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Yorodumi- PDB-7ndf: Crystal structure of nanobody Nb_MsbA#1 in complex with the nucle... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ndf | ||||||
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Title | Crystal structure of nanobody Nb_MsbA#1 in complex with the nucleotide binding domain of MsbA | ||||||
Components |
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Keywords | PROTEIN BINDING / nucleotide binding domain / ABC transporter / nanobody | ||||||
Function / homology | : Function and homology information | ||||||
Biological species | Vicugna pacos (alpaca) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Meier, G. / Seeger, M. | ||||||
Funding support | Switzerland, 1items
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Citation | Journal: Sci Adv / Year: 2022 Title: The ABC transporter MsbA adopts the wide inward-open conformation in cells. Authors: Laura Galazzo / Gianmarco Meier / Dovile Januliene / Kristian Parey / Dario De Vecchis / Bianca Striednig / Hubert Hilbi / Lars V Schäfer / Ilya Kuprov / Arne Moeller / Enrica Bordignon / Markus A Seeger / Abstract: Membrane proteins are currently investigated after detergent extraction from native cellular membranes and reconstitution into artificial liposomes or nanodiscs, thereby removing them from their ...Membrane proteins are currently investigated after detergent extraction from native cellular membranes and reconstitution into artificial liposomes or nanodiscs, thereby removing them from their physiological environment. However, to truly understand the biophysical properties of membrane proteins in a physiological environment, they must be investigated within living cells. Here, we used a spin-labeled nanobody to interrogate the conformational cycle of the ABC transporter MsbA by double electron-electron resonance. Unexpectedly, the wide inward-open conformation of MsbA, commonly considered a nonphysiological state, was found to be prominently populated in cells. Molecular dynamics simulations revealed that extensive lateral portal opening is essential to provide access of its large natural substrate core lipid A to the binding cavity. Our work paves the way to investigate the conformational landscape of membrane proteins in cells. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ndf.cif.gz | 294.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7ndf.ent.gz | 238 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ndf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ndf_validation.pdf.gz | 448.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7ndf_full_validation.pdf.gz | 456.1 KB | Display | |
Data in XML | 7ndf_validation.xml.gz | 28.1 KB | Display | |
Data in CIF | 7ndf_validation.cif.gz | 39.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/7ndf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ph2C 7ph3C 7ph4C 7ph7C 3b5wS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Antibody | Mass: 12337.812 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vicugna pacos (alpaca) / Production host: Escherichia coli (E. coli) #2: Protein | Mass: 27125.531 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: msbA, HIR41_000141 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A786F4A3 #3: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.85 Å3/Da / Density % sol: 56.79 % |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 / Details: KSCN, sodium acetate, PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 1, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.1→47.41 Å / Num. obs: 53394 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.357 % / Biso Wilson estimate: 43.721 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rrim(I) all: 0.101 / Χ2: 0.829 / Net I/σ(I): 23.18 / Num. measured all: 713196 / Scaling rejects: 61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3B5W Resolution: 2.1→47.41 Å / SU ML: 0.26 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 25.39 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 149.59 Å2 / Biso mean: 51.0739 Å2 / Biso min: 18.82 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.1→47.41 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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