: 2.1→47.41 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.39 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	2669	5 %
R_work	0.2052	50714	-
obs	0.2071	53383	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 149.59 Å² / B_iso mean: 51.0739 Å² / B_iso min: 18.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→47.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5447	0	0	265	5712
B_iso mean	-	-	-	47.41	-
残基数	-	-	-	-	707

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.1-2.14	0.3253	137	0.2824	2613	2750
2.14-2.18	0.3514	140	0.2765	2649	2789
2.18-2.22	0.2835	138	0.267	2634	2772
2.22-2.27	0.3335	140	0.2705	2651	2791
2.27-2.32	0.276	136	0.2345	2588	2724
2.33-2.38	0.2533	139	0.2279	2645	2784
2.38-2.45	0.267	140	0.2243	2669	2809
2.45-2.52	0.2826	138	0.2352	2622	2760
2.52-2.6	0.2892	140	0.224	2656	2796
2.6-2.69	0.2924	139	0.2415	2637	2776
2.69-2.8	0.2744	140	0.2298	2666	2806
2.8-2.93	0.2832	140	0.2306	2646	2786
2.93-3.08	0.2329	140	0.216	2664	2804
3.08-3.28	0.2398	141	0.2141	2678	2819
3.28-3.53	0.2492	141	0.2063	2687	2828
3.53-3.88	0.2519	141	0.1939	2674	2815
3.88-4.45	0.2007	143	0.1731	2718	2861
4.45-5.6	0.2236	145	0.172	2752	2897
5.6-47.41	0.1926	151	0.1799	2865	3016

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1288	-1.4756	1.2315	3.0047	-1.7668	4.0157	-0.0862	-0.029	0.395	0.1978	0.1283	0.3194	-0.1103	-0.2383	-0.0431	0.2671	-0.0252	0.0432	0.2644	-0.0929	0.3886	-36.296	2.6796	27.3275
2	2.4586	-1.8403	1.0898	4.8935	-1.82	6.5859	0.0647	-0.1023	0.9601	0.2841	-0.282	-0.0995	-0.7963	0.2469	0.1831	0.3481	-0.0604	0.0191	0.2427	-0.0897	0.5756	-29.714	9.1488	28.7061
3	1.8496	0.0458	-0.3148	0.8075	0.473	4.5042	-0.0975	0.1493	0.5638	0.0688	0.0101	0.5709	-0.5979	-0.1727	0.0828	0.3104	0.0033	-0.0146	0.2697	-0.0286	0.5948	-38.856	5.3881	23.1706
4	3.1416	-4.073	-1.2693	6.5325	4.6916	7.9111	0.0588	-0.1921	-0.8035	0.6576	-0.422	0.1901	1.1079	-0.5456	0.4013	0.8729	0.027	0.0539	0.3897	0.0227	0.6639	15.6708	-60.4364	23.4192
5	0.1418	-0.5825	0.0864	2.3984	-0.3556	0.0515	0.7016	0.6646	0.0587	-0.6938	-0.3474	-0.1419	0.4321	0.5118	-0.3562	1.2547	0.5733	-0.2004	0.859	-0.2393	1.0909	36.6382	-71.7206	20.3213
6	5.0604	-4.2477	0.8055	6.0463	-1.6311	2.3941	0.1812	0.472	-0.681	-0.6426	0.1194	0.7662	0.6609	0.2523	-0.2219	1.1347	0.0707	-0.0794	0.2753	-0.1036	0.7072	22.7695	-64.326	17.5911
7	2.8385	-1.7425	1.5925	7.7222	-1.8076	2.5111	0.6819	0.1827	-0.9863	-0.016	-0.0617	1.3719	1.4289	0.4112	-0.4636	0.6778	0.0267	-0.0836	0.3935	-0.0074	0.5581	15.2001	-52.5142	13.9409
8	1.8462	-0.283	0.9015	1.5091	-1.0912	1.0618	0.4004	0.2376	-0.5001	-0.0669	-0.0739	-0.3879	0.7483	0.7234	-0.1664	0.5704	0.3906	-0.1038	0.4852	0.0888	0.3063	31.3955	-56.1621	26.3037
9	5.3014	1.105	5.9072	5.6573	0.7355	6.6353	0.3361	1.0231	-0.4752	-0.5851	0.1278	0.3153	0.6598	1.0746	-0.5881	0.5245	0.2555	0.0499	0.6364	0.0289	0.4233	26.8742	-51.4758	13.4325
10	8.1178	-4.1667	5.9169	7.4255	-2.4966	6.3195	0.8335	0.774	-0.9553	-0.4001	0.0366	-0.3671	0.8178	2.2541	-0.9909	0.6337	0.3383	0.0163	0.9995	-0.0643	0.574	35.8268	-53.4128	14.3839
11	-0.0004	0.0229	-0.0061	5.3005	-1.6688	0.5261	0.0624	0.3961	-0.8012	-0.5556	0.0575	-0.3787	0.5593	0.9015	-0.0987	0.817	0.5394	-0.0065	1.032	-0.1132	0.4635	31.1342	-59.1922	11.9224
12	2.7813	-3.3109	0.1837	6.3733	-3.4605	4.3484	0.3519	0.6545	-1.2359	0.1437	0.1459	0.5211	1.8226	0.6621	-0.4824	0.9141	0.2048	-0.0522	0.5213	-0.1119	0.512	22.7768	-62.7131	12.8428
13	2.1132	-1.2382	-0.143	2.311	-0.3207	0.1132	0.1587	0.2773	0.2046	-0.4728	-0.3764	-0.3686	0.3344	0.4161	-0.0782	1.0821	0.7058	-0.2376	1.229	-0.2028	0.8263	40.6139	-64.3528	20.0938
14	8.1637	-1.8132	2.7067	2.9376	-1.7906	1.4594	0.3036	0.169	-1.1146	0.2556	0.0276	0.6047	1.4164	0.4397	-0.3673	0.7152	0.154	-0.0161	0.3909	0.087	0.4178	23.3645	-55.6558	25.2107
15	0.9118	0.1405	0.2263	1.4068	-0.7667	0.8462	0.306	0.1137	-0.5069	-0.2676	0.015	0.3602	0.2685	0.1313	0.0899	1.1084	0.5696	-0.0784	0.7389	0.102	0.7485	34.7359	-68.2164	25.7869
16	2.7749	-1.4376	-0.2804	4.2697	-0.1349	1.4283	-0.057	-0.1792	-0.3828	0.0512	0.0693	0.2607	0.2632	0.0423	-0.0002	0.2797	-0.0199	-0.0086	0.3468	0.0825	0.2935	4.3978	-34.0408	22.7264
17	3.7614	0.1019	-0.0092	6.9753	-1.2045	2.9838	0.0876	-0.4352	0.3174	0.2738	-0.0308	-0.2837	-0.0797	0.0813	-0.0742	0.2809	-0.05	-0.0338	0.4383	-0.0579	0.3288	13.0069	-13.0876	26.1462
18	4.194	-1.6796	-0.0808	2.0113	1.8991	5.2027	0.0261	0.2107	0.2429	-0.2152	-0.0209	-0.2525	-0.2208	0.6422	-0.0028	0.375	0.0053	0.039	0.3894	0.1744	0.3746	23.223	-37.2299	20.395
19	3.2322	-1.0789	-1.1209	1.2009	0.5421	1.8071	-0.0334	0.0617	-0.1005	0.0989	-0.0558	0.047	0.1685	-0.0396	0.1126	0.2686	-0.0214	-0.0394	0.3609	0.0165	0.2857	-9.3424	-20.7777	16.1665
20	2.7431	1.9291	-1.6567	6.4181	3.1327	6.2164	0.0486	0.5186	0.3102	-0.2693	0.1807	-0.3148	-0.3859	0.2403	-0.1108	0.2853	0.0317	-0.0109	0.4221	0.0318	0.2429	6.8294	-18.7622	3.1722
21	2.4579	-2.0271	-1.2083	2.4013	1.0045	1.94	0.3475	0.5477	0.6625	-0.4607	-0.1942	-0.4215	-0.2711	0.2482	-0.2244	0.3273	-0.0191	0.0649	0.5437	0.1039	0.5035	-13.3503	-4.5623	11.1991

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'C' and (resid 1 through 45 )	C	1 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'C' and (resid 46 through 82 )	C	46 - 82
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'C' and (resid 83 through 113 )	C	83 - 113
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'D' and (resid 1 through 7 )	D	1 - 7
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'D' and (resid 8 through 17 )	D	8 - 17
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'D' and (resid 18 through 25 )	D	18 - 25
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and (resid 26 through 33 )	D	26 - 33
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and (resid 34 through 45 )	D	34 - 45
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 46 through 56 )	D	46 - 56
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 57 through 63 )	D	57 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 64 through 72 )	D	64 - 72
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 73 through 82 )	D	73 - 82
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 83 through 90 )	D	83 - 90
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 91 through 107 )	D	91 - 107
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 108 through 113 )	D	108 - 113
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 340 through 432 )	A	340 - 432
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 433 through 527 )	A	433 - 527
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 528 through 580 )	A	528 - 580
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resid 340 through 456 )	B	340 - 456
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resid 457 through 497 )	B	457 - 497
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resid 498 through 579 )	B	498 - 579

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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